Os borgonheses eram um povo escandinavo cuja pátria original ficava na costa sul do Mar Báltico, onde a ilha de Bornholm (Burgundarholm na Idade Média) ainda tem o seu nome. Por volta do século I ce mudaram-se para o vale inferior do rio Vístula, mas, incapazes de ali se defenderem dos Gepidae, migraram para oeste, para as fronteiras do Império Romano. Ali, servindo como foederati, ou auxiliares, no exército romano, estabeleceram um poderoso reino, que no início do século V se estendeu até à margem ocidental do rio Reno e mais tarde se centrou na Sapaudia (Savóia), perto do lago de Genebra.
Como o domínio de Roma sobre o Império Ocidental diminuiu na segunda metade do século V, os borgonheses gradualmente estenderam o seu controle sobre áreas ao norte e oeste da Sabóia e depois por todos os vales dos rios Rhône e Saône. Este segundo reino borgonhês atingiu o seu auge sob a lei e o rei cristão Gundobad (474-516), que promulgou um código escrito de leis, o Lex Gundobada, para os borgonhenses e um código separado, o Lex Romana Burgundionum, para seus súditos galo-romanos. Esta Borgonha permaneceu independente até 534, quando os francos ocuparam o reino, extinguindo a dinastia real.
Com a morte do rei franco Clotar I em 561, no entanto, o reino franco foi dividido entre os membros da dinastia Merovingiana, e um dos filhos de Clotar, Guntram, assegurou o regnum Burgundiae, ou reino da Borgonha. Este reino acabou por incluir não só todas as antigas terras borgonhesas, mas também a diocese de Arles na Provença, o Vale d’Aosta a leste dos Alpes, e mesmo um extenso território no centro-norte da França. Permaneceu um reino merovíngio separado até que Charles Martel, o avô de Carlos Magno, o subjugou à Austrásia franca no início do século VIII.
Os carolíngios fizeram várias partições da Borgonha antes que Boso, governante dos Viennois, se proclamasse rei de toda a Borgonha desde Autun até o Mar Mediterrâneo em 879. Os carolíngios franceses recuperaram mais tarde dele o país a oeste do Saône e a norte de Lião, e os carolíngios alemães recuperaram o Jurane, ou Upper, Borgonha (ou seja, a Borgonha Transjurana, ou o país entre o Jura e os Alpes, juntamente com a Borgonha Cisjurana, ou Franche-Comté). Boso e seus sucessores, porém, foram capazes de se manter no reino da Provença, ou Baixa Borgonha, até cerca de 933.
Em 888 Rudolf I (morreu 912) da família alemã Welf foi reconhecido como rei da Borgonha Jurane, incluindo muito do que é hoje a Suíça. Seu filho e sucessor, Rudolf II, foi capaz de concluir um tratado cerca de 931 com Hugh da Provença, sucessor do filho de Boso, Luís o Cego, pelo qual ele estendeu seu domínio sobre todo o regnum Burgundiae, exceto as áreas a oeste do Saône. Esta união da Alta e Baixa Borgonha foi legada em 1032 ao rei e imperador alemão Conrado II e ficou conhecida a partir do século XIII como o reino de Arles – sendo o nome Borgonha cada vez mais reservado para o condado de Borgonha (Cisjurane Burgundy) e para o ducado de Borgonha.
O ducado da Borgonha era aquela parte da Borgonha regnum a oeste do rio Saône; foi recuperado de Boso pelos carolíngios franceses e permaneceu como parte do reino da França. O irmão de Boso, Richard, conde de Autun, organizou a maior parte do território sob a sua própria autoridade. Seu filho Rudolph (Raoul), que o sucedeu em 921, foi eleito rei da França em 923. Na morte de Rudolph em 936 o rei carolíngio Luís IV e Hugh o Grande, duque dos Francos, separou Sens, Troyes e (temporariamente) Langres de Borgonha.
O ducado assim formado, embora menor que seu predecessor do século 10, foi mais forte e permaneceu na família Capetian até 1361. Na sua política externa os duques Capetianos aderiram lealmente aos seus primos os reis da França e nos assuntos internos alargaram o seu domínio e forçaram a obediência dos seus vassalos. A Borgonha veio a ser reconhecida como o primeiro par do reino francês.
Tanto o ducado da Borgonha como Cisjurane Burgundy (o condado da Borgonha) floresceu durante este período. As cidades prosperaram: Dijon tornou-se uma importante cidade de mercado. Peregrinos afluíram a Vézelay e Autun, onde em 1146 uma magnífica igreja foi construída ao redor do túmulo de St. Lazare. Os mosteiros borgonheses eram famosos: Cluny (fundado em 910) tornou-se o centro de uma ordem de monges que se estendia da Inglaterra à Espanha, e em 1098 foi fundado o mosteiro de Cîteaux e com ele uma nova ordem religiosa, os cistercienses.
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A reunificação das duas Borgonha foi realizada em 1335 e terminou em 1361. O rei da França, João II (o Bom), reuniu o ducado com o domínio da coroa, enquanto Cisjurane Borgonha, ou Franche-Comté, foi para o conde independente da Flandres. Um novo período da história ducal borgonhesa começou sob João II, que em 1363 deu o ducado a seu filho Felipe, que se tornou Felipe II, conhecido como “o Negrito”. Em 1369 Filipe casou-se com a herdeira do condado, Margarida da Flandres. Em 1384, quando seu sogro morreu, Filipe herdou Nevers, Rethel, Artois e Flanders, assim como Franche-Comté. As duas Borgonha formaram a parte sul de um estado, cujas possessões do norte se estendem pela Holanda, o vale do Mosa e as Ardenas. No norte, a expansão deveria continuar (Hainaut, 1428; Brabant, 1430; Luxemburgo, 1443), mas o sul, do qual Nevers foi novamente destacado em 1404, tornou-se cada vez menos importante. Philip II, no entanto, que vivia na Borgonha, comprou o território sul de Charolais em 1390.
João o Destemido sucedeu a Philip II em 1404 e dedicou-se à luta com o seu rival Louis, duc d’Orleans, e com os apoiantes de Louis sob o conde de Armagnac, que devastou as fronteiras sul da Borgonha entre 1412 e 1435. João foi assassinado em 1419, e seu filho Felipe III (o Bom) continuou a luta contra os Armagnacs e jogou seu apoio aos ingleses durante a Guerra dos Cem Anos. O Tratado de Arras (1435), que estabeleceu a paz entre Borgonha e Carlos VII da França, acrescentou muito ao domínio borgonhês. Mesmo assim, bandas mercenárias continuaram suas depredações na Borgonha até 1445, após o que o ducado gozou de paz até a morte de Filipe III em 1467.
Cortesia do Rijksmuseum, Amsterdam
O próximo duque, Charles the Bold, estava constantemente em conflito com o rei francês Luís XI. O objetivo de Carlos era unir as seções norte e sul do reino anexando Lorena, e ele exigiu do Santo Imperador Romano o título de rei da Borgonha. Carlos foi frustrado nestes esforços pelos persistentes esforços de Luís XI, que conduziu várias campanhas contra ele e submeteu a Borgonha a um bloqueio económico.
Os dois Borgonha sofreram com a devastação da Peste Negra em 1348 e com os bandos de mercenários da Guerra dos Cem Anos. A população diminuiu sensivelmente, e isto colocou uma forte pressão sobre a produção no século XV. O lucrativo comércio de grãos, vinhos e lã acabada foi ameaçado, e as feiras de mercado perderam alguma da sua importância. Mas em geral as duas Borgonha parecem ter gozado de mais segurança que grande parte da Europa durante os séculos XIV e XV.
Após a morte de Carlos o Negrito em 1477, sua herdeira, Maria da Borgonha, casou-se com o arquiduque austríaco Maximiliano de Habsburgo (mais tarde o Santo Imperador Romano), decepcionando assim as esperanças francesas de que ela se casaria com o filho de Luís XI, o futuro Carlos VIII da França. O Tratado de Arras (1482), porém, cedeu Franche-Comté a Carlos no noivado com a filha de Maria, Margarida da Áustria. Quando ele quebrou este noivado, teve que ceder Franche-Comté à Áustria pelo Tratado de Senlis em 1493.
Archivo Iconografico, S.A./Corbis
Nos 185 anos seguintes o Franche-Comté foi uma posse dos Habsburgs. Pelo Tratado de Saint-Jean-de-Losne (1522) com a França, a neutralidade do condado foi assegurada durante as guerras entre os Habsburgs e os últimos reis franceses da linha Valois. Sua prosperidade duradoura, reforçada pelo desenvolvimento industrial, pode ser julgada pela esplêndida arquitetura renascentista de suas cidades. As perturbações civis, no entanto, vieram com a Reforma, quando bandos de protestantes entraram no condado principalmente católico romano da Alemanha e da Suíça. Franche-Comté passou para os Habsburgs espanhóis através da divisão dos seus domínios pelo imperador Carlos V, em 1556. Sob Filipe II de Espanha teve lugar uma forte repressão dos protestantes, e Henrique IV de França, na sua guerra com Filipe, violou a neutralidade de Franche-Comté. De 1598 a 1635 a paz foi mantida, mas o medo francês do cerco dos Habsburgos levou Luís XIII a tentar anexar o condado. Ele invadiu e devastou a área anualmente de 1636 a 1639, mas a Paz de Vestefália (1648) confirmou o controle dos Habsburgos.
Conquistado em 1668 pelo Grande Condé na Guerra da Devolução mas devolvido à Espanha pela Paz de Aix-la-Chapelle (2 de maio de 1668), Franche-Comté foi finalmente conquistado para a França pelo Condé na última das chamadas Guerras Holandesas, sendo a anexação francesa reconhecida pela Paz de Nijmegen em 1678. Luís XIV mudou a capital da nova província para a antiga cidade imperial de Besançon. Em 1790, juntamente com o resto da França, Franche-Comté foi dividida em départements separados-Jura, Doubs e Haute-Saône.
Após a morte de Carlos o Negrito (1477), o ducado da Borgonha foi anexado pela coroa francesa. Durante o século XVI, foi devastado pelas Guerras da Religião. As cidades tiveram que ser fortificadas, e mercenários vaguearam pelo país. O ducado foi novamente devastado na Guerra dos Trinta Anos e também durante a revolta aristocrática conhecida como a Fronde (1648-53) liderada pelo Grande Condado. Só depois da anexação francesa de Franche-Comté, em 1678, é que a paz e a segurança foram restauradas. De 1631 a 1789, o ducado foi governado pelos príncipes de Condé. Após a Revolução Francesa, a província de Borgonha desapareceu, dividida nos departamentos de Côte-d’Or, Saône-et-Loire e Yonne. Em 2016, a região da Borgonha foi fundida com Franche-Comté como parte de um plano nacional para aumentar a eficiência burocrática.