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この症状の病因をめぐって活発な議論が行われた。 この病気は感染の主要な徴候である発熱と密接に関連していたため、紛争当初から感染説が支配的であった。 塹壕熱は再発性の熱病であり、マラリアと類似している。 1898年にロナルド・ロスが行った研究から、マラリアには媒介者（アノフェレス蚊）と原因物質があることが知られていた7
定点病院での患者観察の結果、Tストレティル・ライト大佐は、塹壕でよく見られるハエや寄生虫が病気を運ぶのではないかと仮定した8。 この病気は、蚊やハエが塹壕の環境にいない冬に特に流行したためである。 ハントとJ・W・マクニー少佐は、シラミが媒介者であることを支持する非常に説得力のある疫学的証拠を提供している9。シラミの感染に関する事例は、逸話的ではあるが、強力な証拠によってさらに強化された。 例えば、A・F・ハースト少佐は、「最低の」軍曹が 6 人の同胞に病気を感染させたと述べている10
シラミの強力な候補にもかかわらず、他の病原体が提案された。 例えば、W・J・ラザフォード中尉は、野ネズミが病気を媒介する可能性を示唆した11。また、B・ヒューズ大尉は、塹壕熱はネズミ由来の感染症と便秘の結果ではないかと主張している12
病気の感染原因を完全に否定する人々もいた。 オコーネル大佐は、温泉地ハロゲートの立場から、1915年に『ランセット』誌に寄稿し、塹壕の大気環境が発熱の原因である可能性を指摘した14。 また、細菌説を理解しながらも、伝染病の原因として地域性を重視する医師も多くいた。 1916年11月、J・ミューア大尉の塹壕熱に関する報告が発表された16。彼は、自分の師団の3つの野戦救急車の「入退院記録」を分析し、病気のピークが7-8月、10-11月、1-2月であることを発見したのだ。 この3つの時期に共通する唯一の要因は、塹壕での極度の緊張と露出、あるいは「戦線を維持する」ことに必然的に伴う他の活動であった」と述べている。16
したがって、彼の意見では、塹壕熱は「どこにでも分布している」、おそらく鼻咽頭に局在する、何らかの感染因子によるものであり、決定要因は個人の感染に対する抵抗力であるかもしれない。 しかし、決定的な実験的証拠はなかった。
1917年半ば、フランスの塹壕熱を研究するために、BEF PUO (British Expeditionary Force Pyrexia of Unknown Origin) Enquiry Sub-committeeと題された委員会が設立された。 1917年10月、アメリカ赤十字社の医学研究委員会の第1回会合で、この組織のかなりの資源を連合国に影響を及ぼす医学的問題の調査に充てることが決定された。 塹壕熱を研究対象に選んだことは、その重要性を物語っている。 同時に、BEFの科学顧問団は、英国における塹壕熱の特別研究委員会に資金を提供するよう陸軍省（WO）を説得するための協調的なキャンペーンを展開した17。 WO塹壕熱調査委員会はハムステッドにある医学研究委員会の病院の実験室を使用し、人体実験のために民間人のボランティアを集める権限を与えられた。
1917年末からBEF PUO調査（アメリカ人の援助）とWO塹壕熱調査委員会はともに本格的に進められた。 この2つのキャンペーンは、相互協力の精神と健全な競争という、科学的創造にとって理想的な雰囲気の中で行われた」17
アメリカの研究チームは、フランスの基地で、アメリカ人ボランティアを使ったシラミ感染実験を何度も行った。 その結果は、1918年8月のBMJ誌に発表された:
「この病気は…シラミに噛まれるだけでも、他の手段でも伝染する…。 18
WO塹壕熱調査委員会は1917年12月に調査を開始し、シラミが伝染病であると結論づけた。 しかし、シラミに咬まれることは珍しい感染手段であり、感染したシラミの排泄物が炎症を起こした皮膚に擦りつけられることが一般的であった。 実は、このイギリス人が正しかったことが証明されることになった。 19
塹壕熱の媒介者の研究と同時に、この病気の原因物質を発見するための調査も進められていた。 ある研究グループは「ミクロコッカス」を分離し、別の研究グループは回復期の兵士の尿から腸球菌を発見した(21)。 1917年末、L Dimond大尉の論文がLancetに掲載された24。この論文では、塹壕熱の症例の静脈血を分析し、ヘモグレガリン（原虫の一種）を突き止めることができたと述べている。 しかし、リーシュマンによる綿密な細菌学的調査の結果、塹壕熱の原因が原虫であることは否定された。 しかし、さらなる研究の結果、これらの微生物は多くの非病人兵士の尿から容易に検出されることが判明した。 しかし、この研究者は後に謝罪文を発表し、これらの死体が生物でない可能性が高いことを認めている27
研究者は、細菌または原虫のいずれかが塹壕熱の原因であることを証明することに失敗した。 しかし、WO塹壕熱調査委員会が行った調査の結果、リケッチア（別の細胞内でのみ複製する小さな細菌）が最も有力な候補となった。 H・T・リケッツ28は、患者の血液やロッキー山斑点熱を媒介する昆虫から、二重球菌に似た体を発見している。 イギリスのアークライトらは、シラミに塹壕熱の患者を食べさせ、3日後にその排泄物を採取すると、同じ細菌が観察されることを発見した30が、健康な被験者に食べさせた通常のシラミには、この細菌はいなかったのである。 また、シラミの排泄物中にリケッチア体が存在することと、ヒトに接種した場合の病原性との間に密接な相関関係があることも明らかになった。 このように、新しい病気（塹壕熱）の原因として、新しい原因物質（リケッチア）が証明されたのである
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