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Friday August 14, 2020
NYGCからハイカバレッジで3202サンプル
今年の初めにニューヨークゲノムセンター（NYC）は1000ゲノムプロジェクトのサンプルコレクションからさらに698サンプルについてハイカバー（30x）データをリリースしました。 これらの698サンプルは、NYGCが以前に配列決定した2,504サンプルのオリジナルセットに関連しています。 2,504サンプルは、1000ゲノムプロジェクトの第3期（最終期）で使用されたパネルを構成する、互いに無関係なサンプルのセットです。 これにより、NHGRIの助成によるNYGCのHigh-coverageシーケンスのサンプル数は3,202となりました。
NYGC はデータをGRCh38 reference assemblyにアライメントし、CRAMは共有されて、我々のデータポータルにリストアップされています。 これらのファイルは、EMBL-EBIやNCBIがホストするFTPサイトからアクセスできるほか、AWSやAnVILでもホストされています。 データへのアクセスや利用に関する詳細は、このデータコレクションのページに記載されています。
このハイカバレッジデータは、これまでのデータセットに追加され、私たちに与えてくれます。
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第3期1000 Genomes ProjectのGRCh37のローカバレッジデータとエクソームデータです。 as used for 1000 Genomes Project phase three analysis published in 2015
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The phase three 1000 Genomes Project low-coverage and exome data realigned to GRCh38 (used to support from the data against GRCh38)
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30x high-coverage data from NYGC on GRCh38.The phase three1000ゲノムプロジェクト第3期の解析は、2015年に発表されました。 これらのデータコレクションは多数のサンプルをカバーしており、IGSRの他のデータコレクションでは、より幅広い技術がサンプルのサブセットに適用され、補完されている。 また、1000ゲノムプロジェクトに参加していないサンプルについても、ゲノム配列データが利用可能です。 IGSRのデータポータルは、IGSRの主要なデータセットの検索に使用でき、追加データセット（および予備データ）はFTPサイト経由で利用可能です
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