機能セクションのこのサブセクションでは、タンパク質内に存在する各DNA結合ドメインの位置と種類を指定します。
実験的に定義されたDNA結合ドメインとInterProリソースのPROSITE、Pfam、SMARTによって定義された保存されたDNA結合ドメインを注釈しています。例としてはAP2/ERFドメイン、ETSドメイン、Fork-Headドメイン、HMGボックス、Mybドメインがあります
Predicted DNA-binding domains
例． P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
特別なタイプのDNA結合ドメイン
a. bHLHおよびbZIPタンパク質
basic helix-loop-helix (bHLH) およびbasic leucine-zipper (bZIP) ドメインの場合、C-末端のHLHおよびロイシンジッパーモチーフは「ファミリーとドメイン」セクションの「ドメイン」サブセクションで個別に説明している。 これらのドメインのN-末端の基本領域は’DNA-binding’のサブセクションに記述されている。
bHLHタンパク質では、基本領域は通常配列中でHLHドメインに直接続く。
例 P35869
bZIPタンパク質では、基本領域はLXXXXXLモチーフで特徴付けられるロイシンジッパードメインが続き、最初のLeu/Ileで始まり、最後のLeu/Ile残基で止まる.
例: P18289, P15407
b. ホメオボックス蛋白質
ホメオボックス蛋白質はいくつかのサブタイプを含む大きなファミリーを構成している。 Homeoboxがあるサブタイプに属する場合、’Description’フィールドの’Homeobox’の後にセミコロンをつけて表示されます。 Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
特定のホメオバックスが不完全であったり、コンセンサスと大きく異なる場合、「partial」または「atypical」として注釈を付けることができる。 Q6WRX8, Q8MJD5
Experimentally determined DNA-binding domains
DNA-binding domainが実験的に同定されたがInterProリソースによってモデル化されたドメインと一致しない場合、そのドメインの存在を示すだけで特に説明はない
例: P13574
このようなドメインは「By similarity」修飾子を用いて近縁種に転送される。
例． Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger