胚乳の大部分は、デンプン含量が高く、ゼインタンパクが少し含まれる細胞で構成されています。 デンプンはアミロースとアミロペクチンの2種類の分子で構成されている。 アミロースは分枝していないグルコース分子の列からなり、アミロペクチンは分枝したグルコースユニットの列からなる。 この分子構造の違いは、コーンスターチの加工食品用途に影響を及ぼします。 アミロース分子はお湯に溶けやすく、ペースト状にならないのに対して、アミロペクチンはゲル化しやすい傾向があります。 アミロース分子はヨウ素に青く染まりますが、アミロース分子はヨウ素に染まりません。 ほとんどの品種のトウモロコシの胚乳は、アミロースが存在するために青く染まるが、アミロースは胚乳中のデンプン全体の25%に過ぎないかもしれない。
劣性突然変異体遺伝子ワクシー（wx）はアミロース分子の生産を阻害する。 この結果、全アミロペクチン澱粉が生産される。 ヨウ素反応により容易に同定される。 劣性遺伝子のため、この遺伝子は雑種種子の雌親と雄親の両方に存在する必要があり、親種子、雑種種子、穀物生産の増加時に汚染から隔離されることが必要である。 劣性遺伝子のアミロースエクステンダー（ae）は胚乳デンプンのアミロース部分を大きく増加させる。 これもまた、最高のアミロース含量を維持するために、種子から穀物生産までのすべての工程において隔離が必要である。 どちらのタイプのスターチも、動物消化率から工業加工まで、トウモロコシ穀物の最終的な用途に影響を与える。 アミラーゼはアミロースとアミロペクチン分子の直鎖成分を消化するが、枝は消化しない。
3つのスイートコーン遺伝子（sugary, sugary-enhanced, shrunken-2）は胚乳におけるデンプンの形成を抑制または遅延させるものである。
胚乳細胞の主なタンパク質はゼインである。 アミノ酸が結合して大きな分子となり、胚乳細胞の小胞体で合成される。 穀粒の硬さは、この分子の構造、量、形状に関係している。 ゼインタンパク質のアミノ酸含有量に影響を与える変異が多数確認されている。 ゼインに高リシンアミノ酸を封入するための劣性遺伝子 opague-2(o2) は、動物飼料用の必須アミノ酸を供給するために有用である。 しかし、残念ながら、穀物の硬度を損なってしまう。 また、floury-2(fl2)という突然変異体は、ゼインのメチオニンアミノ酸成分を増加させる。 これらの遺伝子は両方とも劣性遺伝であるため、純度を上げるために分離する必要があります。 これらの遺伝子はいずれも穀粒の硬さに影響を与えるので、穀物の加工に影響を与える可能性がある。
人類は長い間、自分たちの用途や文化に合った遺伝子を求めてトウモロコシの選抜を行ってきた。 その中には胚乳の遺伝も含まれている。