葉緑体では光化学系I周辺の環状電子輸送がNADPHを蓄積せずにATPを生成している。 被子植物では、電子輸送はPGR5-PGRL1タンパク質依存経路と葉緑体NADHデヒドロゲナーゼ様複合体依存経路で構成されている。 PGR5-PGRL1経路は、Arnonによって発見された環状リン酸化に相当し、主に光合成におけるΔpHの生成に寄与している可能性が高い。 ATP合成は、この線形およびPSI環状電子輸送によって形成されるΔpHを利用する。 さらに、チラコイド内腔の酸性化は、光化学系IIでの光エネルギー利用を抑制し、チトクロムb6f複合体を介した電子輸送も抑制する。 PGR5の非存在下では、葉緑体NDHがΔpH形成の減少をある程度補う。 さらに、pgr5変異体では、おそらくATPaseを介して、プロトン伝導率が上昇する。 光合成機構は複雑なネットワークを形成し、変動する光条件下で高い光合成活性を維持している可能性が高い。