ヒトゲノムプロジェクトが完了してから、ヒト集団遺伝学と比較ゲノム学の進歩により、遺伝的多様性の本質をますます理解することができるようになりました。 しかし、配偶子の無作為抽出、構造的変異（挿入/欠失（indel）、コピー数変異（CNV）、レトロエレメント）、一塩基多型（SNPs）、自然選択などのプロセスが、種内および種間の変異のレベルやパターンをいかに形成したかは、まだ理解し始めたばかりである。
ヒトの遺伝的変異編集
有性生殖における配偶子のランダムなサンプリングは、その後の世代で遺伝的ドリフト（形質の集団頻度のランダムな変動）をもたらし、外部からの影響がなければすべての変異を喪失することになる。 遺伝的ドリフトの速度は集団の大きさに反比例し、集団の大きさが一定期間減少するボトルネックや、創始者効果（集団内の個体が少数の創始者に遡る）など特定の状況下で加速されると推測されている。
安西らは、ヒトとチンパンジーの主要組織適合遺伝子座（MHC）の配列で観測される変動の90.4％がインデルを占めることを明らかにした。 複数のインデルを考慮すると、2種間の高いゲノム類似性（塩基配列の同一性98.6%）は、わずか86.7%に低下する。 例えば、ヒトのMICA遺伝子とMICB遺伝子の遺伝子座の間にある95キロベース（kb）の大きな欠失は、チンパンジーのMIC遺伝子を1つのハイブリッドにし、この領域がいくつかのレトロウイルス感染に対する種特異的対処とその結果としての様々な自己免疫疾患への感受性に関係していることを示した。 著者らは、より繊細なSNPの代わりに、インデルが霊長類の種分化の原動力であったと結論付けた。
突然変異の他に、SNPやコピー数変異（CNV）などの構造変異も、ヒト集団の遺伝的多様性に寄与している。 マイクロアレイを用いて、ゲノムの約12%をカバーし、数百の遺伝子、疾患遺伝子座、機能要素、セグメント重複を含む約1,500のコピー数可変領域が、HapMapサンプルコレクションで同定されている。 CNVの具体的な機能はまだ解明されていませんが、CNVがSNPよりもゲノムあたりのヌクレオチド含有量が多いという事実は、遺伝的多様性と進化におけるCNVの重要性を強調しています。
ヒトのゲノム変異を調査することで、病気への耐性（MHC領域など）や薬物代謝の違いの根底にある遺伝子を特定できる可能性が大きい
自然選択 編集
形質の進化における自然選択は3つに分類される。 方向性選択とは、ある対立遺伝子が他の対立遺伝子よりも高い適応度を持ち、結果としてその集団頻度が増加する状態を指す（例：バクテリアの抗生物質耐性）。 これに対して、安定化選択あるいは負の選択（浄化選択とも呼ばれる）は、他の対立遺伝子と比較して不利であるために、対立遺伝子の頻度を低下させ、あるいは集団から排除する。 最後に、バランス選択の形態も数多く存在する。それらは、過剰優性であることによって種内の遺伝的変異を増加させたり（例えば、溶血性貧血とマラリア抵抗性の両方に関与する遺伝子であるG6PDのように、ヘテロ接合体はホモ接合体よりも適合する）、異なるニッチを生息する種内で空間的に変化し、異なる対立遺伝子に有利となったりするものである。 ゲノムの違いによっては、フィットネスに影響を与えないものもある。 以前は「ジャンク」DNAと考えられていた中立的変異は、自然淘汰の影響を受けないため、変異が適応度に影響を与える部位と比較すると、そのような部位では遺伝的変異が多くなる。
自然淘汰がどのように集団の違いを形成したかは十分明らかではないが、選択下にある遺伝子候補領域が最近特定されてきている。 DNA多型のパターンは、選択のサインを確実に検出するために用いることができ、病害抵抗性や薬物代謝の変異の根底にあるかもしれない遺伝子を特定するのに役立つかもしれない。 Barreiroらは、負の選択はアミノ酸変化レベル（特に疾患関連遺伝子）における集団分化を減少させたが、正の選択は遺伝子領域（主に非同義および5′-非翻訳領域の変異）における集団分化を増加させることにより、ヒト集団の地域適応を確実にしたという証拠を発見している。
ほとんどの複雑なメンデル病（高齢者はもはや子孫の体力に貢献しないと仮定すると、晩発性疾患を除く）は生存や生殖に影響を及ぼすと考えられており、したがって、それらの疾患の基礎となる遺伝因子は自然選択の影響を受けているはずである。 しかし、現在遅発性である疾患も、過去には小児疾患であった可能性があり、疾患の進行を遅らせる遺伝子が選択された可能性がある。 ゴーシェ病（GBA遺伝子の変異）、クローン病（NOD2の変異）、家族性肥大型心筋症（MYH7、TNNT2、TPM1、MYBPC3の変異）などはすべて負の選択の例である。 これらの疾患変異は主に劣性遺伝であり、低い頻度で予想通りに分離することから、仮説に基づいた負の選択が支持されている。 1型糖尿病の遺伝的基盤が正の選択を受けている可能性を示す証拠もある。 病気の原因となる突然変異が、バランスのとれた選択によって支持された高い頻度で出現している例はほとんど報告されていない。 最も顕著な例はG6PD遺伝子座の変異で、ホモ接合体ではG6PD酵素の欠乏とその結果溶血性貧血が起こるが、ヘテロ接合体ではマラリアに対して部分的に防御的である。 875>
異なるヒト集団や種間（例：ヒト対チンパンジー）のゲノムワイド比較解析は、病気と選択の関係の理解に役立ち、拘束された遺伝子における変異が遺伝性の病気表現型と不釣り合いに関連しているという証拠を提供している。 複雑な疾患に関与する遺伝子は、メンデルの疾患遺伝子や非疾患遺伝子よりも負の選択を受けていない傾向がある
。