糸状菌は陸上植物の根やタライ（蘚苔類など）とアーバスキュラー菌根を形成する常在共生菌である。 現在、糸状菌の培養は、植物を用いなければ成立しない。 糸状菌はほとんどの陸上植物に存在し、糸状菌は陸上生態系に大きな貢献をしている。 陸上植物は糸状菌に有機物を与え、糸状菌は植物が土壌から水分や栄養分を吸収するのを助け、植物の病害抵抗性を高めるのに役立っている。 この相互関係は、時に植物への被害や菌類への寄生に変化する。 代表的なものとして、シアノバクテリア（Nostoc）と共生するGeosiphonがある
糸状菌の仲間は、糸状菌糸を持つことから接合菌類に分類される。 菌糸は植物の細胞内（細胞壁と細胞膜の間）に侵入し、植物との栄養交換のために高度に分岐した構造（アーバスキュラー）を形成する。 菌糸の先端が発芽し、根の中や外に大きな胞子（糸球体胞子：800μmに達することもある）を出して無性生殖を行う。 糸球体胞子は多層の細胞壁に囲まれ、多数の核を持つ。 有性生殖は不明である
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