ブルゴーニュ人は、バルト海の南岸を原産地とするスカンジナビア人で、ボーンホルム島（中世にはブルグンダーホルム）には今も彼らの名が残されている。 1世紀頃、彼らはヴィスワ川下流域に移り住んだが、そこでゲップ族から身を守ることができず、西に移動してローマ帝国の国境に至った。 5世紀初頭にはライン川西岸に広がり、後にジュネーブ湖畔のサパウディア（サヴォワ）を中心とする強力な王国を築いた。
5世紀後半、西ヨーロッパに対するローマの支配力が弱まると、ブルゴーニュ人はサヴォワの北と西、そしてローヌ川とソーヌ川の流域に徐々に支配を広げました。 この第二次ブルゴーニュ王国は、法学者でキリスト教王でもあったグンドバッド（474〜516）の時代に頂点に達し、ブルゴーニュ人のための成文法「レクス・グンドバダ」とガロ・ローマ人のための別の法典「レクス・ロマーナ・ブルグンドイオヌム」が発布された。 しかし、561年にフランク王クロタール1世が死去すると、フランク王国はメロヴィング朝に分割され、クロタールの息子グントラムがブルグンディア王国を確保した。 この王国はやがて旧ブルグント領はもとより、プロヴァンスのアルル教区、アルプスの東のヴァル・ダオスタ、さらにはフランス中北部の広大な領地を含むようになった。
カロリング朝は、ヴィエノワの支配者ボソが879年にオーチュンから地中海までの全ブルゴーニュの王を宣言するまで、ブルゴーニュを何度か分割した。 その後、フランスのカロリング朝はソーヌ川以西とリヨン以北をボソから取り戻し、ドイツのカロリング朝はジュラン（上）ブルゴーニュ（ジュラとアルプスの間の国、シジュランブルゴーニュ、フランシュ・コンテと合わせて）を取り戻した。 しかし、ボソとその後継者たちは、933年頃までプロヴァンス王国（下級ブルゴーニュ）に留まった。
888年にドイツのヴェルフ家のルドルフ1世（912年没）が、現在のスイスを含むジュランブルグントの王として認められ、ルドルフ1世は、現在のブルグント王国となった。 彼の息子で後継者のルドルフ2世は、931年頃、ボソの息子盲目のルイを継いだプロヴァンスのヒューと条約を結び、ソーヌ川以西を除くブルゴーニュ全域を支配下に置くことに成功した。 この上ブルゴーニュと下ブルゴーニュの連合は、1032年にドイツ王・皇帝コンラート2世に遺贈され、13世紀からはアルル王国として知られるようになったが、ブルゴーニュという名は、ブルゴーニュ郡（シジュラネブルゴーニュ）とブルゴーニュ公国に対してますます使われるようになった。
ブルゴーニュ公国は、ブルゴーニュ王国のうちソーヌ川以西の部分であり、フランスのカロリング朝がボソから取り戻し、引き続きフランス王国の一部となった。 ボソの弟でオートゥン伯のリシャールは、この領土の大部分を自らの権限で整理した。 921年に彼の後継者となった息子のルドルフ（ラウル）は、923年にフランス王に選出された。 936年にルドルフが亡くなると、カロリング朝王ルイ4世とフランク公ヒュー大王は、サンス、トロワ、（一時的に）ラングルをブルゴーニュから切り離した。
こうして成立した公国は、10世紀の前任者よりも小さいものの、より強力で、1361年までカペ家による支配が続くこととなった。 カペー家の公爵たちは、外交政策においてはいとこのフランス王に忠誠を誓い、内政においては領地を拡大し、家臣に服従を強要した。 ブルゴーニュはフランス王国の第一級貴族として認められるようになった。
この時期、ブルゴーニュ公国とシジュラネ・ブルゴーニュ（ブルゴーニュ郡）はともに繁栄した。 町々も栄えた。 ディジョンは重要な市場都市となった。 1146年には、聖ラザールの墓の周りに壮大な教会が建てられ、ヴェズレーやオートゥンには巡礼者が集まった。 ブルゴーニュの修道院は有名で、クリュニー（910年設立）はイギリスからスペインまで広がる修道会の中心となり、1098年にはシトー修道院が設立され、新しい宗教団体であるシトー会（Cistercians）が設立された。
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1335年に二つのブルグント国の統一が行われ1361年に終了した。 フランス王ジョン2世（善良王）は公国を王家の領地に再統一し、シジュラネ・ブルゴーニュ（フランシュ・コンテ）は独立したフランドル伯の手に渡った。 ブルゴーニュ公国の新しい歴史は、ジョン2世の時代に始まった。1363年に公国を息子のフィリップに譲り、フィリップ2世は「大胆な者」として知られるようになった。 1369年、フィリップは伯爵家の相続人であるフランドル家のマルガレーと結婚した。 1384年、義父が亡くなると、フィリップはヌヴェール、レテル、アルトワ、フランドル、そしてフランシュ・コンテを相続した。 この2つのブルゴーニュ地方は南部を形成し、北部の領地はオランダ、ムーズ川流域、アルデンヌ地方に及んだ。 北部の領土は拡大し続け（1428年エナウ、1430年ブラバント、1443年ルクセンブルク）、南部は1404年にヌヴェールが再び切り離され、重要性が低下していった。 しかし、ブルゴーニュに住んでいたフィリップ2世は、1390年に南部のシャロレーを購入した。
大胆不敵なジョンは1404年にフィリップ2世を継承し、ライバルのオルレアン公ルイや、アルマニャック伯のもとにいるルイ支持者との闘いに専念し、1412〜1435年にブルゴーニュ南部の国境を荒廃させることになった。 1419年、ジョンは暗殺され、息子のフィリップ3世（善玉）がアルマニャックとの闘いを続け、百年戦争ではイングランドに肩入れするようになった。 アラス条約（1435年）により、ブルゴーニュとフランスのシャルル7世は和平を結び、ブルゴーニュの領地は大きく拡大された。 それでも、1445年まで傭兵部隊はブルゴーニュ地方で略奪を続け、その後、1467年にフィリップ3世が亡くなるまで公国は平和を享受した。 1460-80年、アムステルダム、ライクスミュージアム所蔵
次の公爵、シャルル・ザ・ボールドは、フランス王ルイ11世と常に対立していた。 シャルルはロレーヌを併合して王国の北部と南部を統一することを目指し、神聖ローマ皇帝にブルゴーニュ王の称号を要求した。
2つのブルゴーニュは、1348年の黒死病の被害と百年戦争の傭兵部隊の被害によって苦しんだ。 人口は著しく減少し、15世紀には生産に大きな負担がかかった。 穀物、ワイン、羊毛の貿易は脅かされ、市場もその重要性を失っていった。
1477年にシャルル突進公が死去すると、彼の相続人であるブルゴーニュ公マリアはオーストリアのハプスブルク大公マクシミリアン（後の神聖ローマ皇帝）と結婚し、ルイ11世の息子シャルル（後のフランス王シャルル8世）と結婚するというフランスの期待を裏切り、ブルゴーニュ公マリアは、14世紀にフランスで最も重要な侯爵家であったシャルル8世に嫁いだ。 しかし、アラス条約（1482年）により、マリアの娘マーガレット・オブ・オーストリアとの婚約を条件にフランシュ・コンテがシャルルに譲渡された。 この婚約を破棄すると、1493年のセンリス条約でフランシュ・コンテをオーストリアに割譲しなければならなかった。
Archivo Iconografico, S.A./Corbis
その後185年間、フランシュ・コンテはハプスブルグ家の領地であった。 フランスとのサン＝ジャン＝ド＝ローヌ条約（1522年）により、ハプスブルク家とヴァロワ系最後のフランス王との間の戦争においても、この郡の中立が保障された。 工業の発展による永続的な繁栄は、ルネサンス様式の見事な建築物によって証明されている。 しかし、宗教改革により、ドイツやスイスからプロテスタントの一団が流入し、市民が混乱に陥る。 1556年、皇帝シャルル5世の分割統治により、フランシュ・コンテはスペイン・ハプスブルク家の手に渡った。 スペインのフィリップ2世のもとでプロテスタントの弾圧が行われ、フランスのアンリ4世はフィリップとの戦争でフランシュ・コンテの中立を破った。 1598年から1635年までは平和が保たれていたが、ハプスブルク家の包囲を恐れたフランスは、ルイ13世がこの県を併合しようとした。 1636年から1639年まで毎年侵攻して荒らしたが、ウェストファリア条約（1648年）でハプスブルク家の支配が確定した。
1668年に大コンデに征服されたがエクスラシャペルの和（1668年5月2日）でスペインに返還。いわゆるオランダ戦争の最後には、コンデによってフランシュ＝コンテはついにフランスのものになり、1678年にナイメーンの和でフランス併合は公認された。 ルイ14世は、新県の県庁所在地を旧帝国都市ブザンソンに移した。 1790年、フランスの他の地域とともに、フランシュ・コンテはジュラ、ドゥブ、オート・ソーヌの各州に分割された。
1477 年、シャルル・ザ・ボールドの死後、ブルゴーニュ公国はフランス王室に併合された。 16世紀には宗教戦争で壊滅的な打撃を受けた。 町は要塞化され、傭兵が国中を跋扈した。 30年戦争や、コンデ公が率いたフロンドの乱（1648〜53年）でも、公国は再び荒廃した。 1678年にフランスがフランシュ・コンテを併合してからは、平和と安全が回復した。 1631年から1789年まで、公国はコンデ公爵家によって統治された。 フランス革命後、ブルゴーニュ地方は消滅し、コート・ドール、ソーヌ＝エ＝ロワール、ヨンヌの各県に分割された。 2016年、官僚の効率化を図る国家計画の一環として、ブルゴーニュ地方はフランシュ・コンテに合併された
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