中世ローマの歴史は、その細部において困惑させられるが、基本的にはローマ教皇庁とローマのコミューンという二つの制度によるものである。 5世紀、ゴート族は首都ラヴェンナからイタリアを支配していた。 オドアセルとテオドリック大王は、ローマの古い行政をローマ法のもとに、ローマ人の役人とともに維持した。 中世を通じて人口5万人弱の都市は、ゴート族とビザンティン族の戦争で大きな被害を受けた。 552年、ナルセスはローマをビザンティウムのために征服し、ラヴェンナからイタリアを支配する最初の君主（総督）になった。 ビザンティンの支配下で商業は衰退し、元老院や領事も姿を消した。
ローマ史上最高の指導者の一人である教皇グレゴリウス1世（590・604）は、ローマを君主から解放するために動き出した。 民衆に支えられた教皇たちは、やがてローマで帝国の支配者よりも大きな権力を行使し、多くの世俗的な建物が教会に改築された。 ローマ教皇の選挙は、その後12世紀にわたり、ローマ史の主要な出来事であった。
ローマでカール大帝が西皇帝として戴冠（800年）したことにより、ビザンチンのローマに対する宗主権の問題はすべて終わったが、それはまた皇帝と教皇の間のあいまいな関係によって特徴づけられる時代を開始させることになった。 この時代は、ドイツ王が皇帝の戴冠やローマ教皇の選出のためにローマを訪れ、ローマ教皇に自らの意思を押し付けるというものであった。 846年、ローマはアラブ人に略奪され、レオニウス城壁が建設されてローマを保護したが、キリスト教勢力による頻繁な占領と略奪を防ぐことはできなかった
10世紀には、ローマと教皇権は最低の状態に達していた。 ローマ市民の手で行われていた教皇選挙は、フランジパーニ家、ピエールオーネ家、後にはオルシーニ家、コロンナ家などの大貴族の支配下に置かれるようになったのである。 フランジパーニ家、ピエールオーネ家、そしてオルシーニ家、コロンナ家などがその代表であった。 932年から954年まで、アルベリクは有能な人物で、ローマをしっかりと統治し、自尊心を回復させたが、彼の死後、オットー1世の皇帝即位に伴う手続きの後、ローマは混乱に陥り、教皇の尊厳は再び皇帝や地方領主の手先となった。 ローマ教皇庁は再び皇帝や地方領主の手足となり、派閥争いで複数の教皇が同時に選出されることもしばしばあった。 グレゴリウス7世はこうした悪弊を改革し、教会の自治体に対する優位性を強く主張したが、1084年にローマを占領した皇帝アンリ4世によって、彼自身も流刑の身で終わった。 ロベール・ギスカール率いるノルマン人はグレゴリウスを救出するためにやってきて、同じ機会（1084年）にローマを徹底的に略奪した。
12世紀には、教皇の権威は共同体運動によって挑戦された。 ブレシアのアーノルドを中心とするコミューンが設立されたが（1144?55）、皇帝フリードリヒ1世の介入によって鎮圧された。最終的に、選出された元老院議員を長とする、教皇の後援による共和制が確立された。 しかし、民衆派と貴族派、ゲルフ派とジベリン派の間で内紛が続いた。 コミューンは、教皇領、特にラティウムとトスカーナの一部を含むローマ公国を支配するふりをし、近隣の都市を制圧するために戦争を起こした。 インノチェンツ3世が統治したが、皇帝フリードリッヒ2世の即位後、自治権を回復した。 13世紀後半には外国人議員が選ばれるようになり、ブランカレオーネ・デッリ・アンダル（1252?58）、ナポリ・カルル1世などがいた。
アヴィニョンでの教皇のバビロン捕囚（1309?78）の間、ローマは荒廃し、経済的に破綻し、絶えず混乱が生じた。 コーラ・ディ・リエンツィは民衆の代表となり、ペトラルカやダンテが構想したような古代ローマの制度を復活させようとした。 アルボルノス枢機卿は一時的にローマ教皇の権威を回復させたが、大分裂（1378?1417年）が介入してきた。 再び共和制が敷かれた。 1420年、マルティヌス5世がローマに戻り、ローマにおける教皇の真の実効支配が始まった。
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