スーダンで最も多い宗教はイスラム教であり、1956年の独立以来、イスラム教徒が国の政府機関を支配してきた。 UNDPスーダンによると、イスラム教徒の人口は97％で、多数のアラブ系と非アラブ系のグループが含まれる。 残りの3％はキリスト教か伝統的なアニミズム宗教を信仰している。 ヌバ山地域を除くすべての地域でイスラム教徒が優勢である。 スーダンのイスラム教徒の大多数は、スーフィズムの影響を深く受けたマリキ学派のスンニ派を信仰している。 首都ハルツームには一部シーア派のコミュニティもある。 最も大きな違いは、スーフィーの兄弟姉妹の系統である。 アンサールとハトミアの2つの兄弟団は、それぞれ野党のウンマ党と民主連合党に所属している。
シャリー法は様々な軍事政権によって設置されており、首都における非イスラム教徒への適用が交渉時の争点となったが、南北紛争の根底にある他の大きな問題も含め、協定でほぼ解決された。 北部に適用される国内法制度は引き続きシャリーアを基本とし、南部に適用される国内法は「国民の合意、価値観、習慣」に基づくものとすることとしている。 法体系の基礎となる宗教的・慣習的信条と異なる信条を持つ者が多数派を占める州や地域では、その信条に合致するように国内法を修正することができる。 また、非ムスリムに対するシャリーアの適用も制限され、裁判所は非ムスリムに対してより厳しい刑罰を課す裁量権を行使することはできない。 スーダンは1956年以来、3つの民主政権があり、いずれもシャリーアを廃止した。
2020年9月、スーダンの暫定政府が宗教と国家の分離に合意し、30年にわたるイスラム支配と北アフリカ諸国の公式国教としてのイスラム教が終わり、憲法上世俗国家となった。 この新しい法律により、かつての背教法や公開鞭打ちも廃止されました
。