I Borgognoni erano un popolo scandinavo la cui patria originale si trovava sulle rive meridionali del Mar Baltico, dove l’isola di Bornholm (Burgundarholm nel Medioevo) porta ancora il loro nome. Verso il I secolo d.C. si trasferirono nella bassa valle del fiume Vistola, ma, incapaci di difendersi lì contro i Gepidi, migrarono verso ovest fino ai confini dell’Impero Romano. Lì, servendo come foederati, o ausiliari, nell’esercito romano, stabilirono un potente regno, che all’inizio del V secolo si estese fino alla riva occidentale del fiume Reno e successivamente si concentrò sulla Sapaudia (Savoia) vicino al lago di Ginevra.
Con il declino della presa di Roma sull’Impero d’Occidente nella seconda metà del V secolo, i Burgundi estesero gradualmente il loro controllo sulle zone a nord e a ovest della Savoia e poi su tutta la valle del Rodano e della Saona. Questo secondo regno borgognone raggiunse il suo apice sotto il legislatore e re cristiano Gundobad (474-516), che promulgò un codice di leggi scritte, la Lex Gundobada, per i Borgognoni e un codice separato, la Lex Romana Burgundionum, per i suoi sudditi gallo-romani. Questa Borgogna rimase indipendente fino al 534, quando i Franchi occuparono il regno, estinguendo la dinastia reale.
Con la morte del re franco Clotar I nel 561, tuttavia, il regno franco fu diviso tra i membri della dinastia merovingia, e uno dei figli di Clotar, Guntram, si assicurò il regnum Burgundiae, o regno di Borgogna. Questo regno alla fine includeva non solo tutte le antiche terre borgognone, ma anche la diocesi di Arles in Provenza, la Val d’Aosta a est delle Alpi e persino un vasto territorio nella Francia centro-settentrionale. Rimase un regno merovingio separato fino a quando Carlo Martello, il nonno di Carlo Magno, lo sottomise all’Austrasia franca all’inizio dell’VIII secolo.
I carolingi fecero diverse spartizioni della Borgogna prima che Boso, signore del Viennois, si facesse proclamare re di tutta la Borgogna da Autun al Mar Mediterraneo nell’879. I carolingi francesi recuperarono più tardi il paese a ovest della Saona e a nord di Lione da lui, e i carolingi tedeschi recuperarono la Jurane, o Alta Borgogna (cioè la Borgogna Transgiurana, o il paese tra il Giura e le Alpi, insieme alla Borgogna Cisgiurana, o Franche-Comté). Boso e i suoi successori, tuttavia, riuscirono a mantenersi nel regno di Provenza, o Bassa Borgogna, fino al 933 circa.
Nell’888 Rodolfo I (morto nel 912) della famiglia tedesca Welf fu riconosciuto come re della Borgogna giurassiana, compresa gran parte dell’attuale Svizzera. Suo figlio e successore, Rodolfo II, fu in grado di concludere un trattato verso il 931 con Ugo di Provenza, successore del figlio di Boso, Luigi il Cieco, con il quale estese il suo dominio su tutto il regnum Burgundiae tranne le zone ad ovest della Saona. Questa unione di Alta e Bassa Borgogna fu lasciata in eredità nel 1032 al re e imperatore tedesco Corrado II e divenne nota a partire dal XIII secolo come regno di Arles – il nome Borgogna fu sempre più riservato alla contea di Borgogna (Cisjurane Burgundy) e al ducato di Borgogna.
Il ducato di Borgogna era quella parte del regnum Burgundiae a ovest del fiume Saône; fu recuperato da Boso dai francesi carolingi e rimase parte del regno di Francia. Il fratello di Boso, Richard, conte di Autun, organizzò la maggior parte del territorio sotto la propria autorità. Suo figlio Rodolfo (Raoul), che gli succedette nel 921, fu eletto re di Francia nel 923. Alla morte di Rodolfo, nel 936, il re carolingio Luigi IV e Ugo il Grande, duca dei Franchi, staccarono Sens, Troyes e (temporaneamente) Langres dalla Borgogna.
Il ducato così formato, sebbene più piccolo del suo predecessore del X secolo, era più forte e rimase alla famiglia Capetingia fino al 1361. Nella loro politica estera i duchi capetingi aderirono lealmente ai loro cugini re di Francia e negli affari interni allargarono il loro dominio e imposero l’obbedienza ai loro vassalli. La Borgogna venne ad essere riconosciuta come il primo primato del regno francese.
Sia il ducato di Borgogna che la Borgogna Cisjurane (la contea di Borgogna) fiorirono durante questo periodo. Le città prosperarono: Digione divenne un’importante città di mercato. I pellegrini accorrevano a Vézelay e Autun, dove nel 1146 fu costruita una magnifica chiesa intorno alla tomba di San Lazzaro. I monasteri della Borgogna erano famosi: Cluny (fondata nel 910) divenne il centro di un ordine di monaci che si estendeva dall’Inghilterra alla Spagna, e nel 1098 fu fondato il monastero di Cîteaux e con esso un nuovo ordine religioso, i Cistercensi.
Una riunificazione delle due Borgogne fu effettuata nel 1335 e terminò nel 1361. Il re di Francia, Giovanni II (il Buono), riunì il ducato al dominio della corona, mentre la Borgogna Cisjurane, o Franche-Comté, andò al conte indipendente delle Fiandre. Un nuovo periodo della storia ducale borgognona iniziò sotto Giovanni II, che nel 1363 diede il ducato a suo figlio Filippo, che divenne Filippo II, detto “l’Ardito”. Nel 1369 Filippo sposò l’erede della contea, Margherita di Fiandra. Nel 1384, alla morte del suocero, Filippo ereditò Nevers, Rethel, Artois e le Fiandre, oltre alla Franca Contea. Le due Borgogne formavano la parte meridionale di uno stato, i cui possedimenti settentrionali si estendevano sui Paesi Bassi, la valle della Mosa e le Ardenne. A nord l’espansione doveva continuare (Hainaut, 1428; Brabante, 1430; Lussemburgo, 1443), ma il sud, da cui Nevers fu nuovamente staccata nel 1404, divenne sempre meno importante. Filippo II, tuttavia, che viveva in Borgogna, acquistò il territorio meridionale del Charolais nel 1390.
Giovanni l’Impavido succedette a Filippo II nel 1404 e si dedicò alla lotta con il suo rivale Luigi, duc d’Orléans, e con i sostenitori di Luigi sotto il conte di Armagnac, che devastarono i confini meridionali della Borgogna tra il 1412 e il 1435. Giovanni fu assassinato nel 1419, e suo figlio Filippo III (il Buono) continuò la lotta contro gli Armagnacchi e gettò il suo sostegno agli inglesi durante la guerra dei cent’anni. Il Trattato di Arras (1435), che stabilì la pace tra la Borgogna e Carlo VII di Francia, aggiunse molto al dominio borgognone. Anche così, le bande di mercenari continuarono le loro depredazioni in Borgogna fino al 1445, dopo di che il ducato godette della pace fino alla morte di Filippo III nel 1467.
Il duca successivo, Carlo il Temerario, era costantemente in conflitto con il re francese Luigi XI. L’obiettivo di Carlo era quello di unire le sezioni settentrionali e meridionali del regno annettendo la Lorena, e pretese dall’imperatore del Sacro Romano Impero il titolo di re di Borgogna. Carlo fu ostacolato in questi sforzi dai persistenti sforzi di Luigi XI, che condusse diverse campagne contro di lui e sottopose la Borgogna ad un blocco economico.
Le due Borgogne soffrirono delle devastazioni della peste nera nel 1348 e delle bande di mercenari della guerra dei cent’anni. La popolazione diminuì sensibilmente e questo mise a dura prova la produzione nel XV secolo. Il lucrativo commercio di grano, vini e lana finita fu minacciato, e le fiere di mercato persero parte della loro importanza. Ma nel complesso le due Borgogne sembrano aver goduto di più sicurezza di gran parte dell’Europa durante i secoli XIV e XV.
Dopo la morte di Carlo il Temerario nel 1477, la sua erede, Maria di Borgogna, sposò l’arciduca austriaco Massimiliano d’Asburgo (poi imperatore del Sacro Romano Impero), deludendo così le speranze francesi che lei sposasse il figlio di Luigi XI, Carlo, il futuro Carlo VIII di Francia. Il trattato di Arras (1482), tuttavia, cedette la Franca Contea a Carlo per il suo fidanzamento con la figlia di Maria, Margherita d’Austria. Quando ruppe questo impegno, dovette cedere la Franca Contea all’Austria con il trattato di Senlis nel 1493.
Per i successivi 185 anni la Franca Contea fu un possesso degli Asburgo. Con il trattato di Saint-Jean-de-Losne (1522) con la Francia, la neutralità della contea fu assicurata durante le guerre tra gli Asburgo e gli ultimi re francesi della linea dei Valois. La sua prosperità duratura, rafforzata dallo sviluppo industriale, può essere giudicata dalla splendida architettura rinascimentale delle sue città. I disordini civili, tuttavia, arrivarono con la Riforma, quando bande di protestanti entrarono nella contea principalmente cattolica romana dalla Germania e dalla Svizzera. La Franca Contea passò agli Asburgo spagnoli attraverso la spartizione dei domini dell’imperatore Carlo V nel 1556. Sotto Filippo II di Spagna ebbe luogo una forte repressione dei protestanti, ed Enrico IV di Francia, nella sua guerra con Filippo, violò la neutralità della Franca Contea. Dal 1598 al 1635 la pace fu mantenuta, ma la paura francese di un accerchiamento asburgico portò Luigi XIII a tentare di annettere la contea. Egli invase e devastò l’area annualmente dal 1636 al 1639, ma la Pace di Westfalia (1648) confermò il controllo asburgico.
Conquistata nel 1668 dal Grande Condé nella Guerra di Devoluzione ma restituita alla Spagna dalla Pace di Aix-la-Chapelle (2 maggio 1668), la Franca Contea fu infine conquistata per la Francia da Condé nell’ultima delle cosiddette Guerre Olandesi, l’annessione francese fu riconosciuta dalla Pace di Nijmegen nel 1678. Luigi XIV spostò la capitale della nuova provincia nell’ex città imperiale di Besançon. Nel 1790, insieme al resto della Francia, la Franca Contea fu divisa in dipartimenti separati: Jura, Doubs e Haute-Saône.
Dopo la morte di Carlo il Temerario (1477), il ducato di Borgogna fu annesso dalla corona francese. Durante il XVI secolo fu devastato dalle guerre di religione. Le città dovettero essere fortificate e i mercenari vagarono per il paese. Il ducato fu nuovamente devastato nella Guerra dei Trent’anni e anche durante la rivolta aristocratica conosciuta come la Fronda (1648-53) guidata dal Grande Condé. Non fino all’annessione francese della Franca Contea nel 1678 furono ripristinate la pace e la sicurezza. Dal 1631 al 1789 il ducato fu governato dai principi di Condé. Dopo la rivoluzione francese la provincia di Borgogna scomparve, divisa nei dipartimenti di Côte-d’Or, Saône-et-Loire e Yonne. Nel 2016 la regione della Borgogna è stata fusa con la Franca Contea come parte di un piano nazionale per aumentare l’efficienza burocratica.