Questa sottosezione della sezione Function specifica la posizione e il tipo di ogni dominio DNA-binding presente all’interno della proteina.
Abbiamo annotato domini di legame al DNA definiti sperimentalmente e domini di legame al DNA conservati definiti dalle risorse InterPro PROSITE, Pfam e SMART; gli esempi includono il dominio AP2/ERF, il dominio ETS, il dominio Fork-Head, la scatola HMG e il dominio Myb.
Domini di legame al DNA previsti
Esempi: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Tipi particolari di dominio di legame al DNA
a. Proteine bHLH e bZIP
Nel caso dei domini basic helix-loop-helix (bHLH) e basic leucine-zipper (bZIP), descriviamo i motivi C-terminali HLH e leucine zipper separatamente nella sottosezione Domain della sezione ‘Family and Domains’. La regione di base N-terminale di questi domini è descritta nella sottosezione ‘DNA-binding’.
Per le proteine bHLH, la regione di base è solitamente seguita direttamente dal dominio HLH nella sequenza.
Esempio: P35869
Nelle proteine bZIP, la regione di base è seguita dal dominio leucina-zipper, caratterizzato da un motivo LXXXXXXL, e inizia con il primo Leu/Ile e si ferma con gli ultimi residui Leu/Ile.
Esempi: P18289, P15407
b. Proteine omeobox
Le proteine omeobox costituiscono una grande famiglia che contiene diversi sottotipi. Quando un omeobox appartiene a un sottotipo, è indicato nel campo “Descrizione” dopo “Omeobox” preceduto da un punto e virgola.
Esempi: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Quando un particolare homeobox è incompleto o differisce significativamente dal consenso può essere annotato come ‘parziale’ o ‘atipico’.
Esempi: Q6WRX8, Q8MJD5
Domini di legame al DNA determinati sperimentalmente
Quando un dominio di legame al DNA è stato identificato sperimentalmente ma non corrisponde a un dominio modellato da una risorsa InterPro, allora viene indicato il semplice fatto dell’esistenza del dominio ma non viene fornita alcuna descrizione particolare.
Esempio: P13574
Tali domini sono trasferiti a specie vicine usando il qualificatore ‘Per similarità’.
Esempio: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger