Sono disponibili poche informazioni certe sui primi governanti di Magadha. Le fonti più importanti sono il Canone Pāli buddista, gli Agama giainisti e i Purana indù. Sulla base di queste fonti, sembra che Magadha sia stato governato dalla dinastia Haryanka per circa 200 anni, dal 543 al 413 a.C. circa.
Gautama Buddha, il fondatore del buddismo, visse gran parte della sua vita nel regno di Magadha. Raggiunse l’illuminazione a Bodh Gaya, fece il suo primo sermone a Sarnath e il primo consiglio buddista si tenne a Rajgriha.
Il Mahabharata indù chiama Brihadratha il primo sovrano di Magadha. Il re Bimbisara della dinastia Haryanka condusse una politica attiva ed espansiva, conquistando il regno di Anga in quello che oggi è il Bengala occidentale. Re Bimbisara fu ucciso da suo figlio, il principe Ajatashatru. Il re Pasenadi, re del vicino Kosala e cognato del re Bimbisara, riprese prontamente il dono della provincia di Kashi.
I racconti differiscono leggermente sulla causa della guerra del re Ajatashatru con i Licchavi, una zona a nord del fiume Gange. Sembra che Ajatashatru abbia inviato nella zona un ministro che ha lavorato per tre anni per minare l’unità dei Licchavi. Per lanciare il suo attacco attraverso il fiume Gange, Ajatashatru costruì un forte nella città di Pataliputra. Lacerati dai disaccordi i Licchavis combatterono con Ajatashatru. Ci vollero quindici anni perché Ajatashatru li sconfiggesse. I testi Jain raccontano come Ajatashatru usasse due nuove armi: una catapulta e un carro coperto con mazza oscillante che è stato paragonato a un moderno carro armato. Pataliputra cominciò a crescere come centro di commercio e divenne la capitale del Magadha dopo la morte di Ajatashatru.
La dinastia Haryanka fu rovesciata dalla dinastia Shishunaga. L’ultimo sovrano Shishunaga, Kalasoka, fu assassinato da Mahapadma Nanda nel 345 a.C., il primo dei cosiddetti “Nove Nanda”, cioè Mahapadma e i suoi otto figli.
Nel 326 a.C. l’esercito di Alessandro si avvicinò ai confini occidentali di Magadha. L’esercito, esausto e spaventato dalla prospettiva di affrontare un altro gigantesco esercito indiano sul Gange, si ammutinò presso l’Hyphasis (il moderno fiume Beas) e si rifiutò di marciare più a est. Alessandro, dopo l’incontro con il suo ufficiale Coeno, si convinse che era meglio tornare indietro e girò verso sud, conquistando la sua strada lungo l’Indo fino all’Oceano.
Intorno al 321 a.C., la dinastia Nanda finì e Chandragupta Maurya divenne il primo re della grande dinastia Mauryan e dell’impero Mauryan con l’aiuto di Chanakya. L’impero si estese poi su gran parte dell’Asia meridionale sotto il re Ashoka, che all’inizio era conosciuto come “Ashoka il Crudele”, ma più tardi divenne un discepolo del buddismo e divenne noto come “Dharma Ashoka”. Più tardi, l’impero Mauryan finì, così come gli imperi Shunga e Khārabēḷa, per essere sostituito dall’impero Gupta. La capitale dell’Impero Gupta rimase Pataliputra in Magadha.