Tomás Luis de Victoria était le septième enfant sur 11 né à Ávila de Francisco Luis de Victoria et Francisca Suárez de la Concha. La mort de son père en 1557 laisse la famille à la charge d’un oncle prêtre. Victoria a passé plusieurs années comme enfant de chœur dans la cathédrale d’Ávila.
En 1565 (ou 1563), Victoria est entré au Collège allemand de Rome. Il s’agissait d’une école jésuite abondamment soutenue par Philippe II et Otto von Truchsess von Waldburg, le cardinal-archevêque d’Augsbourg. Victoria a été organiste à l’église aragonaise de S. Maria di Monserrato à Rome de 1569 à 1574. En 1571, le collège allemand l’engage pour enseigner la musique aux jeunes garçons. Il est ordonné le 28 août 1575. De cette année-là à 1577, il dirigea la chorale du Collège allemand qui chantait à l’église de S. Apollinare à Rome ; de 1578 à 1585, il occupa un poste d’aumônier à S. Girolamo della Carità, l’église des Oratoriens nouvellement fondés à Rome.
Victoria retourna en Espagne en 1587 et, jusqu’en 1603, il fut maître de chapelle du couvent Descalzas Reales à Madrid, où résidait la sœur de Philippe II, l’impératrice douairière Maria, et sa fille, la princesse Margaret. De 1604 jusqu’à sa mort le 27 août 1611, il était également organiste au couvent.
En 1572, Victoria a dédié sa première publication, et toujours la plus célèbre, au cardinal Truchsess, un grand connaisseur de la musique d’église. Les 33 motecta allant de quatre à huit voix de ce recueil comprennent les sensuels Vere languores et O vos omnes, qui constituent à ce jour le socle de la réputation de Victoria auprès du large public qui ne connaît rien de ses Magnificats, hymnes, séquences, psaumes, antiennes et 20 messes – cinq d’entre elles paraissent en 1576, quatre autres en 1583, sept en 1592, et les autres en 1600 et 1605.
Dans ses motets de 1572, Victoria suit de près la technique de détail de Giovanni Pierluigi da Palestrina, faisant preuve d’une maîtrise magistrale du traitement des dissonances de Palestrina. Des contacts personnels avec Palestrina et peut-être même des leçons expliquent probablement l’absorption de cette technique par Victoria. De 1566 à 1571, Palestrina a été maître de chapelle au Collège romain, près du Collège allemand. Ce qui distingue la manière personnelle de Victoria en 1572 de celle de Palestrina, c’est le recours fréquent du plus jeune compositeur aux altérations imprimées, son penchant pour ce qu’on appellerait aujourd’hui le mouvement mineur mélodique (dièses ascendants, naturels descendants), et l’anticipation de l’harmonie fonctionnelle du XIXe siècle.
Tout au long de sa carrière, même lorsqu’il écrit la Missa Quarti toni (1592), Victoria réussit toujours à sonner comme un compositeur « majeur-mineur » plutôt que comme un compositeur véritablement « modal ». Pour lui, Quarti toni signifiait une cadence en la mineur sur la dominante. En 1600, il publia Missae, Magnificat, motecta, psalmi, & alia, qui consiste très largement en de la musique en fa majeur accompagnée à l’orgue. Il est vrai qu’il est revenu à des tonalités mineures non accompagnées dans l’Officium defunctorum, publié en 1605 en hommage à sa protectrice, l’impératrice douairière Maria, mais il s’agissait de musique funèbre. Dans aucune des publications de Palestrina, il n’a spécifié d’accompagnement pour orgue. Victoria l’a fait – publiant même des parties d’orgue en 1592 et 1600.
Le Florilège de Victoria de 1600 comprend une Missa pro Victoria modelée sur la célèbre chanson de bataille de Clément Janequin. Philippe III aimait cette bouillonnante messe à neuf voix fondée sur un modèle profane plus que toute autre œuvre de Victoria, mais elle contrevient à toutes les qualités attachant Victoria à son public moderne. Cependant, elle prouve au moins qu’il était plus polyvalent émotionnellement et techniquement que ses admirateurs ne veulent bien l’admettre. La partialité de Philippe III à son égard a servi de stratégie de vente lorsque Victoria a cherché des fonds provenant de sa publication pour faire sortir son plus jeune frère de prison.