Alexis
Le règne du fils de Michel, Alexis (Aleksey Mikhaylovich), que les générations suivantes considèrent comme le modèle même du tsar bienveillant et doux, commence mal. Comme son père, Alexis accède au trône en tant que simple garçon. Immédiatement, le boyard qui contrôlait le gouvernement, Boris Ivanovitch Morozov, s’est lancé dans des politiques qui ont mené le gouvernement au bord du désastre. Morozov réduit les salaires du gouvernement ; il introduit également un impôt sur le sel et un monopole d’État sur le tabac, le premier provoquant des difficultés et un mécontentement généralisés et le second entraînant la condamnation de l’Église. Dans le même temps, il s’est aliéné les groupes de boyards proches du trône par son ingérence dans le mariage de sa pupille.
Les actions de Morozov ont exacerbé une situation déjà dangereuse dans le pays. Les populations des villes et la gentry de service en particulier étaient lourdement accablées par les taxes et autres obligations et étaient de plus en plus en colère contre la richesse et le pouvoir croissants de la clique au pouvoir. Lors d’une émeute à Moscou en mai 1648, une foule a encerclé le tsar de 19 ans et a exigé l’exécution de Morozov et des principaux fonctionnaires. Certains de ces derniers sont jetés à la foule et un bref exil protecteur est organisé pour Morozov. Les ennemis boyards de Morozov, qui ont peut-être encouragé l’émeute, prennent le contrôle des affaires et mènent une série de réformes. L’impôt sur le sel et le monopole du tabac sont supprimés, et une commission est créée pour rédiger un nouveau code de lois. De graves troubles se poursuivirent dans les villes du nord, notamment à Pskov et Novgorod, où il fallut recourir à la force pour réimposer l’autorité.
À Novgorod, le principal acteur de l’intérêt du gouvernement était le métropolite Nikon, un moine énergique et autoritaire qui s’était fait des amis influents à Moscou lorsqu’il était archimandrite à l’église de la famille Romanov et qui continua assidûment à cultiver le tsar et ses relations lorsqu’il était à Novgorod. En 1652, ses sollicitations lui valurent le patriarcat. La tradition veut que Nikon, avant d’accepter cette fonction, ait exigé du tsar une déclaration d’obéissance totale en matière religieuse et morale. Au cours des premières années du mandat de Nikon, ses relations avec Alexis et la cour sont bonnes. Le patriarche, avec le soutien officiel, a mené un certain nombre de réformes liturgiques et organisationnelles, s’entourant d’une impressionnante bureaucratie calquée sur l’appareil d’État. Les relations avec le tsar se tendent cependant en 1658 et, après avoir été publiquement snobé par Alexis, Nikon annonce qu’il abandonne le patriarcat. Il déclara plus tard qu’il s’était simplement retiré temporairement, mais que son pouvoir effectif et son influence avaient pris fin.
Le principal événement du règne d’Alexis fut l’annexion de l’Ukraine orientale. Son gouvernement avait poursuivi la politique précédente consistant à éviter les imbroglios à l’Ouest tout en s’étendant vers l’Est, mais il ne put résister à l’opportunité offerte en 1654 lorsque Bohdan Khmelnytsky, le chef d’une révolution cosaque contre la domination polonaise en Ukraine, fit appel à Moscou pour obtenir l’aide qu’il n’avait pu obtenir de la Suède et des Turcs. Moscou accepte son allégeance en échange d’une aide militaire et s’engage ainsi dans une lutte prolongée avec la Pologne et la Suède pour les territoires ukrainiens, biélorusses et baltes. Au début, la guerre se déroule bien, mais les objectifs divergents des alliés ukrainiens et moscovites se révèlent rapidement. Lorsque Charles X de Suède entre en lice contre la Pologne, Alexis fait la paix, en 1656 ; il craint une Suède forte autant qu’une Pologne forte. Les forces moscovites plongent dans la guerre avec la Suède pour les territoires estoniens, livoniens et caréliens le long de la côte baltique. La situation en Ukraine devint de plus en plus confuse et dangereuse pour Moscou, et il fallut mettre fin à la guerre avec la Suède en 1661, même au prix de céder, une fois de plus, la côte baltique.
En Ukraine, la guerre prit un nouvel aspect lorsqu’en 1664 Peter Doroshenko, un nouveau dirigeant, se mit sous la protection des Ottomans. Les Turcs se joignirent à un certain nombre d’opérations militaires majeures, alarmant suffisamment la Pologne et Moscou pour les amener à une trêve à Andrusovo (1667). La Pologne reconnaît le contrôle de Moscou sur l’est de l’Ukraine et Kiev, tandis que Moscou cède la partie de l’Ukraine située à l’ouest du Dniepr et la majeure partie de la Biélorussie.
La paix n’améliore pas beaucoup la position du gouvernement, car la même année voit le début d’un mouvement menaçant parmi les cosaques du Don et les paysans de la région de la Volga, dirigé par Stenka Razin, et une bataille politique au sein des cercles restreints de la cour, causée par la mort de la femme d’Alexis. Deux ans plus tard, Alexis se marie avec Nataliya Naryshkina. En 1676, cependant, Alexis lui-même meurt et Fyodor, un fils malade de sa première femme, Mariya Miloslavskaya, lui succède. Une lutte s’engage entre les familles rivales Naryshkin et Miloslavsky. Les Naryshkin sont exilés et les Miloslavsky, avec leurs clients et leurs partisans, prennent le pouvoir. En 1682, cependant, Fyodor meurt, et la faction Naryshkin cherche à placer son demi-frère Pierre sur le trône à la place du frère de Fyodor, Ivan, qui est malade. Le corps d’élite des streltsy (une caste militaire héréditaire) se révolte et établit la sœur aînée d’Ivan, Sophia, comme régente. Pour l’accession et le règne de Pierre le Grand, voir ci-dessous Le règne de Pierre Ier (le Grand ; 1689-1725).