L’islam est la religion la plus répandue au Soudan, et les musulmans dominent les institutions gouvernementales nationales depuis l’indépendance en 1956. Selon le PNUD Soudan, la population musulmane est de 97%, incluant de nombreux groupes arabes et non-arabes. Les 3% restants se réclament du christianisme ou de religions animistes traditionnelles. Les musulmans prédominent dans toutes les régions, à l’exception de celle des Monts Nouba. La grande majorité des musulmans du Soudan adhèrent à l’islam sunnite de l’école de jurisprudence Maliki, profondément influencée par le soufisme. Il existe également quelques communautés chiites à Khartoum, la capitale. Les divisions les plus importantes se produisent le long des lignes des confréries soufies. Deux confréries populaires, les Ansar et les Khatmia, sont associées respectivement aux partis d’opposition Umma et Union démocratique. Seule la région du Darfour est traditionnellement dépourvue de la présence des confréries soufies que l’on retrouve dans le reste du pays.
La charia a été installée par différents régimes militaires, et son application aux non-musulmans dans la capitale était une question litigieuse pendant les négociations, mais elle a été largement résolue dans les accords, ainsi que les autres grandes questions qui sous-tendent le conflit nord-sud. La charia doit continuer à être la base du système juridique national tel qu’il s’applique dans le nord ; la législation nationale applicable au sud doit être fondée sur « le consensus populaire, les valeurs et les coutumes du peuple ». Dans les États ou les régions où la majorité des gens ont des croyances religieuses ou coutumières différentes de celles sur lesquelles le système juridique est fondé, les lois nationales peuvent être modifiées pour mieux correspondre à ces croyances. Dans l’ensemble du pays, l’application de la charia aux non-musulmans doit être limitée, et les tribunaux ne peuvent exercer leur pouvoir discrétionnaire pour imposer les formes physiques les plus sévères des sanctions de la charia aux non-musulmans. Le Soudan a connu trois gouvernements démocratiques depuis 1956, qui ont tous aboli la charia.
En septembre 2020, le Soudan est devenu constitutionnellement un État laïque après que le gouvernement de transition du Soudan a accepté de séparer la religion de l’État, mettant fin à 30 ans de domination islamique et à l’islam comme religion d’État officielle dans la nation nord-africaine. Cette nouvelle législation a également mis fin à l’ancienne loi sur l’apostasie et à la flagellation publique.