Les Burgondes étaient un peuple scandinave dont la patrie d’origine se trouvait sur les rives méridionales de la mer Baltique, où l’île de Bornholm (Burgundarholm au Moyen Âge) porte encore leur nom. Vers le 1er siècle de notre ère, ils se sont installés dans la basse vallée de la Vistule, mais, incapables de s’y défendre contre les Gepidae, ils ont migré vers l’ouest, jusqu’aux frontières de l’Empire romain. Là, servant de foederati, ou auxiliaires, dans l’armée romaine, ils établirent un puissant royaume, qui, au début du Ve siècle, s’étendit jusqu’à la rive occidentale du Rhin et se centra plus tard sur Sapaudia (Savoie), près du lac Léman.
Alors que l’emprise de Rome sur l’Empire d’Occident décline dans la seconde moitié du Ve siècle, les Burgondes étendent progressivement leur contrôle sur des régions situées au nord et à l’ouest de la Savoie, puis dans les vallées du Rhône et de la Saône. Ce deuxième royaume burgonde atteint son apogée sous le règne du législateur et roi chrétien Gundobad (474-516), qui promulgue un code de lois écrit, la Lex Gundobada, pour les Burgondes et un code distinct, la Lex Romana Burgundionum, pour ses sujets gallo-romains. Cette Bourgogne est restée indépendante jusqu’en 534, lorsque les Francs ont occupé le royaume, éteignant la dynastie royale.
A la mort du roi franc Clotar Ier en 561, cependant, le royaume franc a été partagé entre les membres de la dynastie mérovingienne, et l’un des fils de Clotar, Guntram, a obtenu le regnum Burgundiae, ou royaume de Bourgogne. Ce royaume finit par inclure non seulement toutes les anciennes terres bourguignonnes, mais aussi le diocèse d’Arles en Provence, le Val d’Aoste à l’est des Alpes, et même un vaste territoire dans le centre-nord de la France. Elle reste un royaume mérovingien distinct jusqu’à ce que Charles Martel, le grand-père de Charlemagne, la soumette à l’Austrasie franque au début du VIIIe siècle.
Les Carolingiens effectuent plusieurs partages de la Bourgogne avant que Boso, souverain du Viennois, ne se fasse proclamer roi de toute la Bourgogne d’Autun à la Méditerranée en 879. Les Carolingiens français lui récupérèrent plus tard le pays situé à l’ouest de la Saône et au nord de Lyon, et les Carolingiens allemands récupérèrent la Jurane, ou Haute-Bourgogne (c’est-à-dire la Bourgogne transjurane, ou le pays situé entre le Jura et les Alpes, ainsi que la Bourgogne cisjurane, ou Franche-Comté). Boso et ses successeurs parviennent cependant à se maintenir dans le royaume de Provence, ou Basse-Bourgogne, jusqu’à environ 933.
En 888, Rudolf Ier (mort en 912), de la famille allemande des Welf, est reconnu comme roi de Bourgogne jurane, comprenant une grande partie de ce qui est aujourd’hui la Suisse. Son fils et successeur, Rodolphe II, a pu conclure un traité vers 931 avec Hugues de Provence, successeur de Louis l’Aveugle, fils de Boso, par lequel il a étendu son autorité sur l’ensemble du regnum Burgundiae, à l’exception des régions situées à l’ouest de la Saône. Cette union de la Haute et de la Basse Bourgogne est léguée en 1032 au roi et empereur allemand Conrad II et devient connue à partir du XIIIe siècle sous le nom de royaume d’Arles – le nom de Bourgogne étant de plus en plus réservé au comté de Bourgogne (Cisjurane Bourgogne) et au duché de Bourgogne.
Le duché de Bourgogne était la partie du regnum Burgundiae à l’ouest de la Saône ; il fut récupéré de Boso par les Carolingiens français et resta une partie du royaume de France. Le frère de Boso, Richard, comte d’Autun, organise la plus grande partie du territoire sous sa propre autorité. Son fils Rodolphe (Raoul), qui lui succède en 921, est élu roi de France en 923. À la mort de Rodolphe en 936, le roi carolingien Louis IV et Hugues le Grand, duc des Francs, détachèrent de la Bourgogne Sens, Troyes et (temporairement) Langres.
Le duché ainsi formé, bien que plus petit que son prédécesseur du Xe siècle, était plus fort et resta dans la famille capétienne jusqu’en 1361. Dans leur politique étrangère, les ducs capétiens adhéraient loyalement à leurs cousins les rois de France et dans les affaires intérieures, ils élargissaient leur domaine et imposaient l’obéissance de leurs vassaux. La Bourgogne finit par être reconnue comme la première pairie du royaume de France.
Le duché de Bourgogne et la Cisjurane Bourgogne (le comté de Bourgogne) s’épanouissent durant cette période. Les villes ont prospéré : Dijon devient une importante ville de marché. Les pèlerins affluent à Vézelay et à Autun, où, en 1146, une magnifique église est construite autour du tombeau de Saint-Lazare. Les monastères bourguignons étaient célèbres : Cluny (fondé en 910) devint le centre d’un ordre de moines s’étendant de l’Angleterre à l’Espagne, et en 1098 le monastère de Cîteaux fut fondé et avec lui un nouvel ordre religieux, les cisterciens.
Une réunification des deux Bourgognes est effectuée en 1335 et prend fin en 1361. Le roi de France, Jean II (le Bon), réunit le duché au domaine de la couronne, tandis que la Bourgogne cisjurane, ou Franche-Comté, passe au comte indépendant de Flandre. Une nouvelle période de l’histoire ducale bourguignonne commence sous Jean II, qui en 1363 donne le duché à son fils Philippe, qui devient Philippe II, dit « le Téméraire ». En 1369, Philippe épouse l’héritière du comté, Marguerite de Flandre. En 1384, à la mort de son beau-père, Philippe hérite de Nevers, Rethel, l’Artois et la Flandre, ainsi que de la Franche-Comté. Les deux Bourgognes forment la partie méridionale d’un État dont les possessions septentrionales s’étendent sur les Pays-Bas, la vallée de la Meuse et les Ardennes. Au nord, l’expansion se poursuit (Hainaut, 1428 ; Brabant, 1430 ; Luxembourg, 1443), mais le sud, dont Nevers est à nouveau détaché en 1404, perd de son importance. Philippe II, qui vit en Bourgogne, achète cependant le territoire méridional du Charolais en 1390.
Jean sans Peur succède à Philippe II en 1404 et se consacre à la lutte avec son rival Louis, duc d’Orléans, et avec les partisans de Louis sous le comte d’Armagnac, qui dévastent les frontières méridionales de la Bourgogne entre 1412 et 1435. Jean est assassiné en 1419, et son fils Philippe III (le Bon) poursuit la lutte contre les Armagnacs et apporte son soutien aux Anglais pendant la guerre de Cent Ans. Le traité d’Arras (1435), qui établit la paix entre la Bourgogne et Charles VII de France, agrandit considérablement le domaine bourguignon. Malgré cela, des bandes de mercenaires poursuivirent leurs déprédations en Bourgogne jusqu’en 1445, après quoi le duché connut la paix jusqu’à la mort de Philippe III en 1467.
Le duc suivant, Charles le Téméraire, était constamment en conflit avec le roi français Louis XI. L’objectif de Charles était d’unir les sections nord et sud du royaume en annexant la Lorraine, et il exigeait de l’empereur du Saint Empire romain germanique le titre de roi de Bourgogne. Charles est contrecarré dans ces démarches par les efforts persistants de Louis XI, qui mène plusieurs campagnes contre lui et soumet la Bourgogne à un blocus économique.
Les deux Bourgogne souffrent des ravages de la peste noire en 1348 et des bandes de mercenaires de la guerre de Cent Ans. La population diminue sensiblement, ce qui pèse lourdement sur la production au XVe siècle. Le commerce lucratif des céréales, des vins et de la laine finie est menacé, et les foires perdent un peu de leur importance. Mais dans l’ensemble, les deux Bourgogne semblent avoir joui d’une plus grande sécurité que la majeure partie de l’Europe au cours des XIVe et XVe siècles.
Après la mort de Charles le Téméraire en 1477, son héritière, Marie de Bourgogne, épousa l’archiduc autrichien Maximilien de Habsbourg (plus tard l’empereur du Saint Empire romain germanique), décevant ainsi les espoirs français de la voir épouser le fils de Louis XI, Charles, le futur Charles VIII de France. Le traité d’Arras (1482) cède cependant la Franche-Comté à Charles lors de ses fiançailles avec la fille de Marie, Marguerite d’Autriche. Lorsqu’il rompit cet engagement, il dut céder la Franche-Comté à l’Autriche par le traité de Senlis en 1493.
Pendant les 185 années suivantes, la Franche-Comté fut une possession des Habsbourg. Par le traité de Saint-Jean-de-Losne (1522) avec la France, la neutralité du comté fut assurée pendant les guerres entre les Habsbourg et les derniers rois français de la lignée des Valois. Sa prospérité durable, favorisée par le développement industriel, peut être jugée par la splendide architecture Renaissance de ses villes. Des troubles civils sont toutefois apparus avec la Réforme, lorsque des bandes de protestants ont pénétré dans le comté, essentiellement catholique, en provenance d’Allemagne et de Suisse. La Franche-Comté est passée aux mains des Habsbourg espagnols lors du partage des territoires de l’empereur Charles Quint en 1556. Sous le règne de Philippe II d’Espagne, une répression énergique des protestants a lieu et Henri IV de France, dans sa guerre contre Philippe, viole la neutralité de la Franche-Comté. De 1598 à 1635, la paix est maintenue, mais la crainte française d’un encerclement par les Habsbourg conduit Louis XIII à tenter d’annexer le comté. Il envahit et ravage la région chaque année de 1636 à 1639, mais la paix de Westphalie (1648) confirme le contrôle des Habsbourg.
Conquise en 1668 par le Grand Condé dans la guerre de Dévolution mais rendue à l’Espagne par la paix d’Aix-la-Chapelle (2 mai 1668), la Franche-Comté est finalement conquise pour la France par Condé dans la dernière des guerres dites de Hollande, l’annexion française étant reconnue par la paix de Nimègue en 1678. Louis XIV a transféré la capitale de la nouvelle province dans l’ancienne ville impériale de Besançon. En 1790, comme le reste de la France, la Franche-Comté est divisée en départements distincts – Jura, Doubs et Haute-Saône.
Après la mort de Charles le Téméraire (1477), le duché de Bourgogne est annexé par la couronne française. Au cours du XVIe siècle, il est dévasté par les guerres de religion. Les villes doivent être fortifiées et des mercenaires parcourent le pays. Le duché est à nouveau ravagé lors de la guerre de Trente Ans et aussi lors de la révolte aristocratique dite de la Fronde (1648-53) menée par le Grand Condé. Il faut attendre l’annexion de la Franche-Comté par la France en 1678 pour que la paix et la sécurité soient rétablies. De 1631 à 1789, le duché est gouverné par les princes de Condé. Après la Révolution française, la province de Bourgogne disparaît, divisée en départements : Côte-d’Or, Saône-et-Loire et Yonne. En 2016, la région de Bourgogne a été fusionnée avec la Franche-Comté dans le cadre d’un plan national visant à accroître l’efficacité bureaucratique.