Bioinformatique & Biologie computationnelle = même ? Non.

J’ai passé les 15 premières années de ma vie professionnelle sans vouloir reconnaître une différence entre la bioinformatique et la biologie computationnelle. Ce n’était pas parce que je ne pensais pas qu’il y avait ou pouvait y avoir une différence, mais parce que je pensais que la différence n’était pas significative. J’ai changé de position à ce sujet. Je pense maintenant qu’elles sont tout à fait différentes et qu’il vaut la peine de les distinguer. Pour moi,

Biologie computationnelle = l’étude de la biologie à l’aide de techniques computationnelles. L’objectif est d’apprendre une nouvelle biologie, des connaissances sur les systèmes vivants. Il s’agit de science.

Bioinformatique = la création d’outils (algorithmes, bases de données) qui résolvent des problèmes. L’objectif est de construire des outils utiles qui travaillent sur des données biologiques. Il s’agit d’ingénierie.

Tout cela est devenu important pour moi lorsque j’ai finalement rejoint un département de bio-ingénierie, et que j’ai été obligé de me demander si j’étais un scientifique ou un ingénieur. Je suis les deux, et maintenant je suis en paix.

Lorsque je construis une méthode (généralement sous forme de logiciel, et avec mon personnel, mes étudiants, mes post-docs – je ne le fais malheureusement plus moi-même), je m’engage dans une activité d’ingénierie : Je la conçois pour qu’elle ait certaines caractéristiques de performance, je la construis en utilisant les meilleures pratiques d’ingénierie, je valide qu’elle fonctionne comme je l’avais prévu, et je la crée pour résoudre non seulement un seul problème, mais une classe de problèmes similaires qui devraient tous pouvoir être résolus avec le logiciel. J’écris ensuite des articles sur la méthode, et ce sont des articles d’ingénierie. C’est la bioinformatique.

Quand j’utilise ma méthode (ou celles des autres) pour répondre à une question biologique, je fais de la science. J’apprends une nouvelle biologie. Le critère de réussite n’a pas grand-chose à voir avec les outils de calcul que j’utilise, et il s’agit avant tout de savoir si la nouvelle biologie est vraie et a été validée de manière appropriée et selon les normes de preuve attendues au sein de la communauté biologique. Les articles qui en résultent font état de nouvelles connaissances biologiques et sont des articles scientifiques. C’est la biologie computationnelle.

En regardant mes travaux publiés, j’ai toujours essayé d’équilibrer les publications dans les revues biologiques/médicales et celles dans les revues d’ingénierie/informatique. C’est vraiment une esthétique, il n’y a aucune raison pour laquelle on devrait se sentir obligé de le faire. Cependant, il est utile de savoir quand vous faites de la biologie et quand vous faites autre chose. Je suppose que quelqu’un peut contester le fait que j’utilise le terme « bioinformatique » comme une discipline d’ingénierie. C’est bien, je suis ouvert à un autre terme. Mais je voudrais demander pourquoi la bioinformatique n’est pas bonne. Je pense que la biologie computationnelle est plus solide – la « biologie » est clairement le substantif et le « computationnel » est clairement l’adjectif.