Abstract
Mendelian Inheritance in Man on jo yli 50 vuoden ajan kuvannut lääketieteellisen genetiikan kollektiivista tietoa. Se luetteloi aluksi tunnetut X-sidonnaiset, autosomaalisesti resessiivisesti ja autosomaalisesti dominoivasti periytyvät sairaudet, mutta kasvoi ensisijaiseksi sekä geenejä että geneettisiä fenotyyppejä ja niiden välisiä suhteita koskevan kuratoidun tiedon arkistoksi. Jokaiselle fenotyypille ja geenille on annettu erillinen merkintä, jolle on annettu pysyvä, yksilöllinen tunniste. Merkinnät sisältävät jäsenneltyjä tiivistelmiä uusista ja tärkeistä tiedoista, jotka perustuvat biolääketieteellisen kirjallisuuden asiantuntija-arviointiin. OMIM.org tarjoaa interaktiivisen pääsyn tietovarastoon, mukaan lukien genomikoordinaattihaut geenikartasta, näkymät fenotyyppien geneettisestä heterogeenisyydestä Phenotypic Series -sarjassa ja kliinisten yhteenvetojen rinnakkaisvertailut. OMIM.org tukee myös laskennallisia kyselyjä vankan API:n kautta. Kaikissa merkinnöissä on laajat kohdennetut linkit muihin genomiresursseihin ja lisäviitteisiin. OMIM:n päivitykset löytyvät päivityslistalta tai niitä voi seurata MIMmatch-palvelun kautta. Sivustolla on saatavilla päivitettyjä käyttöoppaita ja opetusohjelmia. Syyskuussa 2018 OMIM:ssä oli yli 24 600 merkintää, ja OMIM Morbid Map Scorecardissa oli 6 259 molekularisoitua fenotyyppiä, jotka oli yhdistetty 3 961 geeniin.
INTRRODUCTION
OMIM on jatkoa Mendelin perinnöllisyystiedolle (Mendelian Inheritance in Man (MIM)) (1), joka julkaistiin 12 painoksen verran vuosina 1966-1998. Perustamisestaan lähtien sitä on kirjoitettu ja kuratoitu Johns Hopkinsin yliopistossa, ensin Victor A. McKusickin johdolla ja vuodesta 2002 lähtien Ada Hamoshin johdolla. Ensimmäisestä painoksesta lähtien sitä ylläpidettiin tietokonepohjaisena resurssina. Digitaalinen muoto mahdollisti sen, että National Center for Biotechnology Information (NCBI) pystyi käyttämään sitä kokotekstimuotoisen tiedonhaun testialustana. Vuonna 1987 Johns Hopkinsin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan Welch Medical Library asetti OMIMin vapaasti saataville Internetissä. Vuonna 1995 NCBI mukautti OMIMin World Wide Webiin. Vuonna 2011 Johns Hopkinsin yliopisto sponsoroi OMIM.org-sivuston kehittämistä, joka on optimoitu niin, että OMIM:n ainutlaatuinen tieto on helppo hakea ja näyttää myös tableteilla ja mobiililaitteilla. Yksityiskohtainen kuvaus OMIM.orgin sisällön laajuudesta ja rakenteesta on esitetty vuoden 2015 tietokanta-artikkelissa (2).
OMIM ENTRIES
Kautta historiansa OMIMin ensisijaisena tehtävänä on ollut kerätä ja kuratoida tietoa ihmisen geeneistä sekä geneettisistä häiriöistä ja ominaisuuksista. OMIM:ssä on tällä hetkellä yli 24 600 merkintää, jotka kuvaavat yli 16 000 geeniä ja 8600 fenotyyppiä (taulukko 1). Kaikille OMIM-tietueille annetaan yksilölliset ja pysyvät MIM-numerot. Geenit ja fenotyypit kuvataan erillisissä merkinnöissä, ja alleelivariantit sisältyvät geenimerkintöihin. MIM-numeroiden etuliitteet auttavat erittelemään merkinnän sisällön: * (tähti) tarkoittaa geenimerkintää; + (plusmerkki) tarkoittaa merkintää, jossa kuvataan sekä geeni että fenotyyppi; # (numeromerkki) tarkoittaa fenotyyppiä, jonka molekyylipohja tunnetaan; % ja nolla merkitsevät fenotyyppejä, joiden perinnöllisestä esiintyvyydestä on eritasoisia tietoja. Vaikka OMIM-tietokannassa on useita fenotyyppejä, joiden ei katsota johtuvan mutaatioista tietyissä geeneissä, ne eivät edusta kaikkia mendelistisiä sairauksia. Suuren läpimenon ja halvemman kustannustason sekvensointi on mahdollistanut monien aiemmin kuvaamattomien Mendelin fenotyyppien löytämisen. Vuodesta 2014 lähtien OMIM on lisännyt vuosittain noin 300 uutta fenotyyppiä, ja OMIM:ssä olevien fenotyyppien kokonaismäärä kasvaa edelleen. Fenotyyppien ja geenien väliset suhteet on taulukoitu OMIM:n Morbid Map of the Human Genome (Morbid Map) -kartassa. Tällä hetkellä yli 6200 fenotyyppiä on liitetty molekyylimuutoksiin yli 3900 geenissä (kuva 1). Uusien tautireittien löytämisen mahdollistamiseksi ja tautien organisoinnin ja luokittelun helpottamiseksi OMIM ryhmittelee kliinisesti samankaltaisia fenotyyppejä, joilla on erilainen geneettinen perusta, fenotyyppisarjoihin. OMIM:ssä on tällä hetkellä yli 420 fenotyyppisarjaa, joihin kuuluu yli 3500 fenotyyppiä. Useita fenotyyppejä on useammassa kuin yhdessä sarjassa. Esimerkiksi yhdeksän raajojen lihaskudosdystrofian muotoa luokitellaan myös dystroglykanopatian geenien mutaatioiden lievemmäksi ilmenemismuodoksi (FKRP, POMGNT1, POMT2 jne.).).
Merkintöjen määrä OMIM:ssä 29.9.2018.
| MIM-numeron etuliite . | Autosomaalinen . | X linkitetty . | Y linkitetty . | Mitokondrio . | Summa . |
|---|---|---|---|---|---|
| Geenin kuvaus (*) | 15 164 | 731 | 49 | 35 | 15 979 |
| Geeni ja fenotyypit , yhdistetty (+) | 47 | 0 | 0 | 2 | 49 |
| Fenotyypin kuvaus, molekulaarinen perusta tiedossa (#) | 4964 | 327 | 4 | 31 | 5326† |
| Fenotyypin kuvaus tai lokus, molekulaarinen perusta tuntematon (%) | 1449 | 124 | 4 | 0 | 1577 |
| muut, pääasiassa fenotyyppejä, joilla epäillään olevan mendeliläinen perusta | 1656 | 105 | 3 | 0 | 1764 |
| yhteenlaskettu | 23 280 | 1287 | 60 | 68 | 24 695 |
| MIM-numeron prefix . | Autosomaalinen . | X linkitetty . | Y linkitetty . | Mitokondrio . | Summa . |
|---|---|---|---|---|---|
| Geenin kuvaus (*) | 15 164 | 731 | 49 | 35 | 15 979 |
| Geeni ja fenotyypit , yhdistetty (+) | 47 | 0 | 0 | 2 | 49 |
| Fenotyypin kuvaus, molekulaarinen perusta tiedossa (#) | 4964 | 327 | 4 | 31 | 5326† |
| Fenotyypin kuvaus tai lokus, molekulaarinen perusta tuntematon (%) | 1449 | 124 | 4 | 0 | 1577 |
| muut, pääasiassa fenotyyppejä, joilla epäillään olevan mendeliläinen perusta | 1656 | 105 | 3 | 0 | 1764 |
| yhteenlaskettu | 23 280 | 1287 | 60 | 68 | 24 695 |
†Aikaiset tilastot ovat saatavilla osoitteessa https://omim.org/statistics/entry. OMIM päivitetään öisin, ja päivitettyjä merkintöjä voi tarkastella päivityslistalla (https://omim.org/statistics/update) ja/tai seurata MIMmatchin kautta. Noin 40 % tietokantaan kuukausittain lisättävistä uusista merkinnöistä on uusia fenotyyppejä. †Jotkut #-merkkiset merkinnät edustavat syöpämerkintöjä, jotka johtuvat somaattisista mutaatioista useissa geeneissä; alttius monimutkaiselle sairaudelle tai infektiolle (esim, syöpä, verenpainetauti, HIV-infektio), joissa on oligogeenisia osuuksia (ks. https://omim.org/statistics/geneMap leikattujen morbidikarttojen lukumäärät).
Omim-merkintöjen määrä OMIM:ssä 29.9.2018.
| MIM-järjestelmän numeron prefiksin alkuosoite . | Autosomaalinen . | X linkitetty . | Y linkitetty . | Mitokondrio . | Summa . |
|---|---|---|---|---|---|
| Geenin kuvaus (*) | 15 164 | 731 | 49 | 35 | 15 979 |
| Geeni ja fenotyypit , yhdistetty (+) | 47 | 0 | 0 | 2 | 49 |
| Fenotyypin kuvaus, molekulaarinen perusta tiedossa (#) | 4964 | 327 | 4 | 31 | 5326† |
| Fenotyypin kuvaus tai lokus, molekulaarinen perusta tuntematon (%) | 1449 | 124 | 4 | 0 | 1577 |
| Muu, pääasiassa fenotyyppejä, joilla epäillään olevan mendeliläinen perusta | 1656 | 105 | 3 | 0 | 1764 |
| yhteenlaskettu | 23 280 | 1287 | 60 | 68 | 24 695 |
| MIM-numeron prefix . | Autosomaalinen . | X linkitetty . | Y linkitetty . | Mitokondrio . | Summa . |
|---|---|---|---|---|---|
| Geenin kuvaus (*) | 15 164 | 731 | 49 | 35 | 15 979 |
| Geeni ja fenotyypit , yhdistetty (+) | 47 | 0 | 0 | 2 | 49 |
| Fenotyypin kuvaus, molekulaarinen perusta tiedossa (#) | 4964 | 327 | 4 | 31 | 5326† |
| Fenotyypin kuvaus tai lokus, molekulaarinen perusta tuntematon (%) | 1449 | 124 | 4 | 0 | 1577 |
| muut, pääasiassa fenotyyppejä, joilla epäillään olevan mendeliläinen perusta | 1656 | 105 | 3 | 0 | 1764 |
| yhteenlaskettu | 23 280 | 1287 | 60 | 68 | 24 695 |
†Aikaiset tilastot ovat saatavilla osoitteessa https://omim.org/statistics/entry. OMIM päivitetään öisin, ja päivitettyjä merkintöjä voi tarkastella päivityslistalla (https://omim.org/statistics/update) ja/tai seurata MIMmatchin kautta. Noin 40 % tietokantaan kuukausittain lisättävistä uusista merkinnöistä on uusia fenotyyppejä. †Jotkut #-merkkiset merkinnät edustavat syöpämerkintöjä, jotka johtuvat somaattisista mutaatioista useissa geeneissä; alttius monimutkaiselle sairaudelle tai infektiolle (esim, syöpä, verenpainetauti, HIV-infektio), joissa on oligogeenisia osuuksia (ks. https://omim.org/statistics/geneMap eriteltyjen Morbid Map -lukujen osalta).
Sairausgeenien löytämisen vauhti OMIM Morbid Map Scorecard -luettelon mukaan. Nykyinen tuloskortti on saatavilla osoitteesta https://omim.org/statistics/geneMap. Syyskuun 29. päivänä 2018 oli yli 6259 sairautta, jotka jakautuvat 3961 geeniin.
Sairausgeenien löytämisvauhti OMIM Morbid Map Scorecardin luetteloimana. Nykyinen tuloskortti on saatavilla osoitteesta https://omim.org/statistics/geneMap. Syyskuun 29. päivänä 2018 oli yli 6259 sairautta, jotka jakautuvat 3961 geeniin.
OMIM:n tietolähde on vertaisarvioitu biolääketieteellinen kirjallisuus. Korkean vaikuttavuuden lehtien tarkastelua, PubMedin kohdennettuja hakuja ainutlaatuisten fenotyyppi-geenisuhteiden löytämiseksi, käyttäjien antamia ehdotuksia ja kuratointiprosessissa tunnistettuja artikkeleita seurataan ja merkitään laskennallisesti geeni-, tauti- ja mutaatiokäsitteiden osalta PubTatorin avulla (3). Tarkasteltavat artikkelit haetaan kustantajien verkkosivuilta, jotta varmistetaan, että artikkelien lopullinen, muokattu versio ja lisätiedot löytyvät ajoissa osoitteesta DeepL. Etusijalle OMIM-tietokantaan sisällytetään artikkelit, jotka määrittelevät uusia geeni-fenotyyppisuhteita, laajentavat merkittävästi ymmärrystämme ihmisen biologiasta tai edistävät merkittävästi häiriön täydellistä kliinistä luonnehdintaa sekä taudin etiologiaa ja patogeneesiä. OMIM-tietueiden ja -tietojen luomisesta ja kuratoinnista vastaa Johns Hopkinsin yliopiston lääketieteellisen tiedekunnan kokopäiväinen asiantuntijahenkilöstö, joka kuulee tarvittaessa alan asiantuntijoita. OMIM ei sisällä kaikkia aihetta käsitteleviä artikkeleita; OMIMiin sisältymättömien aihetta käsittelevien lisäartikkeleiden löytämisen helpottamiseksi jokaisen kappaleen jälkeen on ”viite plus”-kuvake. Tätä kuvaketta napsauttamalla saadaan PubMedissä esiin muita artikkeleita, joiden sisältö on samankaltainen kuin OMIM-merkinnän kohdassa olevat viittaukset.
CLINICAL SYNOPSES
OMIM-fenotyyppimerkinnät on linkitetty Clinical Synopsesiin. Nämä taulukkomuotoiset luettelot häiriön kliinisistä piirteistä on järjestetty anatomisesti, ja ne on luotu ensisijaisesti kliinikkojen käyttöön. Koska OMIM määrittelee fenotyypin aina siihen geeniin asti, joka on mutaantunut häiriössä, synopsiksen piirteet rajoittuvat potilaisiin, joilla on kyseinen fenotyyppi. Kliinikot ja tutkijat, jotka ovat kiinnostuneita vertailemaan useiden fenotyyppien kliinisiä piirteitä, voivat nyt tarkastella yhteenvetoja rinnakkain (kuva 2). He voivat myös tarkastella fenotyyppisarjan jäsenten kliinisiä yhteenvetoja tällä tavoin. Nämä sairauksien molekyyliperustaan perustuvien kliinisten piirteiden rinnakkaiset anatomiset vertailut antavat lääkäreille tietoa potilaidensa erityisistä ennusteista tai hoidoista, mikä lisää yksilöllisempää hoitoa. Synopsien kliiniset piirteet on linkitetty kontrolloituihin sanastoihin, kuten Unified Medical Language System (UMLS) (4), Human Phenotype Ontology (HPO) (5), International Classification of Diseases (ICD), Disease Ontology (DO) (6) ja Orphanet (7) -koodeihin. Kliinisen yhteenvedon koko sivunäkymän yläosassa on vaihtopainike näiden ”Feature ID:iden” tarkastelemiseksi. Kliinisten synopsien vertailua käsitellään OMIM:n online-video-opetuksessa ja Current Protocols in Bioinformatics -teoksen (8) luvussa.
OMIM:n kliinisiä synopseja voidaan valita ja tarkastella vierekkäin, jotta synopsien välisiä ja niiden välisiä kliinisten piirteiden yhtäläisyyksiä ja eroja voidaan tarkastella nopeasti. Anatomiset otsikot voidaan avata tai sulkea ominaisuuksien vertailun helpottamiseksi.
OMIM:n kliinisiä synopseja voidaan valita ja tarkastella vierekkäin, jotta kliinisten ominaisuuksien samankaltaisuuksia ja eroja voidaan tarkastella nopeasti synopsien välillä ja niiden välillä. Anatomiset otsikot voidaan vaihtaa auki tai kiinni ominaisuuksien vertailun helpottamiseksi.
GENEETTISTEN PHENOTYYPIEN JA HÄIRIÖIDEN LUOKITTELU JA NIMEÄMINEN
Omimissa esiintyviin fenotyyppeihin kuuluvat yhden geenin Mendelin häiriöt (esim, Marfanin oireyhtymä, akondroplasia, Huntingtonin tauti), ominaisuudet (esim. hiusten ja silmien väri), alttius lääkeaineiden aiheuttamille reaktioille (esim. maligni hypertermia, varfariiniherkkyys), muuttunut alttius tai reaktio infektioille (herpes simplex -enkefaliitti, HIV-infektion eteneminen AIDS:ksi) ja sukusolujen aiheuttama alttius syövän synnyttämiselle (esim. BRCA1:n synnyttämä ja rinta-/munasyöpä). Jotkin toistuvat deleetio/duplikaatio-oireyhtymät käyttäytyvät mendeliläisellä tavalla (esim. Smith-Magenis- ja Potocki-Lupskin oireyhtymät), ja OMIM on laajentanut tätä merkintöjen luokkaa. Jotkin häiriöt, joiden luultiin johtuvan DNA:n ituradan muutoksista, ovat osoittautuneet somaattisessa mosaiikkitilassa esiintyviksi (esim. McCune-Albirghtin oireyhtymä tai Proteus-oireyhtymä); nämä fenotyypit, joissa ituradan muutos olisi tappava, tarjoavat arvokasta tietoa ihmisen geenien toiminnasta ja sairauksien patofysiologiasta. Ihmisen tautiprosessien ymmärtämiseksi OMIM sisältää valikoituja somaattisia mutaatioita syövissä (esim. BRAF:n p.V660E-mutaatio, MIM:164757.0001), jotka ovat perustavanlaatuisia biologian ja lääketieteen ymmärtämiselle.
OMIM arvioi ilmoitukset uusista fenotyypeistä luettelossa esiintyvien fenotyyppien yhteydessä. Ilmoitukset, joissa kuvataan oletettavasti uutta fenotyyppiä, arvioidaan seuraavien kysymysten perusteella: Kuinka monta potilasta on kuvattu kuinka monessa raportissa? Mitkä yhteiset piirteet todella määrittelevät fenotyypin, ja kuinka perusteellisia kliiniset kuvaukset ovat? Edustaako tämä piirteiden yhdistelmä uutta kokonaisuutta? Muodostavatko häiriön eri piirteet yhden häiriön kliinistä vaihtelua vai määrittelevätkö ne erillisiä häiriöitä? Onko samoja tai samankaltaisia piirteitä kuvattu eri nimellä? Onko fenotyyppi samanlainen kuin muut OMIM:ssä olevat fenotyypit? Voidaanko fenotyyppi luokitella muihin häiriöihin? Näihin kysymyksiin vastaamisessa on otettava huomioon myös genetiikkayhteisön näkemykset ja mahdolliset erimielisyydet sekä julkaistut nosologiat. Koska fenotyypin (piirteiden muodostaman kokonaisuuden) määrittely geneettisenä kokonaisuutena on kehittyvä prosessi, häiriön nimeäminen OMIM-tietokannassa voi muuttua ajan myötä, mutta MIM-numero pysyy vakaana tunnisteena. OMIM jakaa fenotyypit niiden molekyyliperustan mukaan. Geneettisesti heterogeenisen fenotyypin yksittäiset jäsenet ryhmitellään fenotyyppisarjoihin. Keskustelu geneettisestä heterogeenisyydestä ja yleinen fenotyypin kuvaus löytyy sarjan alimmasta numeroidusta jäsenestä, ja jokaisella sarjalla on yksilöllinen PS-numero. Kliiniset yhteenvedot ovat spesifisiä potilaille, joilla on sama muuttunut geeni, ja niiden kliinisiä yhteenvetoja voidaan tarkastella rinnakkain fenotyyppisarjoissa.
Fenotyyppien nimien tulisi olla yksilöllisiä, parantaa kliinistä hoitoa ja luokittelua ja olla helposti kommunikoitavia. Lyhenteet ja eponymit voivat molemmat palvella tätä tarkoitusta. Kun fenotyyppi määritetään OMIMiin uudeksi, sille annetaan numero ja nimi. Jos sama tai samankaltainen fenotyyppi on jo olemassa OMIM:ssä, mutta fenotyyppi johtuu eri geenin mutaatiosta, olemassa oleva nimi säilytetään, sen jälkeen annetaan järjestysnumero ja fenotyyppi lisätään fenotyyppisarjaan. Jos fenotyyppi ei ole samanlainen kuin OMIM:ssä oleva fenotyyppi, kolmesta viiteen kliinisesti merkittävintä piirrettä käytetään luomaan lyhenne tai alkukirjain, joka on sekä informatiivinen että mieleenpainuva; tai jos piirteitä on liian paljon tai ne ovat liian vaihtelevia, valitaan nimimerkki käyttäen niiden kirjoittajien nimiä, jotka ensimmäisenä kuvasivat tai perustivat fenotyypin ja geenin välisen yhteyden, jolloin samanniminen fenotyyppi sidotaan sitä kuvanneeseen artikkeliin (tai artikkeleihin), joissa se on kuvattu.
Koska fenotyypit ja geenit ovat toisistaan erillään olevia konsepteja, niiden nimien on kehityttävä tarkoituksenmukaisella tavalla toisistaan riippumatta. OMIM ei nimeä fenotyyppejä geenisymbolin mukaan monista syistä, joista ehkä tärkein on se, että potilailla on kliinisiä piirteitä, kaikilla fenotyypeillä ei ole tunnustettua molekyylipohjaa, ja monia ihmisiä ympäri maailmaa ei tulla sekvensoimaan. Potilaalla on sairaus riippumatta siitä, tunnetaanko sen syy vai ei. Lisäksi yli kolmannes >4000 tautigeenistä aiheuttaa useamman kuin yhden fenotyypin, joista jokaisella on omat ainutlaatuiset piirteensä, ennusteensa ja hoitonsa. Esimerkiksi MSX1-geeni aiheuttaa kolme erityyppistä sairautta (kuva 3A). Saman nimen käyttö geenille ja fenotyypille sekoittaa kirjallisuutta ja vaikeuttaa tekstinlouhintaa ja koneoppimista. Lisäksi geenin nimi muuttuu usein sitä mukaa, kun tieto geenin toiminnasta lisääntyy. Kun fenotyyppi järjestetään sen eri kliinisiin alatyyppeihin, voidaan tunnistaa syy-seurausmalleja (polkuja ja vuorovaikutuksessa olevia proteiineja), jotka eivät olisi mahdollisia, jos häiriöt nimettäisiin vain niitä aiheuttavien geenien mukaan. Ehlers-Danlosin oireyhtymän (EDS) eri tyyppien havainnollistaminen (kuva 3B) on tyylikäs esimerkki tästä. Mielenkiintoista on, että komplementti 1:n erilaiset komponentit aiheuttavat parodontaalisen EDS:n, kun taas sinkin kuljettaja ja O-sidoksissa olevan glykosylaatioreitin komponentit aiheuttavat EDS:n spondyloplastisen muodon. Hypermobiliteettityyppi ei ole vielä antautunut intensiiviselle molekyylitutkimukselle, mikä viittaa siihen, että kyseessä saattaa olla oligogeeninen tai monitekijäinen sairaus.
Kliinisen nimeämisen hyödyntäminen molekyylibiologian kautta. OMIM:n lähestymistapa nimeämiseen tehostaa fenotyyppien ja niiden molekyyliperustan välisen suhteen analysointia ja tarjoaa uusia tutkimusväyliä lisääntyneen molekyyliymmärryksen kautta. Samankaltaisten fenotyyppien ryhmittely fenotyyppisarjoiksi helpottaa toisiinsa liittyvien kliinisten tilojen taustalla olevien geenien keräämistä. (A) MSX1-geenin vaihtelu voi aiheuttaa kolme kliinisesti erilaista sairautta, joista kukin on osa erillistä fenotyyppistä sarjaa. Kussakin sarjassa luetellaan saman fenotyypin eri muodot, jotka johtuvat eri geeneistä (numerot harmaalla). (B) Ehlers-Danlosin oireyhtymä on luokiteltu 13 eri kliiniseen alatyyppiin. Yhdessä alatyypissä, hypermobilessa, ei ole löydetty mutatoitunutta geeniä tai mutatoituneita geenejä. Joidenkin alatyyppien on todettu olevan geneettisesti heterogeenisiä, ja EDS-oireyhtymiä on yhteensä 21 erilaista. Alatyyppien ja niiden aiheuttajageenien ryhmittely tarjoaa ainutlaatuisen painopisteen biologiselle tutkimukselle.
Kliinisen nimeämisen hyödyntäminen molekyylibiologian kautta. OMIM:n lähestymistapa nimeämiseen tehostaa fenotyyppien ja niiden molekyyliperustan välisen suhteen analysointia ja tarjoaa uusia tutkimusväyliä lisääntyneen molekyyliymmärryksen kautta. Samankaltaisten fenotyyppien ryhmittely fenotyyppisarjoiksi helpottaa toisiinsa liittyvien kliinisten tilojen taustalla olevien geenien keräämistä. (A) MSX1-geenin vaihtelu voi aiheuttaa kolme kliinisesti erilaista sairautta, joista kukin on osa erillistä fenotyyppistä sarjaa. Kussakin sarjassa luetellaan saman fenotyypin eri muodot, jotka johtuvat eri geeneistä (numerot harmaalla). (B) Ehlers-Danlosin oireyhtymä on luokiteltu 13 eri kliiniseen alatyyppiin. Yhdessä alatyypissä, hypermobilessa, ei ole löydetty mutatoitunutta geeniä tai mutatoituneita geenejä. Joidenkin alatyyppien on todettu olevan geneettisesti heterogeenisiä, ja EDS-oireyhtymiä on yhteensä 21 erilaista. Alatyyppien ja niiden aiheuttajageenien ryhmittely tarjoaa ainutlaatuisen fokuksen biologiselle tutkimukselle.
MORBIDI- JA SYNOPSIKARTAT
OMIM käyttää genomista referenssirakennetta GRCh38. OMIM:ssä olevat geenit on kartoitettu NCBI:n Entrez-tunnuksiin ja Ensembl-tunnuksiin NCBI:ssä saatavilla olevien taulukoiden perusteella. Genomikoordinaattihakuja voidaan tehdä Gene Map -hakuvaihtoehdossa. OMIM:n geenikarttaa käytetään fenotyyppi-geeni/geeni-fenotyyppi-suhdetaulukoiden, fenotyyppisarjojen ja geenikarttanäkymien näyttämiseen. Näissä näkymissä näytetään kenttä, joka kuvaa fenotyyppien periytymistietoja, ja se on saatavilla genemap-lataustiedostossa.
ULKOISET LINKIT JA YHTEISTYÖT
Kaikki OMIM-tietueet sisältävät linkkejä moniin muihin genomiresursseihin, kuten vuoden 2015 tietokantaraportissa on yksityiskohtaisesti esitetty. Vain ne linkit, joissa on kyseistä geeniä tai fenotyyppiä koskeva ajankohtainen linkki, luetellaan merkinnän oikealla puolella olevassa Ulkoiset linkit -laatikossa, ja linkki vie käyttäjän kyseiselle sivulle. Kattava luettelo kaikista linkeistä on saatavilla jokaisen sivun yläosassa olevasta Ohje-linkistä, ja se vie käyttäjän kyseisen resurssin etusivulle. Ulkoiset linkit -laatikon lisäksi OMIM-tietueessa on linkkejä eri paikoissa. OMIM sisältää linkkejä moniin variaatioresursseihin, kuten ExAC:iin ja gnomAD:iin (9), sekä HGVS:n rekisteröimiin lokuskohtaisiin tietokantoihin. Kaikki OMIM-variantit luetteloidaan ClinVariin (10), ja ne päivitetään öisin kyseiseen resurssiin. ClinVar- ja ExAC-linkit ovat saatavilla OMIM-geenitietueen Allelic Variant -osiosta ja Allelic Variant -taulukkonäkymävaihtoehdosta.
OMIM on aktiivisesti mukana erilaisissa kansainvälisissä ponnisteluissa tautien nosologioiden ja ontologioiden luokittelemiseksi ja uudelleenjärjestämiseksi. Vuonna 2017 OMIM osallistui raajojen lihaskudosdystrofioiden uudelleenluokitteluun (11). OMIM osallistuu aktiivisesti ClinGenin (12) Lumping and Splitting Work Group -työryhmään. (Klassisesti ”lumping and splitting” on käytetty kuvaamaan fenotyypin geneettistä heterogeenisuutta. ClinGen käyttää sitä kuitenkin kuvaamaan fenotyyppistä monimuotoisuutta paikassa). Lisäksi OMIM tekee yhteistyötä kansainvälisen Gene Curation Collaboration (GenCC) -ryhmän kanssa, joka on ryhmä kuratoituja resursseja, jotka pyrkivät yhdenmukaistamaan terminologiaa erilaisten geenien ja sairauksien välisten suhteiden luonteen määrittelemiseksi.
TIEDON LATAUS JA API
Omimimin tutkimus- ja opetuskäyttöä kannustetaan. Taulukko, joka yhdistää OMIM-geenit NCBI- ja Ensembl-tunnuksiin (mim2gene.txt), on saatavilla ilman rekisteröintiä jokaisen OMIM.org-verkkosivun Downloads-linkistä. Geenikarttatiedosto, joka sisältää geenin ja fenotyypin väliset suhteet, mukaan lukien fenotyypin periytyminen, sekä MIM-tietueiden otsikot ja numerot sisältävä tiedosto ovat saatavilla suojatulta HTTPS-palvelimelta rekisteröinnin jälkeen. Yksittäisen käyttäjän akateemiset, voittoa tavoittelemattomat ja valtion virastot voivat saada käyttöoikeuden rekisteröitymisen jälkeen institutionaalisella sähköpostiosoitteella. Voittoa tavoittelevien yritysten tai kaikkien, jotka suunnittelevat OMIM-tietojen uudelleen esittämistä tai sisällyttämistä ohjelmistoihin, on hankittava lisenssi, jotta voidaan varmistaa tietojen omistusoikeus ja tietojen käytön eheys.
OHJELMAT JA OPPIKIRJAT
Omim.org-sivustolla saatavilla oleva MIMmatch-palvelu tarjoaa käyttäjille helpon tavan seurata päivityksiä kiinnostaviin geeneihin ja fenotyyppeihin, pysyä ajan tasalla uusista tautien ja geenien välisistä suhteista, löytää muita samankaltaisia kiinnostuksen kohteita omaavia tiedemiehiä ja tallentaa hakuja. Lisäksi MIMmatch-käyttäjät voivat ladata enintään 1000 merkintää. Tällä hetkellä MIMmatchiin on rekisteröitynyt yli 2200 käyttäjää. MIMmatch-käyttäjien nimiä ei jaeta kolmansille osapuolille, eikä sähköposti-ilmoituksia lähetetä kuin yksi päivässä. Käyttäjien on rekisteröidyttävä voimassa olevalla sähköpostiosoitteella ja vahvistettava rekisteröinti tilin aktivoimiseksi. OMIMin apuvalikot tarjoavat vastauksia usein kysyttyihin kysymyksiin, yksityiskohtaisen haun ja API-avun. Näissä asiakirjoissa annetaan myös yleiskatsaus OMIMin tietorakenteeseen. Yksityiskohtainen opas OMIM-hakuun on nyt esitetty Current Protocols -julkaisun (8) luvussa, ja video-opastusta OMIM-hakuun ja MIMmatchin käyttöön on saatavilla useista OMIM.org-sivuston linkeistä.
Omim on jo yli 50 vuoden ajan ollut perustavanlaatuinen tietolähde kliinikoille ja tutkijoille, jotka työskentelevät molekyylibiologian, genetiikan, genomiikan ja lääketieteen alalla. Maailmanlaajuisesti yli kaksi miljoonaa käyttäjää vuodessa ja yli miljoona käyttäjää, jotka palaavat yli 100 kertaa vuodessa, OMIM pysyy ajankohtaisena ja arvovaltaisena tieteellisen kirjallisuuden huolellisen valinnan, tarkastelun ja kuratoinnin ansiosta. OMIM on ensisijainen tietolähde, josta löytyy tietoa geenien ja sairauksien välisestä suhteesta. Vapaatekstinen, jäsennelty muoto tarjoaa tarvittavaa joustavuutta näiden suhteiden vivahteiden selittämiseen sekä niiden taustalla olevien uusien biologisten ja patologisten prosessien kuvaamiseen. Kun genomitutkimuksesta tulee yhä olennaisempi osa kaikkea lääketiedettä, OMIM:n ennennäkemättömän laaja ja rikas kuvaus ihmisen fenotyypeistä ja geeneistä tarjoaa asiantuntevaa ja oikea-aikaista tukea kliinikoille ja tutkijoille monilla eri tieteenaloilla.
RAHOITUS
National Institutes of Health . Avoimen saatavuuden maksun rahoitus: National Institutes of Health .
Esintressiristiriitoja koskeva lausunto. None declared.
.
; 12th edn
:
.
,
,
,
,
.
;
:
–
.
,
,
.
;
:
–
.
,
.
;
:
–
.
,
,
,
,
,
,
,
,
,
et al.
.
;
:
–
.
,
,
,
,
,
,
.
;
:
.
,
,
,
,
,
.
;
:
–
.
,
.
.
;
:
–
.
,
,
,
,
,
,
,
,
,
et al.
.
.
;
:
–
.
,
,
,
,
,
,
.
;
:
–
.
,
,
.
;
:
–
.
,
,
,
,
,
,
,
,
,
et al.
.
;
:
–
.
Tekijän muistiinpanot
Nykyinen osoite: Ada Hamosh, MD, MPH, McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD 21287, USA.