Esta subsección de la sección Función especifica la posición y el tipo de cada dominio de unión al ADN presente en la proteína.
Anotamos los dominios de unión al ADN definidos experimentalmente y los dominios de unión al ADN conservados definidos por los recursos InterPro PROSITE, Pfam y SMART; los ejemplos incluyen el dominio AP2/ERF, el dominio ETS, el dominio Fork-Head, la caja HMG y el dominio Myb.
Dominios de unión al ADN previstos
Ejemplos: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Tipos especiales de dominio de unión al ADN
a. Proteínas bHLH y bZIP
En el caso de los dominios básicos de hélice-bucle-hélice (bHLH) y de cremallera de leucina básica (bZIP), describimos los motivos HLH y de cremallera de leucina C-terminales por separado en la subsección de dominios de la sección «Familia y dominios». La región básica N-terminal de estos dominios se describe en la subsección ‘Unión al ADN’.
Para las proteínas bHLH, la región básica suele ir directamente seguida del dominio HLH en la secuencia.
Ejemplo: P35869
En las proteínas bZIP, la región básica es seguida por el dominio leucina-cierre, caracterizado por un motivo LXXXXL, y comienza con el primer Leu/Ile y termina con los últimos residuos Leu/Ile.
Ejemplos: P18289, P15407
b. Proteínas homeobox
Las proteínas homeobox constituyen una gran familia que contiene varios subtipos. Cuando una homeobox pertenece a un subtipo, se indica en el campo ‘Descripción’ después de ‘Homeobox’ precedido de un punto y coma.
Ejemplos: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Cuando un homeobox particular está incompleto o difiere significativamente del consenso puede ser anotado como ‘parcial’ o ‘atípico’.
Ejemplos: Q6WRX8, Q8MJD5
Dominios de unión al ADN determinados experimentalmente
Cuando un dominio de unión al ADN ha sido identificado experimentalmente pero no corresponde a un dominio modelado por un recurso InterPro, entonces se indica el simple hecho de la existencia del dominio pero no se proporciona ninguna descripción particular.
Ejemplo: P13574
Dichos dominios se transfieren a especies cercanas utilizando el calificador «Por similitud».
Ejemplo: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger