Restauración
Los objetivos del Plan de Conservación de Peces Autóctonos de Yellowstone (2010) incluyen la recuperación de la abundancia de YCT en el lago hasta la documentada a finales de los años 90, el mantenimiento del acceso para el desove de YCT en al menos 45 de los 59 afluentes históricos de desove del lago Yellowstone, y el mantenimiento o la restauración de YCT genéticamente puros en la extensión actual de los arroyos ocupados por YCT puros o híbridos.
Río Lamar
Debido a que no existen barreras para la migración de los peces río arriba en el río Lamar, los descendientes de las truchas arco iris repobladas en la década de 1930 se han extendido a muchos lugares de la cuenca y se han hibridado con las truchas degolladas. Los análisis genéticos indican que las truchas arco iris de la cabecera del río Lamar permanecen genéticamente inalteradas.
Para proteger a las truchas arco iris de Yellowstone que quedan, el NPS ha implementado un enfoque de eliminación selectiva. En 2014 se instituyó una regulación obligatoria de pesca con muerte para todas las truchas arcoíris capturadas aguas arriba del puente del río Lamar. La normativa actual establece que todos los peces no autóctonos y los híbridos identificables de trucha arco iris y degollada aguas arriba de Knowles Falls deben ser sacrificados. La eliminación selectiva por electropesca se ha llevado a cabo anualmente a través del valle de Lamar desde 2013. En 2019, el 7% de los peces muestreados durante las encuestas de electropesca aguas arriba del cañón del río Lamar se clasificaron como trucha arco iris o híbrida. Este bajo porcentaje contrasta con el trabajo realizado aguas abajo del Cañón.
En 2015, se muestrearon 136 peces aguas abajo del puente del río Lamar. Sobre la base de la identificación en el campo, el 48% eran truchas degolladas de Yellowstone, el 19% eran truchas arco iris y el 31% eran híbridos. La mayoría de estos peces fueron marcados con radiotransmisores o etiquetas de transpondedor integrado pasivo (PIT) como parte de un proyecto de investigación en curso para determinar si las truchas de corte de Yellowstone, las truchas arco iris y las truchas híbridas están utilizando las mismas áreas para desovar y el momento del desove y para informar sobre las acciones de gestión.
Slough Creek
En Slough Creek, se han encontrado híbridos de trucha arco iris-cortada con una frecuencia cada vez mayor en la última década. A diferencia del río Lamar, Slough Creek es más pequeño y se ha construido una barrera para el movimiento de los peces río arriba. Con una barrera en su lugar y la trucha arco iris ya no se permite el paso en el sistema, las truchas arco iris e híbridas existentes se pueden gestionar eficazmente con la pesca con caña y la eliminación de la pesca con electrodos.
Soda Butte Creek
La trucha de arroyo se estableció en Soda Butte Creek fuera de los límites del parque y se extendió aguas abajo en las aguas del parque a principios de la década de 2000. Inicialmente, la trucha de arroyo estaba aislada en los tramos de cabecera por una barrera química creada por la contaminación de la mina aguas arriba de Cooke City, Montana. Cuando se taparon los residuos de la mina y mejoró la calidad del agua, la trucha de arroyo pasó río abajo y empezó a tener un impacto negativo sobre la trucha común.
Durante casi dos décadas, los estudios interinstitucionales de pesca eléctrica fueron suficientes para mantener bajas las poblaciones de trucha de arroyo, pero no impidieron la expansión del área de distribución. Con el tiempo, la trucha de arroyo se extendió río abajo y se convirtió en una amenaza para el río Lamar. Además, se siguió identificando la hibridación de la trucha arco iris en la trucha de corte aguas arriba del cañón Ice Box.
En 2013 se modificó la cascada Ice Box para que fuera una barrera completa para el movimiento de los peces aguas arriba, eliminando así por completo la amenaza de los peces no nativos que viajaban aguas arriba. Casi 450 truchas de arroyo fueron eliminadas durante el tratamiento químico en 2015. Solo se recogieron dos truchas de arroyo de Soda Butte durante un segundo tratamiento en 2016. Desde 2017, el muestreo de ADN electrónico y la electropesca, así como las encuestas de electropesca, no encontraron evidencia de trucha de arroyo en el sistema. Esto es una buena indicación de que se logró una matanza completa en el drenaje.
Complejo de Elk Creek
Hay una barrera de cascada natural en Elk Creek justo aguas arriba de su confluencia con el río Yellowstone. La cascada impidió que los peces poblaran de forma natural el sistema, por lo que el complejo de arroyos de Elk, Lost y Yancey (Complejo de Elk Creek) carecía de peces cuando se repobló por primera vez con truchas de río a principios de la década de 1920. En 1942, los arroyos fueron repoblados con trucha de arroyo, lo que provocó la pérdida total de la trucha común.
El complejo de Elk Creek fue tratado con rotenona anualmente desde 2012 hasta 2014 para eliminar la trucha de arroyo. Una vez eliminada la trucha de arroyo, se inició la reintroducción de la trucha degollada nativa de Yellowstone. Los arroyos Antelope y Pebble proporcionaron peces para repoblar el complejo de Elk Creek en octubre de 2015. En 2016 y 2017 se realizaron repoblaciones adicionales. También se documentó la reproducción natural en 2017 durante los estudios de electropesca.