Alexis
El reinado del hijo de Miguel, Alexis (Aleksey Mikhaylovich), a quien las generaciones posteriores consideraron el modelo mismo de un zar benévolo y amable, comenzó mal. Al igual que su padre, Alexis llegó al trono siendo apenas un niño. Inmediatamente, el boyardo que controlaba el gobierno, Boris Ivanovich Morozov, se embarcó en políticas que llevaron al gobierno al borde del desastre. Morozov recortó los sueldos del gobierno; también introdujo un impuesto sobre la sal y el monopolio estatal del tabaco, el primero causando penurias y descontento generalizados y el segundo provocando la condena de la iglesia. Al mismo tiempo, alienó a los grupos de boyardos cercanos al trono por su interferencia en el matrimonio de su pupila.
Cortesía del Museo Histórico Estatal, Moscú
Las acciones de Morozov exacerbaron una situación ya peligrosa en el país. La población de las ciudades y la burguesía de servicio, en particular, estaban muy agobiados por los impuestos y otras obligaciones y estaban cada vez más enfadados por la creciente riqueza y poder de la camarilla gobernante. Durante una revuelta en Moscú en mayo de 1648, una turba rodeó al zar de 19 años y exigió la ejecución de Morozov y los principales funcionarios. Algunos de estos últimos fueron arrojados a la turba, y se organizó un breve exilio protector para Morozov. Los enemigos boyardos de Morozov, que tal vez fueron cómplices del motín, tomaron el control de los asuntos y llevaron a cabo una serie de reformas. Se puso fin al impuesto sobre la sal y al monopolio del tabaco, y se creó una comisión para la redacción de un nuevo código de leyes. Continuaron los graves desórdenes en las ciudades del norte, sobre todo en Pskov y Nóvgorod, donde fue necesario recurrir a la fuerza para reimponer la autoridad.
En Nóvgorod, el principal protagonista de los intereses del gobierno era el metropolitano Nikon, un monje enérgico y autoritario que había hecho influyentes amigos en Moscú mientras era archimandrita en la iglesia de la familia Romanov y que continuó cultivando asiduamente al zar y sus relaciones mientras estaba en Nóvgorod. En 1652, sus gestiones le valieron el patriarcado. La tradición cuenta que Nikon, antes de aceptar el cargo, exigió al zar una declaración de plena obediencia en asuntos religiosos y morales. En los primeros años de mandato de Nikon, sus relaciones con Alexis y la corte fueron buenas. El patriarca, con el apoyo oficial, llevó a cabo una serie de reformas litúrgicas y organizativas, rodeándose de una impresionante burocracia modelada en el aparato estatal. Sin embargo, las relaciones con el zar se volvieron tensas en 1658 y, tras ser desairado públicamente por Alexis, Nikon anunció que abandonaba el patriarcado. Más tarde sostuvo que simplemente se había recluido temporalmente, pero su poder e influencia efectivos habían llegado a su fin.
El principal acontecimiento del reinado de Alexis fue la anexión de Ucrania oriental. Su gobierno había continuado con la política anterior de evitar enredos en Occidente mientras se expandía hacia el este, pero no pudo resistir la oportunidad que se le ofreció en 1654 cuando Bohdan Khmelnytsky, el líder de una revolución cosaca contra el dominio polaco en Ucrania, solicitó a Moscú la ayuda que no había podido obtener de Suecia y los turcos. Moscú aceptó su lealtad a cambio de ayuda militar y así se involucró en una prolongada lucha con Polonia y Suecia por los territorios de Ucrania, Bielorrusia y el Báltico. Al principio la guerra fue bien, pero pronto se revelaron los diferentes objetivos de los aliados ucranianos y moscovitas. Cuando Carlos X de Suecia entró en la contienda contra Polonia, Alexis hizo la paz, en 1656; temía tanto a una Suecia fuerte como a una Polonia fuerte. Las fuerzas moscovitas se lanzaron a la guerra con Suecia por los territorios de Estonia, Livonia y Carelia a lo largo de la costa del Báltico. La situación en Ucrania se volvió cada vez más confusa y peligrosa para Moscú, y fue necesario poner fin a la guerra con Suecia en 1661, aun a costa de ceder, una vez más, la costa del Báltico.
En Ucrania la guerra adquirió un nuevo aspecto cuando en 1664 Pedro Doroshenko, un nuevo líder, se puso bajo la protección de los otomanos. Los turcos se unieron en una serie de importantes operaciones militares, alarmando tanto a Polonia como a Moscú lo suficiente como para llevarlos a una tregua en Andrusovo (1667). Polonia reconoció el control de Moscú sobre el este de Ucrania y Kiev, mientras que Moscú cedió la parte de Ucrania al oeste del Dniéper y la mayor parte de Bielorrusia.
La paz no mejoró mucho la posición del gobierno, ya que ese mismo año se inició un movimiento de amenaza entre los cosacos del Don y los campesinos de la región del Volga, liderado por Stenka Razin, y una batalla política dentro de los círculos internos de la corte, causada por la muerte de la esposa de Alexis. Después de dos años, Alexis se casó con Nataliya Naryshkina. Sin embargo, en 1676 murió el propio Alexis y le sucedió Fiódor, un hijo enfermizo de su primera esposa, Mariya Miloslavskaya. Se inició una lucha entre las familias rivales Naryshkin y Miloslavsky. Los Naryshkin fueron exiliados y los Miloslavskys, con sus clientes y partidarios, tomaron el control. Sin embargo, en 1682 murió Fiódor, y la facción de los Naryshkin intentó colocar a su hermanastro Pedro en el trono en lugar del hermano mayor de Fiódor, el enfermo Iván. El cuerpo de élite de los streltsy (una casta militar hereditaria) se rebeló y estableció a la hermana mayor de Iván, Sofía, como regente. Para la ascensión y el reinado de Pedro el Grande, véase más abajo El reinado de Pedro I (el Grande; 1689-1725).