Los borgoñones eran un pueblo escandinavo cuya patria original se encontraba en la orilla sur del mar Báltico, donde la isla de Bornholm (Burgundarholm en la Edad Media) todavía lleva su nombre. Hacia el siglo I d.C. se trasladaron al valle inferior del río Vístula, pero, al no poder defenderse allí de los gépidos, emigraron hacia el oeste, a las fronteras del Imperio Romano. Allí, sirviendo como foederati, o auxiliares, en el ejército romano, establecieron un poderoso reino, que a principios del siglo V se extendió a la orilla occidental del río Rin y más tarde se centró en Sapaudia (Saboya), cerca del lago Ginebra.
Cuando el dominio de Roma sobre el Imperio de Occidente declinó en la segunda mitad del siglo V, los borgoñones extendieron gradualmente su control sobre las áreas al norte y al oeste de Saboya y luego a través de los valles de los ríos Ródano y Saona. Este segundo reino borgoñón alcanzó su apogeo bajo el legislador y rey cristiano Gundobad (474-516), que promulgó un código de leyes escrito, la Lex Gundobada, para los borgoñones y otro código, la Lex Romana Burgundionum, para sus súbditos galorromanos. Esta Borgoña permaneció independiente hasta el año 534, cuando los francos ocuparon el reino, extinguiendo la dinastía real.
Sin embargo, con la muerte del rey franco Clotar I en el año 561, el reino franco fue repartido entre los miembros de la dinastía merovingia, y uno de los hijos de Clotar, Guntram, se aseguró el regnum Burgundiae, o reino de Borgoña. Este reino acabó incluyendo no sólo todas las antiguas tierras borgoñonas, sino también la diócesis de Arlés en Provenza, el Valle de Aosta al este de los Alpes, e incluso un extenso territorio en el centro-norte de Francia. Siguió siendo un reino merovingio independiente hasta que Carlos Martel, el abuelo de Carlomagno, lo sometió a la Austrasia franca a principios del siglo VIII.
Los carolingios hicieron varias particiones de Borgoña antes de que Boso, gobernante del Viennois, se hiciera proclamar rey de toda Borgoña desde Autun hasta el mar Mediterráneo en 879. Más tarde, los carolingios franceses recuperaron de él el país al oeste del Saona y al norte de Lyon, y los carolingios alemanes recuperaron la Borgoña Jurana, o Alta, (es decir, la Borgoña Transjurana, o el país entre el Jura y los Alpes, junto con la Borgoña Cisjurana, o Franche-Comté). Boso y sus sucesores, sin embargo, pudieron mantenerse en el reino de Provenza, o Baja Borgoña, hasta aproximadamente el año 933.
En el año 888 Rodolfo I (fallecido en el 912) de la familia alemana Welf fue reconocido como rey de la Borgoña jurásica, incluyendo gran parte de lo que hoy es Suiza. Su hijo y sucesor, Rodolfo II, pudo concluir un tratado hacia el año 931 con Hugo de Provenza, sucesor del hijo de Boso, Luis el Ciego, por el que extendía su dominio sobre todo el regnum Burgundiae, excepto las zonas al oeste del Saona. Esta unión de la Alta y la Baja Borgoña fue legada en 1032 al rey y emperador alemán Conrado II y pasó a conocerse a partir del siglo XIII como reino de Arlés, reservándose cada vez más el nombre de Borgoña para el condado de Borgoña (Cisjurane Burgundy) y para el ducado de Borgoña.
El ducado de Borgoña era la parte del regnum Burgundiae al oeste del río Saona; fue recuperado de Boso por los carolingios franceses y siguió formando parte del reino de Francia. El hermano de Boso, Ricardo, conde de Autun, organizó la mayor parte del territorio bajo su propia autoridad. Su hijo Rodolfo (Raúl), que le sucedió en 921, fue elegido rey de Francia en 923. A la muerte de Rodolfo, en el año 936, el rey carolingio Luis IV y Hugo el Grande, duque de los francos, separaron Sens, Troyes y (temporalmente) Langres de Borgoña.
El ducado así formado, aunque más pequeño que su predecesor del siglo X, era más fuerte y permaneció en la familia Capetiana hasta 1361. En su política exterior, los duques capetos se adhirieron lealmente a sus primos los reyes de Francia y en los asuntos internos ampliaron sus dominios e impusieron la obediencia de sus vasallos. Borgoña llegó a ser reconocido como el principal peerage del reino francés.
Tanto el ducado de Borgoña como Cisjurane Borgoña (el condado de Borgoña) florecieron durante este período. Las ciudades prosperaron: Dijon se convierte en una importante ciudad comercial. Los peregrinos acuden a Vézelay y Autun, donde en 1146 se construye una magnífica iglesia en torno a la tumba de San Lázaro. Los monasterios borgoñones eran famosos: Cluny (fundada en 910) se convirtió en el centro de una orden de monjes que se extendía desde Inglaterra hasta España, y en 1098 se fundó el monasterio de Cîteaux y con él una nueva orden religiosa, los cistercienses.
En 1335 se produjo la reunificación de las dos Borgoñas, que terminó en 1361. El rey de Francia, Juan II (el Bueno), reunió el ducado con el dominio de la corona, mientras que la Borgoña cisjurana, o Franche-Comté, pasó al conde independiente de Flandes. Un nuevo período de la historia ducal borgoñona comenzó bajo Juan II, que en 1363 dio el ducado a su hijo Felipe, que se convirtió en Felipe II, conocido como «el Audaz». En 1369 Felipe se casó con la heredera del condado, Margarita de Flandes. En 1384, al morir su suegro, Felipe heredó Nevers, Rethel, Artois y Flandes, así como el Franco Condado. Las dos Borgoñas formaban la parte meridional de un Estado cuyas posesiones norteñas se extendían por los Países Bajos, el valle del Mosa y las Ardenas. En el norte, la expansión iba a continuar (Hainaut, 1428; Brabante, 1430; Luxemburgo, 1443), pero el sur, del que Nevers se separó de nuevo en 1404, fue perdiendo importancia. Sin embargo, Felipe II, que vivía en Borgoña, compró el territorio meridional de Charolais en 1390.
Juan el Intrépido sucedió a Felipe II en 1404 y se dedicó a la lucha con su rival Luis, duque de Orleans, y con los partidarios de Luis bajo el conde de Armagnac, que devastaron las fronteras meridionales de Borgoña entre 1412 y 1435. Juan fue asesinado en 1419, y su hijo Felipe III (el Bueno) continuó la lucha contra los armagnacs y prestó su apoyo a los ingleses durante la Guerra de los Cien Años. El Tratado de Arras (1435), que estableció la paz entre Borgoña y Carlos VII de Francia, amplió considerablemente el dominio borgoñón. Aun así, las bandas de mercenarios continuaron sus depredaciones en Borgoña hasta 1445, tras lo cual el ducado disfrutó de la paz hasta la muerte de Felipe III en 1467.
El siguiente duque, Carlos el Temerario, estuvo constantemente en conflicto con el rey francés Luis XI. El objetivo de Carlos era unir las secciones norte y sur del reino mediante la anexión de Lorena, y exigió al emperador del Sacro Imperio Romano el título de rey de Borgoña. Carlos se vio frustrado en estos esfuerzos por la persistencia de Luis XI, que realizó varias campañas contra él y sometió a Borgoña a un bloqueo económico.
Las dos Borgoñas sufrieron los estragos de la peste negra en 1348 y de las bandas de mercenarios de la Guerra de los Cien Años. La población disminuyó sensiblemente, lo que supuso una fuerte presión sobre la producción en el siglo XV. El lucrativo comercio de cereales, vinos y lana acabada se vio amenazado y las ferias perdieron parte de su importancia. Pero, en general, las dos Borgoñas parecen haber disfrutado de más seguridad que gran parte de Europa durante los siglos XIV y XV.
Tras la muerte de Carlos el Temerario en 1477, su heredera, María de Borgoña, se casó con el archiduque austriaco Maximiliano de Habsburgo (posteriormente emperador del Sacro Imperio Romano Germánico), defraudando así las esperanzas francesas de que se casara con el hijo de Luis XI, Carlos, el futuro Carlos VIII de Francia. Sin embargo, el Tratado de Arras (1482) cedió el Franco Condado a Carlos por su compromiso con la hija de María, Margarita de Austria. Al romper este compromiso, tuvo que ceder el Franco Condado a Austria por el Tratado de Senlis en 1493.
Durante los siguientes 185 años el Franco Condado fue una posesión de los Habsburgo. Mediante el Tratado de San Juan de Losne (1522) con Francia, la neutralidad del condado quedó garantizada durante las guerras entre los Habsburgo y los últimos reyes franceses de la línea Valois. Su prosperidad duradera, potenciada por el desarrollo industrial, puede juzgarse por la espléndida arquitectura renacentista de sus ciudades. Sin embargo, los disturbios civiles llegaron con la Reforma, cuando bandas de protestantes entraron en el condado, mayoritariamente católico, desde Alemania y Suiza. El Franco Condado pasó a manos de los Habsburgo españoles mediante la partición de los dominios del emperador Carlos V en 1556. Bajo el mandato de Felipe II de España se produjo una fuerte represión de los protestantes, y Enrique IV de Francia, en su guerra con Felipe, violó la neutralidad del Franco Condado. De 1598 a 1635 se mantuvo la paz, pero el temor francés al cerco de los Habsburgo llevó a Luis XIII a intentar anexionar el condado. Invadió y asoló la zona anualmente de 1636 a 1639, pero la Paz de Westfalia (1648) confirmó el control de los Habsburgo.
Conquistado en 1668 por el Gran Condé en la Guerra de la Devolución, pero devuelto a España por la Paz de Aix-la-Chapelle (2 de mayo de 1668), el Franco Condado fue finalmente conquistado para Francia por Condé en la última de las llamadas Guerras Holandesas, siendo reconocida la anexión francesa por la Paz de Nimega en 1678. Luis XIV trasladó la capital de la nueva provincia a la antigua ciudad imperial de Besançon. En 1790, junto con el resto de Francia, el Franco Condado fue dividido en departamentos separados: Jura, Doubs y Alto Saona.
Tras la muerte de Carlos el Temerario (1477), el ducado de Borgoña fue anexionado por la corona francesa. Durante el siglo XVI fue devastado por las Guerras de Religión. Las ciudades tuvieron que ser fortificadas y los mercenarios recorrieron el país. El ducado volvió a ser asolado en la Guerra de los Treinta Años y también durante la revuelta aristocrática conocida como la Fronda (1648-53) dirigida por el Gran Condé. La paz y la seguridad no se restablecieron hasta la anexión francesa del Franco Condado en 1678. De 1631 a 1789 el ducado fue gobernado por los príncipes de Condé. Tras la Revolución Francesa, la provincia de Borgoña desapareció, dividida en los departamentos de Côte-d’Or, Saône-et-Loire e Yonne. En 2016 la región de Borgoña se fusionó con el Franco Condado como parte de un plan nacional para aumentar la eficiencia burocrática.