El islam es la religión más común en Sudán, y los musulmanes han dominado las instituciones gubernamentales nacionales desde la independencia en 1956. Según el PNUD de Sudán, la población musulmana es del 97%, incluyendo numerosos grupos árabes y no árabes. El 3% restante se adscribe al cristianismo o a las religiones animistas tradicionales. Los musulmanes predominan en todas las regiones, excepto en la de las montañas Nuba. La gran mayoría de los musulmanes de Sudán se adhieren al Islam suní de la escuela de jurisprudencia Maliki, profundamente influenciado por el sufismo. También hay algunas comunidades chiítas en Jartum, la capital. Las divisiones más importantes se producen en torno a las hermandades sufíes. Dos cofradías populares, los Ansar y los Khatmia, están asociadas a los partidos opositores Umma y Unionista Democrático, respectivamente. Sólo la región de Darfur carece tradicionalmente de la presencia de cofradías sufíes que hay en el resto del país.
La shari’a ha sido instaurada por varios regímenes militares, y su aplicación a los no musulmanes en la capital fue una cuestión controvertida durante las negociaciones, pero tanto ésta como las demás cuestiones importantes que subyacen al conflicto entre el norte y el sur se han resuelto en gran medida en los acuerdos. La shari’a seguirá siendo la base del sistema jurídico nacional tal y como se aplica en el norte; la legislación nacional aplicable al sur se basará en «el consenso popular, los valores y las costumbres del pueblo». En los estados o regiones en los que la mayoría tiene creencias religiosas o consuetudinarias diferentes a las que sustentan el sistema legal, las leyes nacionales pueden ser modificadas para ajustarse mejor a dichas creencias. En todo el país, la aplicación de la shari’a a los no musulmanes debe ser limitada, y los tribunales no pueden ejercer su discreción para imponer las formas físicas más duras de las penas de la shari’a a los no musulmanes. Sudán ha tenido tres gobiernos democráticos desde 1956, todos los cuales abolieron la ley de la shari’a.
En septiembre de 2020, Sudán se convirtió constitucionalmente en un Estado laico después de que el gobierno de transición de Sudán acordara separar la religión del Estado, poniendo fin a 30 años de gobierno islámico y al Islam como religión oficial del Estado en la nación norteafricana. Esta nueva legislación también puso fin a la antigua ley de apostasía y a la flagelación pública.