Un biopolímero antimicrobiano catiónico influye en la diversidad de la comunidad intestinal murina
40 ratones CD-1 hembra y 40 macho de 6 semanas de edad fueron divididos al azar en cuatro grupos y segregados por sexo (es decires decir, 10 ratones hembra y 10 ratones macho por grupo) y se les alimentó con una dieta con un 20% de grasa suplementada con (i) maltodextrina sola (MD) que sirvió de control, (ii) maltodextrina + ε-polisina (PL), (iii) maltodextrina + pectina (P), y (iv) maltodextrina + ε-polisina + pectina (PL-P). Estudios anteriores demostraron que los ratones alojados juntos presentan comunidades microbianas intestinales similares.38, 39 Así, se recogieron pellets fecales agrupados de cada jaula en jaulas metabólicas de 24 horas y se analizaron en tres puntos: semana 1 (línea de base), semana 5 (fase intermedia) y semana 9 (fase final) (Fig. 1). El peso corporal y el consumo de alimentos no variaron independientemente del grupo de tratamiento y a lo largo de todo el periodo experimental.
Diseño del estudio de la línea de tiempo (a) y del agrupamiento (b). Cuarenta ratones CD-1 hembras y 40 machos de 6 semanas de edad fueron divididos aleatoriamente en cuatro grupos y segregados por sexo y alimentados con una dieta alta en grasas del 20% suplementada con (i) maltodextrina sola (MD), (ii) maltodextrina + ε-polisina (PL), (iii) maltodextrina + pectina (P), y (iv) maltodextrina + ε-polisina + pectina (PL-P). Se alojaron conjuntamente cinco ratones y se recogieron pellets fecales de cada jaula en jaulas metabólicas de 24 horas y se analizaron en tres momentos: semana 1, semana 5 y semana 9
Para caracterizar la diversidad filogenética, se secuenció el fragmento V3/V4 del gen 16S rRNA para obtener 15.739.734 lecturas de calidad tras el filtrado.40 Esto proporcionó una profundidad de muestra media de 327.911 lecturas de secuenciación por comunidad bacteriana. Para evaluar la diversidad α dentro de una comunidad determinada, se calculó el número de unidades taxonómicas operativas (OTU) observadas utilizando UniFrac ponderado.41 Las curvas de rarefacción para las OTU observadas (Fig. S1) se aproximaron a una asíntota independiente de la dieta, el punto de muestreo y el sexo para indicar que la profundidad de secuenciación cubría suficientemente la diversidad de OTU presentes en las comunidades extraídas de las muestras fecales.
A nivel de filo, la suma de Actinobacteria, Bacteroidetes, Deferribacteres, Firmicutes, Proteobacteria, Verrucomicrobia constituía más del 99% de las OTU identificadas en todas las muestras analizadas. Como se informó anteriormente,42, 43 el microbioma intestinal murino consiste en contribuciones relativamente grandes proporcionadas por los filos Bacteroidetes y Firmicutes (Fig. 2). Esto es coherente con otras comunidades intestinales de mamíferos, incluidos los humanos y los primates no humanos.44, 45 Sin embargo, las abundancias relativas de Bacteriodetes (p < 0,05) y Firmicutes (p < 0,05) se alteraron en respuesta al biopolímero dietético concreto (ANOVA multidireccional) (Fig. 2). Curiosamente, los ratones alimentados con el complejo ε-polisina-pectina mostraron un aumento de Bacteriodetes en un 8,82% (p < 0,05, ANOVA multidireccional Tukey HSD post-hoc) con una correspondiente disminución de OTUs asignadas a Firmicutes en un 11,13% (p < 0,05, ANOVA multidireccional Tukey HSD post-hoc). Esto es relativo a la estructura comunitaria determinada en el grupo de control alimentado con maltodextrina (Tabla S1). Además, los ratones alimentados con ε-polisina (es decir, sin complejo de pectina) mostraron una comunidad relativamente deficiente de Firmicutes en la fase intermedia (es decir, 5 semanas) del estudio. Sorprendentemente, las UOT de Firmicutes recuperaron su concentración inicial en el punto de muestreo de las 9 semanas (línea de base: 55,24%, intermedia: 34,71%, final: 59,01%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, intermedia vs. final: p < 0,05, ANOVA multidireccional Tukey HSD post-hoc) (Fig. 2 y Tabla S3). Mostrando la misma respuesta adaptativa, la fracción relativa de Bacteriodetes OTUs aumentó transitoriamente a las 5 semanas de alimentación y convergió a las concentraciones iniciales en el punto de tiempo final (línea de base: 35,40%, intermedio: 51,18%, final: 28,82%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, intermedia vs. final: p < 0,05, ANOVA multidireccional Tukey HSD post-hoc) (Fig. 2 y Tabla S3). Un aumento transitorio similar de Verrucomicrobia se produjo en los ratones alimentados sólo con pectina, para caer a los niveles originales en el punto de muestreo final (línea de base: 0,59%, intermedio: 5,46%, final: 1,01%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, intermedia vs. final: p < 0,05 ANOVA multidireccional Tukey HSD post-hoc) (Fig. 2 y Tabla S4). En conjunto, estos resultados indican que los biopolímeros específicos de grado alimentario dirigen transitoriamente la representación de los filos dentro del intestino murino. Esto se observó cuando tanto la ε-polisina como la pectina se incorporaron individualmente. Sin embargo, cuando la ε-polisina se complejó con la pectina aniónica, no se observó este fenómeno. Cabe destacar que no se observaron flujos poblacionales significativos dentro de Actinobacterias, Deferribacterias y Proteobacterias independientemente de la dieta (Tabla S5).
Abundancias relativas de los filos de bacterias en respuesta a la alimentación con biopolímeros. Se recogieron muestras fecales agrupadas de dos jaulas de hembras y dos de machos por grupo en cada punto de tiempo. Cada barra representa la abundancia relativa media de los filos bacterianos dentro de un grupo de tratamiento durante cada punto de tiempo, y cada caja de color representa un taxón de filo bacteriano. Bbaseline, M intermediate, F final, MD maltodextrin, PL ε-polysine, P pectin, PL+P ε-polysine-pectin complexes
Además de la alteración de la comunidad a nivel de phylum, varios géneros bacterianos cambiaron en respuesta a los biopolímeros de la dieta. Esto incluye a los miembros del género Bacteroides, que fueron los taxones más frecuentemente encontrados en el intestino del ratón (14,32 ± 9,58% en todas las muestras). En total (en ambos sexos y puntos de muestreo), la representación de Bacteroides varió con respecto al grupo de alimentación del biopolímero. Reflejando la respuesta del filo Bacteroidetes, la ε-polisina (p < 0,05, ANOVA multidireccional Tukey HSD post-hoc) y el tratamiento con complejos ε-polisina-pectina (p < 0,05, ANOVA multidireccional Tukey HSD post-hoc) aumentaron las poblaciones de Bacteroides spp. en un 7,95 y 7,46%, respectivamente, en comparación con el grupo de control de maltodextrina (Fig. 3 y Tabla S6). Otras poblaciones bacterianas que fueron moduladas por los regímenes de alimentación incluyen, Adlercreutzia, Lactobacillus, Turicibacter, y Ruminococcus (ANOVA multidireccional, p < 0,05). En concreto, la abundancia de Adlercreutzia disminuyó independientemente del biopolímero en relación con el grupo alimentado con maltodextrina. Sus poblaciones relativas disminuyeron un 0,18%, 0,22% y 0,24% en los ratones alimentados con ε-polisina, pectina y complejos ε-polisina-pectina, respectivamente. Además, el género Ruminococcus disminuyó significativamente en un 1,39% en respuesta a la ε-polisina y disminuyó en un 1,44% en el grupo de la pectina. Además, la dieta con complejo ε-polisina-pectina disminuyó significativamente el contenido de Lactobacillus en un 4,95%, lo que refleja una disminución general de Firmicutes en este grupo. Esto contrasta con la dieta de pectina que enriqueció para Turicibacter en relación con las otras tres dietas. En la Tabla S6 se proporciona un catálogo completo de los géneros que difieren en respuesta a las condiciones de los biopolímeros.
Abundancia relativa de los géneros bacterianos en respuesta a los biopolímeros de la dieta. Se recogieron muestras fecales agrupadas de dos jaulas de hembras y dos de machos por grupo en cada punto de tiempo. Cada barra representa la abundancia relativa media de un grupo de tratamiento durante cada punto de tiempo y cada caja de color representa un taxón de género bacteriano. B línea de base, M intermedio, F final, MD maltodextrina, PL ε-polisina, P pectina, PL+P complejos ε-polisina-pectina
La maltodextrina se emplea habitualmente como agente espesante o de relleno en diversas aplicaciones nutricionales. Este polisacárido se utilizó en la formulación de todas las dietas de tratamiento, por lo que sirvió de control para determinar si la maltodextrina por sí sola enriquecería a las bacterias capaces de hidrolizar los enlaces α-1-4 glicosídicos entre los residuos de d-glucosa. Así, la abundancia relativa de Coprococcus en el intestino de los ratones se enriqueció al consumir maltodextrina incorporada en su comida. La trayectoria de la respuesta incluyó un aumento significativo entre los puntos de muestreo iniciales e intermedios y entre los puntos de tiempo iniciales y finales (inicial: 0,56%, intermedio: 0,98%, final: 0,91%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, línea de base vs. final: p < 0,05) (Fig. 3 y Tabla S7).
En el grupo de tratamiento con ε-polisina, la abundancia relativa de Bacteroides aumentó transitoriamente, en consonancia con la oscilación a nivel de filo (línea de base: 8,85%, intermedia: 34,40%, final: 8,74%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, intermedia vs. final: p < 0,05). Se observó una respuesta similar para Oscillospira (línea de base: 4,96%, intermedia: 2,51%, final: 6,13%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, intermedia vs. final: p < 0,05). Esto contrasta con una disminución transitoria de las UOT asignadas a Ruminococcus (línea de base: 2,17%, intermedia: 0,97%, final: 2,10%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, intermedia vs. final: p < 0,05), y Adlercreutzia (línea de base: 0,49%, intermedia: 0,24%, final: 0,34%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05) (Fig. 3 y Tabla S8). Además, Coprococcus spp. mostró un enriquecimiento sostenido durante la alimentación, con aumentos significativos entre el punto de referencia y el punto de tiempo final (línea de base: 0,47%, intermedio: 0,71%, final: 0,91%, línea de base vs. final: p < 0,05) (Fig. 3 y Tabla S8). Esto es consistente con la misma tendencia observada en el grupo de control de maltodextrina. Sin embargo, las poblaciones de Coprococcus permanecen relativamente estáticas en los complejos de pectina y ε-polisina-pectina alimentados por ratones.
La pectina se enriqueció transitoriamente para el género Akkermansia (línea de base: 0,59%, intermedio: 5,46%, final: 1,01%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, intermedia vs. final: p < 0,05) contribuyendo al aumento intermedio observado de Verrucomicrobia. Por el contrario, las poblaciones de Adlercreutzia disminuyeron en el punto de muestreo intermedio y permanecieron deprimidas en la observación final (Adlercreutzia basal: 0,48%, intermedia: 0,23%, final: 0,26%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05). La representación del género candidato rc4-4 OTU disminuyó proporcionalmente, aunque mostró un rebote incompleto a los estados iniciales (rc4-4 línea de base: 1,94%, intermedio: 1,04%, final: 1,62%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05) (Fig. 3 y Tabla S9). Curiosamente, Ruminococcus spp. mantuvo una trayectoria decreciente a lo largo del estudio de alimentación con diferencias significativas entre los puntos de tiempo iniciales y finales (inicial: 2,32%, intermedio: 1,63%, final: 1,14%: línea de base vs. final: p < 0,05) (Fig. 3 y Tabla S9).
Aunque la mayoría de los géneros no cambiaron en respuesta a los complejos ε-polisina-pectina, Ocscillospira aumentó transitoriamente antes de caer por debajo de los niveles iniciales (línea de base: 3,56%, intermedio: 4,70%, final: 2,44%, intermedio vs. final: p < 0,05). Por el contrario, las poblaciones de Parabacteroides fueron generalmente inhibidas por cualquiera de los tratamientos dietéticos (línea de base: 3,44%, intermedio: 0,79%, final: 0,55%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, línea de base vs. final: p < 0,05). Esto es similar al rc4-4 (línea de base: 2,82%, intermedio: 0,77%, final: 0,48%, línea de base vs. intermedia: p < 0,05, línea de base vs. final: p < 0,05). En total, los géneros de la microbiota intestinal responden a los aditivos alimentarios a nivel de género, en particular a la ε-polisina (Fig. 3 y Tabla S10).
Además de que los biopolímeros de la dieta influyen en taxones específicos, la composición estructural de la comunidad tuvo cambios discernibles y no aleatorios en conjunto. Se utilizó ANOSIM46 con 999 permutaciones para probar las diferencias significativas entre los grupos de muestras basadas en UniFrac ponderado.41 Como se esperaba, la maltodextrina no cambió significativamente la comunidad microbiana del intestino murino alimentado con este control ni en ratones hembra ni en ratones macho (Fig. 4a, ANOSIM con 999 permutaciones, p > 0,05). En consecuencia, la pectina (Fig. 4c, ANOSIM con 999 permutaciones, p > 0,05) y los complejos ε-polisina-pectina (Fig. 4d, ANOSIM con 999 permutaciones, p > 0,05) no promovieron cambios significativos dentro de la comunidad. Esto contrasta notablemente con los microbiomas intestinales que fueron alterados transitoriamente por la ε-polisina sola. Como se observó con grupos taxonómicos específicos a nivel de filo y género, la estructura de la comunidad se vio perturbada en el punto de las 5 semanas para resolverse posteriormente en el momento del muestreo final. Esto sugiere que la composición de la población se corrigió a su estado inicial mediante la adaptación al biopolímero alimentado continuamente (Fig. 4b, ANOSIM con 999 permutaciones, p < 0,05). Esto no se observó en los ratones tratados con el complejo ε-polisina-pectina, lo que indica una interacción de blindaje con la comunidad microbiana.
Parcelas de análisis de coordenadas principales (PCoA) de la respuesta del microbioma a la maltodextrina (a), a la ε-polisina (b), a la pectina (c) y a los complejos ε-polisina-pectina (d). Gráficos PCoA basados en las distancias UniFrac ponderadas. Cada esfera representa las comunidades agrupadas de 5 ratones cohabitados durante cada punto de muestreo. El círculo rojo indica las comunidades extraídas de los ratones hembra y el azul de los ratones macho. Los límites rojos y azules están delineados arbitrariamente y se proporcionan únicamente para ayudar a la visualización de cada grupo de sexo. Las coordenadas principales PC1, PC2 y PC3 explican el 63,02% de la varianza total observada
Laε-polilisina desplaza transitoriamente la función predicha del metagenoma
El potencial metagenómico inherente a los microbiomas intestinales se dedujo mediante la Investigación Filogenética de Comunidades por Reconstrucción de Estados No Observados (PICRUSt) basada en los datos filogenéticos del ARNr 16S. Se predijo un total de 6.854.103.780 observaciones a través de 6909 grupos de ortología (KO) de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG) dentro de las 48 comunidades intestinales que fueron perfiladas por PICRUSt. Los datos resultantes se clasificaron en 254 vías funcionales que abarcaban todas las 48 comunidades.
En total, hubo 44 vías que se predijo que cambiarían significativamente de forma transitoria mientras los ratones consumían ε-polisina (ANOVA con corrección de Bonferroni, p < 0,05) (Fig. 5). Al igual que con las alteraciones de la estructura taxonómica, las muestras intermedias tomadas a las 5 semanas mostraron un perfil significativamente diferente en relación con los puntos de muestreo inicial y final. Entre estas 44 vías o redes, 42 vías están implicadas en el metabolismo bacteriano o se prevé que medien en las interacciones entre el huésped y los microbios, con 18 vías presentes en un 0,5% de abundancia relativa basada en la media de los tres puntos de muestreo (Fig. 5). De éstas, se predijo que ocho vías disminuirían a las 5 semanas y volverían a los niveles basales en el muestreo final. Por el contrario, 10 vías predichas mostraron la tendencia opuesta y aumentaron temporalmente su abundancia. En consecuencia, los genes y sus vías relacionadas con el transporte general de solutos (línea de base: 7,53%, intermedio: 5,88%, final: 7,68%, p < 0,05) y los transportadores ABC (línea de base: 3,35%, intermedio: 2,76%, final: 3,44%, p < 0,05) fueron suprimidos en el estado intermedio de la comunidad y finalmente volvieron a los niveles de línea de base. Esto sugiere que las necesidades metabólicas, y/o las concentraciones ambientales de solutos deseables, pueden disminuir brevemente antes de la restauración de la estructura del microbioma. Además, los procesos metabólicos centrales previstos implicados en los metabolismos de los carbohidratos y las proteínas pasan a un estado reversible, mientras el huésped consume la dieta enriquecida con ε-polisina. Esto se refleja en las vías glicolíticas/fermentativas (línea de base: 1,05%, intermedia: 1,13%, final: 1,08%, p < 0,05), el metabolismo del piruvato (línea de base: 1,01%, intermedia: 1,07%, final: 1,02%, p < 0.05), los metabolismos de la fructosa y la manosa (línea de base: 0,085%, intermedio: 0,099%, final: 0,089%, p < 0,05), y los genes asociados con la fosforilación oxidativa (línea de base: 1,12%, intermedio: 1,23%, final: 1,08%, p < 0,05). Este último KO probablemente está implicado en la respiración anaeróbica y se enriquece transitoriamente en el punto de tiempo intermedio. Además del catabolismo de los carbohidratos, las vías asociadas con el flujo de nitrógeno se desplazaron a las 5 semanas, incluyendo los metabolismos de amino azúcares y azúcares nucleótidos (línea de base: 1,47%, intermedio: 1,60%, final: 1,50%, p < 0,05), y el metabolismo de la histidina (línea de base: 0,062%, intermedio: 0,067%, final: 0,061%, p < 0,05). Inicialmente habíamos planteado la hipótesis de que las características del catabolismo de la lisina se enriquecerían en los metagenomas previstos de los ratones alimentados con ε-polisina, ya sea en la dieta PL o PL-P. Sin embargo, esta señal no se observó en el análisis PICRUSt, lo que sugiere que la ε-polisina no seleccionó poblaciones bacterianas que aumentaran el potencial catabólico de la lisina.
Efecto de la ε-polisina en la función predicha del metagenoma a lo largo del tiempo. La abundancia relativa de los puntos temporales intermedios muestra una diferencia significativa con respecto a los puntos temporales iniciales y finales para todas las vías (p < 0,05)
Cuando los metagenomas predichos respondieron a la ε-polisina dietética, no se detectaron diferencias significativas en los otros tres grupos de alimentación. Esto incluye a los ratones alimentados con ε-polisina complejada con pectina, lo que proporciona un apoyo adicional al blindaje electrostático para mitigar la influencia antimicrobiana de la ε-polisina. La pectina por sí sola no altera la estructura de la comunidad ni la función prevista.
El sexo del huésped influye en el microbioma basal pero no en la trayectoria de respuesta
Se observaron ratones machos y hembras para determinar si la actividad de los biopolímeros dentro del microbioma depende del sexo. En consecuencia, varios taxones bacterianos colonizaron a los animales machos y hembras de forma asimétrica y no aleatoria. Esto incluye el filo Verrucomicrobia que se encontró en concentraciones más altas en los ratones hembra que en los machos en conjunto (hembra: 4,96% de 24 muestras, macho: 2,63% de 24 muestras, p < 0,05, ANOVA multidireccional) (Tabla S11). Gran parte de esto puede explicarse por las diferencias en las poblaciones de Akkermansia (hembra: 4,50%, macho: 2,63% p < 0,05). Además, los ratones hembra albergaban poblaciones significativamente mayores de los géneros bacterianos Parabacteroides (hembra: 2,47%, macho: 0,5%, p < 0,05) y Bilophila (hembra: 2,13%, macho: 0,01%, p < 0,05). Por el contrario, los ratones macho fueron colonizados por mayores concentraciones de Odoribacter (hembra: 0%, macho: 0,92%, p < 0,05), Turicibacter (hembra: 0,02%, macho: 0,21%, p < 0,05), Clostridium (hembra: 0,01%, macho: 0,10%, p < 0,05), y el género candidato rc4-4 (hembra: 0.16%, macho: 2,46%, p < 0,05) (Tabla S12).
Además de las diferencias taxonómicas, existen diferencias estructurales en la comunidad atribuibles al sexo del animal evidentes en la distancia UniFrac visualizada por el análisis de coordenadas principales (PCoA) en la Fig. 6a. En consecuencia, la microbiota intestinal observada en ratones hembras y machos se agrupan por sexo, y de manera más similar dentro de su respectivo sexo que entre sí (Fig. 6a, ANOSIM con 999 permutaciones, p < 0,05). Además, la agrupación jerárquica de microbiomas y géneros bacterianos basada en su abundancia relativa mostró un patrón similar en el que las comunidades bacterianas dentro del mismo sexo tienden a agruparse (Figs. S2 y S3). La diversidad filogenética media dentro del grupo de ratones hembra es menor que la de los ratones macho (Fig. 6b, prueba t, p < 0,05), mientras que no se observaron diferencias entre ratones hembra y macho en el número total de OTUs observadas y en el índice Chao 1 (Fig. S4).
Diferencia de sexo en la estructura del microbioma intestinal (a), y la diversidad filogenética (b). Los puntos rojos representan los microbiomas de ratones hembra y los puntos azules representan los analizados de ratones macho. El gráfico PCoA se basa en las distancias UniFrac ponderadas entre todas las OTU identificadas en ratones hembra y macho. Los ratones hembra mostraron una diferencia significativa con respecto a los ratones macho mediante el análisis ANOSIM con 999 permutaciones (p < 0,05). En b, los microbiomas albergados en ratones hembra mostraron un valor de DP significativamente menor que los ratones macho. * p < 0,05
En contraste con las diferencias estructurales entre los microbiomas alojados en hembras y en machos, sólo tres vías metagenómicas predichas variaron significativamente. Esto incluye las operaciones relacionadas con la transcripción (mujer: 0,0092%, hombre: 0,0051%, p < 0,05), la biosíntesis de antibióticos aminoglucósidos (mujer: 0,087%, hombre: 0,080%, p < 0,05) y el metabolismo de glicerofosfolípidos (mujer: 0,55%, hombre: 0,52%, p < 0,05). No está claro si esto subyace a las diferencias metabólicas expresadas entre los dos sexos del huésped. La conservación de la función a pesar de la variación taxonómica es consistente con la redundancia en el potencial genético observado previamente dentro de otras comunidades microbianas.46, 47
A pesar de las características dependientes del sexo, el efecto específico de los tratamientos con biopolímeros sigue siendo independiente del sexo, como indica el análisis PCoA (Fig. 3). En concreto, la ε-polisina altera transitoriamente el microbioma murino en el punto de muestreo intermedio, independientemente del sexo. Mientras que la pectina o la pectina complejada con ε-polisina no altera la microbiota alojada en ratones hembra y macho. Una ruta de respuesta similar es evidente en los flujos a nivel de filo, ya que la representación de Bacteriodes y Firmictues se desplaza temporalmente en respuesta a la ε-polisina en ambos sexos (Fig. S5). Además, los microbiomas intestinales derivados de ambos sexos mostraron el mismo cambio en Verrucomicrobia cuando fueron alimentados con pectina (Fig. S5). Además, en relación con el grupo alimentado con maltodextrina, la dieta con complejo ε-polisina-pectina aumentó los Bacteriodetes y disminuyó los Firmicutes independientemente del sexo. Estos resultados indican que los rasgos dependientes del sexo (por ejemplo, las hormonas) no actuaron de forma sinérgica o antagónica con los biopolímeros de la dieta para alterar la estructura de la comunidad en general, y dentro de los principales filos.
Interesantemente, los biopolímeros de la dieta pueden alterar la representación de los géneros que es algo dependiente del sexo. La abundancia relativa de Parabacteroides (sexo*tratamiento p < 0,05, ANOVA multidireccional), Clostridium (sexo*tratamiento p < 0,05, ANOVA multidireccional), Coprococcus (sexo*tratamiento, p < 0,05, ANOVA multidireccional), y Bilophila (sexo*tratamiento p < 0,05, ANOVA multidireccional) mostró una modesta dependencia del sexo del huésped (Fig. S6). En los ratones hembra, el contenido de Coprococcus fue mayor en el grupo de pectina en relación con los otros tres grupos en ratones hembra (MD: 0,69%, PL: 0,63%, P: 0,98%, PL+P: 0,65%, MD vs. P: p < 0,05, PL vs. P: p < 0,05, P vs. PL+P: p < 0,05). Sin embargo, en los ratones macho, las UOT de Coprococcus del grupo de pectina disminuyeron en los microbiomas en comparación con los otros tres grupos (MD: 0,94%, PL: 0,77%, P: 0,45%, PL+P: 0,78%, MD vs. P: p < 0,05, PL vs. P: p < 0,05, P vs. PL+P: p < 0,05). Además, Bilophila se redujo en los ratones hembra alimentados con ε-polisina en relación con la dieta con complejo ε-polisina-pectina (MD: 0,51%, PL+P: 1,63%, p < 0,05), mientras que el microbioma de los ratones macho no mostró este flujo de población ligado al sexo. Además, las interacciones del sexo, los puntos de muestreo y el biopolímero influyeron en la abundancia relativa observada del género Turicibacter (p < 0,05), Clostridium (p < 0,05), Coprococcus (p < 0,05) y el género candidato rc4-4 (p < 0,05).