1. Precalentar el horno a 400 grados F. Picar los tentáculos de calamares y reservar. En una sartén grande a fuego medio alto, calentar 3 cucharadas de aceite de oliva. Añadir la cebolla picada y cocinar hasta que se ablande, unos 5 minutos. Añadir los tentáculos picados, el tomillo picado, 1 cucharadita de sal y el peperoncino. Cocinar y remover hasta que los tentáculos estén bien cocidos, unos 2 ó 3 minutos. Vierta el vino blanco y reduzca hasta que se convierta en jarabe. Incorpore las cebolletas y retire del fuego. Pasar a un bol grande e incorporar el pan rallado y el perejil picado. Deje enfriar.
2. Cuando el relleno esté frío, coloque los cuerpos de los calamares en su superficie de trabajo. Rellene cada cuerpo con unas 2 ó 3 cucharadas de relleno, No rellene demasiado los calamares, no pasa nada si queda un poco de relleno. Con los palillos de dientes, fije los calamares clavando el palillo hacia arriba y luego hacia abajo a través de la abertura más ancha del cuerpo.
3. Engrase un molde para hornear Pyrex de 13 por 9 pulgadas o de tamaño similar con 2 cucharadas de aceite de oliva. Coloque los calamares en la bandeja para hornear en una sola capa. Espolvoree el relleno restante sobre los calamares. Vierta 1/4 de taza de agua, rocíe con la cucharada de aceite de oliva restante y sazone con el 1/4 de cucharadita de sal restante. Cubra bien con papel de aluminio y hornee hasta que los calamares estén bien cocidos y el líquido esté hirviendo, unos 25 minutos. Destape y hornee hasta que los calamares estén dorados por encima, unos 10 minutos. Si los calamares están hechos y todavía hay demasiado líquido en la sartén, retire los calamares a una fuente y vierta la salsa en una sartén pequeña y redúzcala en la parte superior del fuego hasta que se espese ligeramente. Sirva los calamares con la salsa.