Hay poca información segura disponible sobre los primeros gobernantes de Magadha. Las fuentes más importantes son el Canon Pāli budista, los Agamas jainistas y los Puranas hindúes. Según estas fuentes, parece que Magadha fue gobernada por la dinastía Haryanka durante unos 200 años, entre el 543 y el 413 a.C.
Buda Gautama, el fundador del budismo, vivió gran parte de su vida en el reino de Magadha. Alcanzó la iluminación en Bodh Gaya, dio su primer sermón en Sarnath y el primer consejo budista se celebró en Rajgriha.
El Mahabharata hindú llama a Brihadratha el primer gobernante de Magadha. El rey Bimbisara, de la dinastía Haryanka, llevó a cabo una política activa y expansiva, conquistando el reino de Anga en lo que hoy es Bengala Occidental. El rey Bimbisara fue asesinado por su hijo, el príncipe Ajatashatru. El rey Pasenadi, rey de la vecina Kosala y cuñado del rey Bimbisara, retomó rápidamente el regalo de la provincia de Kashi.
Los relatos difieren ligeramente en cuanto a la causa de la guerra del rey Ajatashatru con los Licchavi, una zona al norte del río Ganges. Parece ser que Ajatashatru envió un ministro a la zona que trabajó durante tres años para socavar la unidad de los Licchavis. Para lanzar su ataque a través del río Ganges, Ajatashatru construyó un fuerte en la ciudad de Pataliputra. Los Licchavis se enfrentaron a Ajatashatru por desacuerdos. Ajatashatru tardó quince años en derrotarlos. Los textos jainistas cuentan que Ajatashatru utilizó dos nuevas armas: una catapulta y un carro cubierto con maza oscilante que se ha comparado con un tanque moderno. Pataliputra comenzó a crecer como centro de comercio y se convirtió en la capital de Magadha tras la muerte de Ajatashatru.
La dinastía Haryanka fue derrocada por la dinastía Shishunaga. El último gobernante Shishunaga, Kalasoka, fue asesinado por Mahapadma Nanda en el 345 a.C., el primero de los llamados «Nueve Nandas», es decir, Mahapadma y sus ocho hijos.
En el 326 a.C., el ejército de Alejandro se acercó a las fronteras occidentales de Magadha. El ejército, agotado y asustado ante la perspectiva de enfrentarse a otro gigantesco ejército indio en el Ganges, se amotinó en el Hyphasis (el moderno río Beas) y se negó a seguir marchando hacia el este. Alejandro, tras el encuentro con su oficial Coenus, se convenció de que era mejor regresar y giró hacia el sur, conquistando su camino por el Indo hasta el Océano.
Alrededor del 321 a.C., la dinastía Nanda terminó y Chandragupta Maurya se convirtió en el primer rey de la gran dinastía Mauryan y del Imperio Mauryan con la ayuda de Chanakya. Más tarde, el Imperio se extendió por la mayor parte del sur de Asia bajo el mando del rey Ashoka, que al principio era conocido como «Ashoka el Cruel», pero más tarde se convirtió en discípulo del budismo y pasó a ser conocido como «Dharma Ashoka». Más tarde, el Imperio Mauryan terminó, al igual que los imperios Shunga y Khārabēḷa, para ser sustituido por el Imperio Gupta. La capital del Imperio Gupta siguió siendo Pataliputra, en Magadha.