Alexis
Die Herrschaft von Michaels Sohn Alexis (Aleksey Mikhaylovich), den spätere Generationen als das Musterbeispiel eines gütigen und sanften Zaren betrachteten, begann schlecht. Wie sein Vater kam auch Alexis als kleiner Junge auf den Thron. Der Bojar, der die Regierung kontrollierte, Boris Iwanowitsch Morosow, leitete sofort eine Politik ein, die die Regierung an den Rand des Abgrunds brachte. Morosow kürzte die Gehälter der Regierung, führte eine Salzsteuer und ein staatliches Tabakmonopol ein, was zu großer Not und Unzufriedenheit führte und die Kirche auf den Plan rief. Gleichzeitig verprellte er die dem Thron nahestehenden Bojarengruppen durch seine Einmischung in die Heirat seines Mündels.
Mit freundlicher Genehmigung des Staatlichen Historischen Museums, Moskau
Morozovs Aktionen verschärften eine bereits gefährliche Situation im Land. Die Stadtbevölkerung und vor allem der Dienstadel waren durch Steuern und andere Verpflichtungen stark belastet und waren zunehmend verärgert über den wachsenden Reichtum und die Macht der herrschenden Clique. Bei einem Aufstand in Moskau im Mai 1648 umzingelte ein Mob den 19-jährigen Zaren und forderte die Hinrichtung von Morosow und den führenden Beamten. Einige von ihnen wurden dem Mob zum Fraß vorgeworfen, und für Morosow wurde ein kurzes schützendes Exil arrangiert. Morozovs Bojarenfeinde, die den Aufstand möglicherweise unterstützt hatten, übernahmen die Kontrolle über die Angelegenheiten und führten eine Reihe von Reformen durch. Die Salzsteuer und das Tabakmonopol wurden abgeschafft, und es wurde eine Kommission für die Ausarbeitung eines neuen Gesetzbuchs eingesetzt. In den Städten des Nordens, insbesondere in Pskow und Nowgorod, kam es weiterhin zu schweren Unruhen, die mit Gewalt unter Kontrolle gebracht werden mussten.
In Nowgorod war der wichtigste Akteur im Interesse der Regierung der Metropolit Nikon, ein energischer und autoritärer Mönch, der sich in Moskau einflussreiche Freunde gemacht hatte, während er als Archimandrit an der Kirche der Familie Romanow tätig war, und der sich in Nowgorod weiterhin eifrig um den Zaren und seine Beziehungen bemühte. Seine Bitten brachten ihm 1652 das Patriarchat ein. Der Überlieferung nach verlangte Nikon vor der Annahme des Amtes vom Zaren eine Erklärung über den vollen Gehorsam in religiösen und moralischen Fragen. In den ersten Jahren von Nikons Amtszeit waren seine Beziehungen zu Alexis und dem Hof gut. Der Patriarch führte mit offizieller Unterstützung eine Reihe von liturgischen und organisatorischen Reformen durch und umgab sich mit einer beeindruckenden Bürokratie nach dem Vorbild des Staatsapparats. Die Beziehungen zum Zaren wurden jedoch 1658 angespannt, und nachdem er von Alexis öffentlich brüskiert worden war, gab Nikon bekannt, dass er das Patriarchat aufgeben würde. Später behauptete er, er habe sich nur vorübergehend zurückgezogen, aber seine tatsächliche Macht und sein Einfluss waren am Ende.
Das wichtigste Ereignis in der Regierungszeit von Alexis war die Annexion der Ostukraine. Seine Regierung hatte die bisherige Politik fortgesetzt, Verwicklungen im Westen zu vermeiden und gleichzeitig nach Osten zu expandieren, konnte aber der Gelegenheit nicht widerstehen, die sich 1654 bot, als Bohdan Chmelnyzkij, der Anführer einer Kosakenrevolution gegen die polnische Herrschaft in der Ukraine, Moskau um die Hilfe bat, die er von Schweden und den Türken nicht erhalten hatte. Moskau akzeptierte seine Loyalität im Gegenzug für militärische Unterstützung und wurde so in einen langwierigen Kampf mit Polen und Schweden um die ukrainischen, weißrussischen und baltischen Gebiete verwickelt. Zunächst verlief der Krieg gut, doch die unterschiedlichen Ziele der ukrainischen und moskowitischen Verbündeten traten bald zutage. Als Karl X. von Schweden in den Kampf gegen Polen eintrat, schloss Alexis 1656 Frieden; er fürchtete ein starkes Schweden ebenso sehr wie ein starkes Polen. Die Moskauer Truppen stürzten sich in den Krieg mit Schweden um die estnischen, livländischen und karelischen Gebiete entlang der Ostseeküste. Die Lage in der Ukraine wurde immer verworrener und gefährlicher für Moskau, und es war notwendig, den Krieg mit Schweden 1661 zu beenden, selbst um den Preis, dass die Ostseeküste erneut aufgegeben werden musste.
In der Ukraine nahm der Krieg einen neuen Aspekt an, als sich 1664 Peter Doroschenko, ein neuer Anführer, unter den Schutz der Osmanen stellte. Die Türken beteiligten sich an einer Reihe größerer Militäroperationen, die sowohl Polen als auch Moskau so sehr beunruhigten, dass sie in Andrusowo (1667) einen Waffenstillstand schlossen. Polen erkannte die Kontrolle Moskaus über die Ostukraine und Kiew an, während Moskau den Teil der Ukraine westlich des Dnjepr und den größten Teil Weißrusslands abtrat.
Der Frieden verbesserte die Position der Regierung nicht wesentlich, denn im selben Jahr begann eine bedrohliche Bewegung unter den Donkosaken und den Bauern der Wolgaregion, angeführt von Stenka Rasin, und ein politischer Kampf innerhalb der inneren Kreise am Hof, ausgelöst durch den Tod von Alexis‘ Frau. Nach zwei Jahren wurde Alexis mit Nataliya Naryshkina verheiratet. Im Jahr 1676 starb Alexis jedoch selbst, und Fjodor, ein kränklicher Sohn seiner ersten Frau Marija Miloslawskaja, trat seine Nachfolge an. Es begann ein Kampf zwischen den rivalisierenden Familien Naryschkin und Miloslawski. Die Naryschkins wurden verbannt, und die Miloslawskys übernahmen mit ihren Klienten und Anhängern die Macht. 1682 starb jedoch Fjodor, und die Naryschkin-Fraktion versuchte, seinen Halbbruder Peter anstelle von Fjodors Vollbruder, dem kranken Iwan, auf den Thron zu setzen. Das elitäre Korps der Streltsy (eine erbliche Militärkaste) revoltierte und setzte Iwans ältere Schwester Sofia als Regentin ein. Zur Thronbesteigung und Regierungszeit Peters des Großen siehe Die Regierungszeit Peters I. (des Großen; 1689-1725).