Der Großteil des Endosperms besteht aus Zellen mit hohem Stärkegehalt und wenig Zeinprotein. Die Stärke setzt sich aus zwei Arten von Molekülen zusammen, Amylose und Amylopektin. Amylose besteht aus unverzweigten Strängen von Glukosemolekülen, während Amylopektinmoleküle aus verzweigten Strängen von Glukoseeinheiten bestehen. Dieser molekulare Strukturunterschied wirkt sich auf die Verwendung von Maisstärke in verarbeiteten Lebensmitteln aus. Amylosemoleküle lösen sich in heißem Wasser leichter auf und bilden keine Paste, während Amylopektin leichter zum Gelieren neigt. Amylosemoleküle färben sich in Jod blau, während Amylosemoleküle in Jod nicht gefärbt werden. Das Endosperm der meisten Maissorten färbt sich aufgrund des Vorhandenseins von Amylose blau, auch wenn es nur 25 % der gesamten Stärke im Endosperm ausmacht.
Das rezessive Mutantengen waxy (wx) hemmt die Produktion von Amylosemolekülen. Dies führt zur Produktion der gesamten Amylopektinstärke. Es lässt sich leicht durch die Jodreaktion nachweisen. Da das Gen rezessiv ist, muss es sowohl im weiblichen als auch im männlichen Elternteil des Hybridsaatguts vorhanden sein, was eine Isolierung von Verunreinigungen während der Vermehrung des Elternsaatguts, des Hybridsaatguts und der Getreideproduktion erfordert. Das rezessive Gen Amylose Extender (ae) erhöht den Amyloseanteil der Endospermstärke erheblich. Dies erfordert auch eine Isolierung in allen Schritten von der Saatgut- bis zur Getreideproduktion, um den höchsten Amylosegehalt zu erhalten. Beide Stärkearten wirken sich auf die Endverwendung des Maiskorns aus, von der Verdaulichkeit für Tiere bis zur industriellen Verarbeitung. Das Enzym Amylase verdaut Amylose und die geradkettige Komponente der Amylopektinmoleküle, nicht aber die Verzweigungen.
Drei Zuckermaisgene (sugary, sugary-enhanced, shrunken-2) hemmen oder verzögern die Bildung von Stärke im Endosperm. Sie werden allein und in Kombination für Zuckermais-Sorten verwendet.
Das wichtigste Protein in den Endospermzellen ist Zein. Es wird im endoplasmatischen Retikulum der Endospermzellen synthetisiert, indem Aminosäuren zu großen Molekülen verbunden werden. Die Härte des Korns hängt mit der Struktur, Menge und Form dieser Moleküle zusammen. Es wurden zahlreiche Mutationen identifiziert, die den Aminosäuregehalt des Zeinproteins beeinflussen. Das rezessive Gen opague-2(o2) für den Einbau von Aminosäuren mit hohem Lysingehalt in das Zein ist nützlich, um eine essenzielle Aminosäure für Tierfutter bereitzustellen. Leider beeinträchtigt es die Härte des Getreides. Eine andere Mutante namens floury-2 (fl2) erhöht den Methionin-Aminosäureanteil im Zein. Beide Gene sind rezessiv und müssen daher aus Reinheitsgründen isoliert werden. Beide Gene wirken sich auf die Härte des Korns aus und können daher die Verarbeitung des Getreides beeinflussen.
Der Mensch hat lange Zeit Mais auf Gene selektiert, die für seine Zwecke und Kulturen geeignet sind. Die Selektion umfasst auch die Endosperm-Genetik.