Der Islam ist die am weitesten verbreitete Religion im Sudan, und seit der Unabhängigkeit im Jahr 1956 dominieren die Muslime die nationalen Regierungsinstitutionen. Nach Angaben des UNDP Sudan beträgt der Anteil der muslimischen Bevölkerung 97 %, darunter zahlreiche arabische und nichtarabische Gruppen. Die restlichen 3 % bekennen sich entweder zum Christentum oder zu traditionellen animistischen Religionen. Mit Ausnahme der Nuba-Berge überwiegen in allen Regionen die Muslime. Die überwiegende Mehrheit der Muslime im Sudan bekennt sich zum sunnitischen Islam der Maliki-Rechtsschule, der stark vom Sufismus beeinflusst ist. In der Hauptstadt Khartum gibt es auch einige schiitische Gemeinschaften. Die größte Spaltung findet entlang der Sufi-Bruderschaften statt. Zwei populäre Bruderschaften, die Ansar und die Khatmia, sind mit der oppositionellen Umma bzw. der Demokratischen Unionistischen Partei verbunden. Nur in der Region Darfur gibt es traditionell keine Sufi-Bruderschaften wie im Rest des Landes.
Die Scharia wurde von verschiedenen Militärregimen eingeführt, und ihre Anwendung auf Nicht-Muslime in der Hauptstadt war während der Verhandlungen ein strittiger Punkt, der jedoch ebenso wie die anderen wichtigen Fragen, die dem Nord-Süd-Konflikt zugrunde liegen, in den Abkommen weitgehend gelöst wurde. Die Scharia soll weiterhin die Grundlage des nationalen Rechtssystems sein, wie es im Norden gilt; die für den Süden geltende nationale Gesetzgebung soll auf dem „Konsens des Volkes, den Werten und Bräuchen des Volkes“ beruhen. In Staaten oder Regionen, in denen eine Mehrheit andere religiöse oder gewohnheitsmäßige Überzeugungen vertritt als die, auf denen das Rechtssystem beruht, können die nationalen Gesetze geändert werden, um diesen Überzeugungen besser gerecht zu werden. Im ganzen Land ist die Anwendung der Scharia auf Nicht-Muslime zu begrenzen, und die Gerichte dürfen ihren Ermessensspielraum nicht dazu nutzen, die härteren körperlichen Formen der Scharia-Strafen gegen Nicht-Muslime zu verhängen. Der Sudan hatte seit 1956 drei demokratische Regierungen, die alle die Scharia abschafften.
Im September 2020 wurde der Sudan verfassungsmäßig zu einem säkularen Staat, nachdem die sudanesische Übergangsregierung zugestimmt hatte, die Religion vom Staat zu trennen und damit 30 Jahre islamischer Herrschaft und den Islam als offizielle Staatsreligion in dem nordafrikanischen Land zu beenden. Mit dieser neuen Gesetzgebung wurden auch das frühere Apostasiegesetz und die öffentliche Auspeitschung abgeschafft.