Die Burgunder waren ein skandinavisches Volk, dessen ursprüngliche Heimat an den südlichen Ufern der Ostsee lag, wo die Insel Bornholm (im Mittelalter Burgundarholm) noch heute ihren Namen trägt. Etwa im 1. Jahrhundert n. Chr. zogen sie in das untere Weichseltal, konnten sich dort aber nicht gegen die Gepiden verteidigen und wanderten nach Westen an die Grenzen des Römischen Reiches. Dort dienten sie als foederati oder Hilfstruppen in der römischen Armee und errichteten ein mächtiges Königreich, das sich bis zum frühen 5. Jahrhundert auf das Westufer des Rheins ausdehnte und später sein Zentrum in Sapaudia (Savoyen) in der Nähe des Genfer Sees hatte.
Als die Herrschaft Roms über das westliche Reich in der zweiten Hälfte des 5. Jahrhunderts abnahm, breiteten die Burgunder allmählich ihre Kontrolle über Gebiete nördlich und westlich von Savoyen und dann über die Flusstäler der Rhône und Saône aus. Dieses zweite burgundische Königreich erreichte seinen Höhepunkt unter dem Gesetzgeber und christlichen König Gundobad (474-516), der ein schriftliches Gesetzbuch, die Lex Gundobada, für die Burgunder und ein separates Gesetzbuch, die Lex Romana Burgundionum, für seine gallorömischen Untertanen erließ. Dieses Burgund blieb bis 534 unabhängig, als die Franken das Königreich besetzten und die königliche Dynastie auslöschten.
Mit dem Tod des fränkischen Königs Clotar I. im Jahr 561 wurde das fränkische Königreich jedoch unter den Mitgliedern der Merowinger-Dynastie aufgeteilt, und einer von Clotars Söhnen, Guntram, sicherte sich das regnum Burgundiae, das Königreich Burgund. Dieses Königreich umfasste schließlich nicht nur alle ehemaligen burgundischen Ländereien, sondern auch das Bistum Arles in der Provence, das Aostatal östlich der Alpen und sogar ausgedehnte Gebiete in Nordmittelfrankreich. Es blieb ein eigenständiges merowingisches Königreich, bis Karl Martel, der Großvater Karls des Großen, es Anfang des 8. Jahrhunderts dem fränkischen Austrasien unterwarf.
Die Karolinger teilten Burgund mehrmals auf, bevor sich Boso, Herrscher des Viennois, 879 zum König von ganz Burgund von Autun bis zum Mittelmeer ausrufen ließ. Die französischen Karolinger gewannen später das Land westlich der Saône und nördlich von Lyon von ihm zurück, und die deutschen Karolinger gewannen das jurassische oder obere Burgund (d. h. das transjurassische Burgund oder das Land zwischen dem Jura und den Alpen sowie das cisjurassische Burgund oder die Franche-Comté). Boso und seine Nachfolger konnten sich jedoch bis etwa 933 im Königreich Provence oder Niederburgund behaupten.
Im Jahr 888 wurde Rudolf I. (gest. 912) aus dem deutschen Geschlecht der Welfen als König von Juraburgund, einschließlich eines Großteils der heutigen Schweiz, anerkannt. Sein Sohn und Nachfolger Rudolf II. konnte um 931 einen Vertrag mit Hugo von der Provence, dem Nachfolger von Bosos Sohn Ludwig dem Blinden, schließen, durch den er seine Herrschaft auf das gesamte regnum Burgundiae mit Ausnahme der Gebiete westlich der Saône ausdehnte. Diese Vereinigung von Ober- und Niederburgund wurde 1032 dem deutschen König und Kaiser Konrad II. vermacht und wurde ab dem 13. Jahrhundert als Königreich Arles bekannt – der Name Burgund wurde zunehmend für die Grafschaft Burgund (Cisjurane Burgund) und für das Herzogtum Burgund reserviert.
Das Herzogtum Burgund war der Teil des regnum Burgundiae westlich der Saône; es wurde von den französischen Karolingern von Boso zurückerobert und blieb Teil des Königreichs Frankreich. Bosos Bruder Richard, Graf von Autun, ordnete den größten Teil des Territoriums unter seine eigene Autorität. Sein Sohn Rudolph (Raoul), der ihm 921 folgte, wurde 923 zum König von Frankreich gewählt. Nach Rudolphs Tod im Jahr 936 trennten der karolingische König Ludwig IV. und der Frankenherzog Hugo der Große Sens, Troyes und (vorübergehend) Langres von Burgund ab.
Das so entstandene Herzogtum war zwar kleiner als sein Vorgänger aus dem 10. Jahrhundert, aber stärker und blieb bis 1361 im Besitz der Kapetinger. Außenpolitisch hielten die kapetingischen Herzöge loyal zu ihren Vettern, den Königen von Frankreich, und innenpolitisch vergrößerten sie ihr Herrschaftsgebiet und erzwangen Gehorsam von ihren Vasallen. Das Herzogtum Burgund und die Grafschaft Burgund erlebten in dieser Zeit eine Blütezeit. Die Städte blühten auf: Dijon wurde zu einer wichtigen Marktstadt. Pilger strömten nach Vézelay und Autun, wo 1146 eine prächtige Kirche um das Grab des Heiligen Lazare errichtet wurde. Die burgundischen Klöster waren berühmt: Cluny (gegründet 910) wurde zum Zentrum eines Mönchsordens, der sich von England bis nach Spanien erstreckte, und 1098 wurde das Kloster von Cîteaux gegründet und mit ihm ein neuer Orden, die Zisterzienser.
Die Wiedervereinigung der beiden Burgund wurde 1335 vollzogen und endete 1361. Der französische König Johannes II. (der Gute) vereinigte das Herzogtum wieder mit der Domäne der Krone, während Cisjurane-Burgund oder Franche-Comté an den unabhängigen Grafen von Flandern ging. Eine neue Periode der burgundischen Herzogsgeschichte begann unter Johannes II., der das Herzogtum 1363 seinem Sohn Philipp übergab, der als Philipp II. bekannt wurde, genannt „der Kühne“. Im Jahr 1369 heiratete Philipp die Erbin der Grafschaft, Margarete von Flandern. Als sein Schwiegervater 1384 starb, erbte Philipp Nevers, Rethel, Artois und Flandern sowie die Franche-Comté. Die beiden Burgunder bilden den südlichen Teil eines Staates, dessen nördliche Besitzungen sich über die Niederlande, das Maastal und die Ardennen erstrecken. Im Norden wird die Expansion fortgesetzt (Hennegau, 1428; Brabant, 1430; Luxemburg, 1443), aber der Süden, von dem Nevers 1404 wieder abgetrennt wird, verliert immer mehr an Bedeutung. Philipp II., der in Burgund lebte, erwarb jedoch 1390 das südliche Gebiet des Charolais.
Johannes der Furchtlose trat 1404 die Nachfolge Philipps II. an und widmete sich dem Kampf mit seinem Rivalen Ludwig, duc d’Orleans, und mit Ludwigs Anhängern unter dem Grafen von Armagnac, die zwischen 1412 und 1435 die südlichen Grenzen Burgunds verwüsteten. Johannes wurde 1419 ermordet, und sein Sohn Philipp III. (der Gute) setzte den Kampf gegen die Armagnacs fort und unterstützte die Engländer während des Hundertjährigen Krieges. Der Vertrag von Arras (1435), der den Frieden zwischen Burgund und Karl VII. von Frankreich festschrieb, vergrößerte das burgundische Herrschaftsgebiet erheblich. Dennoch setzten Söldnerbanden ihre Plünderungen in Burgund bis 1445 fort. Danach herrschte im Herzogtum Frieden bis zum Tod Philipps III. im Jahr 1467.
Der nächste Herzog, Karl der Kühne, stand in ständigem Konflikt mit dem französischen König Ludwig XI. Karls Ziel war es, die nördlichen und südlichen Teile des Königreichs durch die Annexion Lothringens zu vereinen, und er forderte vom Heiligen Römischen Kaiser den Titel eines Königs von Burgund. Karl wurde in diesen Bestrebungen durch die hartnäckigen Bemühungen Ludwigs XI. vereitelt, der mehrere Feldzüge gegen ihn führte und Burgund einer Wirtschaftsblockade unterwarf.
Die beiden Burgunder litten unter den Verwüstungen durch den Schwarzen Tod im Jahr 1348 und unter den Söldnerbanden des Hundertjährigen Krieges. Die Bevölkerung ging spürbar zurück, was die Produktion im 15. Jahrhundert stark belastete. Der lukrative Handel mit Getreide, Wein und veredelter Wolle war bedroht, und die Markthallen verloren an Bedeutung. Doch insgesamt scheinen die beiden Burgunder im 14. und 15. Jahrhundert mehr Sicherheit genossen zu haben als ein Großteil Europas.
Nach dem Tod Karls des Kühnen im Jahr 1477 heiratete seine Erbin, Maria von Burgund, den österreichischen Erzherzog Maximilian von Habsburg (den späteren Kaiser des Heiligen Römischen Reiches) und enttäuschte damit die französischen Hoffnungen, dass sie den Sohn Ludwigs XI, den künftigen Karl VIII. von Frankreich, heiraten würde. Im Vertrag von Arras (1482) wurde die Franche-Comté jedoch an Karl abgetreten, der sich mit Marias Tochter Margarete von Österreich verlobte. Als er diese Verlobung brach, musste er die Franche-Comté 1493 durch den Vertrag von Senlis an Österreich abtreten.
Für die nächsten 185 Jahre war die Franche-Comté ein Besitz der Habsburger. Durch den Vertrag von Saint-Jean-de-Losne (1522) mit Frankreich wurde die Neutralität der Grafschaft während der Kriege zwischen den Habsburgern und den letzten französischen Königen der Valois-Linie gewährleistet. Der anhaltende Wohlstand der Grafschaft, der durch die industrielle Entwicklung begünstigt wurde, lässt sich an der prächtigen Renaissance-Architektur der Städte ablesen. Mit der Reformation kam es jedoch zu Unruhen, als protestantische Gruppen aus Deutschland und der Schweiz in die überwiegend römisch-katholische Grafschaft eindrangen. Mit der Teilung des Reiches durch Kaiser Karl V. im Jahr 1556 fiel die Franche-Comté an die spanischen Habsburger. Unter Philipp II. von Spanien kam es zu einer gewaltsamen Unterdrückung der Protestanten, und Heinrich IV. von Frankreich verletzte in seinem Krieg mit Philipp die Neutralität der Franche-Comté. Von 1598 bis 1635 herrschte Frieden, doch die französische Angst vor einer Einkreisung durch die Habsburger veranlasste Ludwig XIII. zu dem Versuch, die Grafschaft zu annektieren. Von 1636 bis 1639 überfiel und verwüstete er das Gebiet jährlich, doch der Westfälische Friede (1648) bestätigte die habsburgische Herrschaft.
1668 wurde die Franche-Comté im Devolutionskrieg vom Großen Condé erobert, aber durch den Frieden von Aix-la-Chapelle (2. Mai 1668) an Spanien zurückgegeben; im letzten der so genannten Holländischen Kriege wurde die Franche-Comté schließlich von Condé für Frankreich erobert, wobei die französische Annexion durch den Frieden von Nimwegen 1678 anerkannt wurde. Ludwig XIV. verlegte die Hauptstadt der neuen Provinz in die ehemalige Reichsstadt Besançon. 1790 wurde die Franche-Comté zusammen mit dem übrigen Frankreich in die Départements Jura, Doubs und Haute-Saône aufgeteilt.
Nach dem Tod von Karl dem Kühnen (1477) wurde das Herzogtum Burgund von der französischen Krone annektiert. Im 16. Jahrhundert wurde es durch die Religionskriege verwüstet. Die Städte mussten befestigt werden, und Söldner zogen durch das Land. Im Dreißigjährigen Krieg und während des Adelsaufstandes der Fronde (1648-53) unter der Führung des Großen Condé wurde das Herzogtum erneut verwüstet. Erst mit der französischen Annexion der Franche-Comté im Jahr 1678 wurden Frieden und Sicherheit wiederhergestellt. Von 1631 bis 1789 wurde das Herzogtum von den Prinzen von Condé regiert. Nach der Französischen Revolution verschwand die Provinz Burgund und wurde in die Départements Côte-d’Or, Saône-et-Loire und Yonne aufgeteilt. Im Jahr 2016 wurde die Region Burgund im Rahmen eines nationalen Plans zur Steigerung der bürokratischen Effizienz mit der Franche-Comté zusammengelegt.