Dieser Unterabschnitt des Abschnitts „Funktion“ gibt die Position und den Typ jeder DNA-Bindungsdomäne an, die im Protein vorhanden ist.
Wir vermerken experimentell definierte DNA-Bindungsdomänen und konservierte DNA-Bindungsdomänen, die von den InterPro-Ressourcen PROSITE, Pfam und SMART definiert wurden; Beispiele sind die AP2/ERF-Domäne, die ETS-Domäne, die Fork-Head-Domäne, die HMG-Box und die Myb-Domäne.
Vorhersagbare DNA-Bindungsdomänen
Beispiele: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Besondere Typen von DNA-Bindungsdomänen
a. bHLH- und bZIP-Proteine
Im Falle der basischen Helix-Loop-Helix (bHLH)- und der basischen Leucin-Zipper (bZIP)-Domänen werden die C-terminalen HLH- und Leucin-Zipper-Motive im Unterabschnitt Domäne des Abschnitts „Familie und Domänen“ gesondert beschrieben. Die N-terminale Basisregion dieser Domänen wird im Unterabschnitt „DNA-Bindung“ beschrieben.
Bei bHLH-Proteinen folgt die Basisregion in der Regel direkt auf die HLH-Domäne in der Sequenz.
Beispiel: P35869
Bei bZIP-Proteinen folgt auf die Basisregion die Leucin-Zipper-Domäne, die durch ein LXXXXXXL-Motiv gekennzeichnet ist und mit dem ersten Leu/Ile-Rest beginnt und mit dem letzten Leu/Ile-Rest endet.
Beispiele: P18289, P15407
b. Homeobox-Proteine
Homeobox-Proteine bilden eine große Familie, die mehrere Subtypen enthält. Wenn eine Homeobox zu einem Subtyp gehört, wird dies im Feld „Beschreibung“ nach „Homeobox“ mit vorangestelltem Semikolon angegeben.
Beispiele: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Wenn eine bestimmte Homeobox unvollständig ist oder erheblich vom Konsens abweicht, kann sie entweder als ‚partial‘ oder ‚atypisch‘ annotiert werden.
Beispiele: Q6WRX8, Q8MJD5
Experimentell ermittelte DNA-Bindungsdomänen
Wenn eine DNA-Bindungsdomäne experimentell identifiziert wurde, aber nicht mit einer Domäne übereinstimmt, die von einer InterPro-Ressource modelliert wird, dann wird die einfache Tatsache der Existenz der Domäne angegeben, aber keine besondere Beschreibung geliefert.
Beispiel: P13574
Solche Domänen werden mit dem Qualifizierer „By similarity“ auf nahe Arten übertragen.
Beispiel: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger