Über die frühen Herrscher von Magadha gibt es nur wenige sichere Informationen. Die wichtigsten Quellen sind der buddhistische Pāli-Kanon, die Jain Agamas und die hinduistischen Puranas. Aus diesen Quellen geht hervor, dass Magadha etwa 200 Jahre lang, etwa von 543 bis 413 v. Chr., von der Haryanka-Dynastie regiert wurde.
Gautama Buddha, der Begründer des Buddhismus, verbrachte einen Großteil seines Lebens im Königreich Magadha. Er erlangte die Erleuchtung in Bodh Gaya, hielt seine erste Predigt in Sarnath und das erste buddhistische Konzil wurde in Rajgriha abgehalten.
Im hinduistischen Mahabharata wird Brihadratha als erster Herrscher von Magadha genannt. König Bimbisara aus der Haryanka-Dynastie führte eine aktive und expansive Politik und eroberte das Königreich Anga im heutigen Westbengalen. König Bimbisara wurde von seinem Sohn, Prinz Ajatashatru, getötet. König Pasenadi, König des benachbarten Kosala und Schwager von König Bimbisara, nahm prompt die Schenkung der Provinz Kashi zurück.
Über die Ursache von König Ajatashatru’s Krieg mit den Licchavi, einem Gebiet nördlich des Ganges, gehen die Berichte leicht auseinander. Es scheint, dass Ajatashatru einen Minister in dieses Gebiet schickte, der drei Jahre lang daran arbeitete, die Einheit der Licchavis zu untergraben. Um seinen Angriff über den Ganges zu starten, errichtete Ajatashatru eine Festung in der Stadt Pataliputra. Die Licchavis waren sich uneins und kämpften mit Ajatashatru. Es dauerte fünfzehn Jahre, bis Ajatashatru sie besiegte. Jain-Texte berichten, dass Ajatashatru zwei neue Waffen einsetzte: ein Katapult und einen überdachten Streitwagen mit schwingender Keule, der mit einem modernen Panzer verglichen wurde. Pataliputra entwickelte sich zu einem Handelszentrum und wurde nach Ajatashatrus Tod zur Hauptstadt von Magadha.
Die Haryanka-Dynastie wurde von der Shishunaga-Dynastie gestürzt. Der letzte Shishunaga-Herrscher, Kalasoka, wurde 345 v. u. Z. von Mahapadma Nanda ermordet, dem ersten der sogenannten „Neun Nandas“, d. h. Mahapadma und seinen acht Söhnen.
Im Jahr 326 v. u. Z. näherte sich das Heer Alexanders den westlichen Grenzen von Magadha. Das Heer, erschöpft und verängstigt durch die Aussicht, am Ganges einer weiteren riesigen indischen Armee gegenüberzustehen, meuterte am Hyphasis (dem heutigen Fluss Beas) und weigerte sich, weiter nach Osten zu marschieren. Alexander ließ sich nach dem Treffen mit seinem Offizier Coenus davon überzeugen, dass es besser war, umzukehren, und wandte sich nach Süden, um den Indus hinunter bis zum Ozean zu erobern.
Um 321 v. Chr. endete die Nanda-Dynastie und Chandragupta Maurya wurde mit Hilfe von Chanakya der erste König der großen Maurya-Dynastie und des Maurya-Reiches. Das Reich erstreckte sich später über den größten Teil Südasiens unter König Ashoka, der zunächst als „Ashoka der Grausame“ bekannt war, später aber ein Schüler des Buddhismus wurde und als „Dharma Ashoka“ bekannt wurde. Später endete das Maurya-Reich, ebenso wie das Shunga- und das Khārabēḷa-Reich, und wurde durch das Gupta-Reich ersetzt. Die Hauptstadt des Gupta-Reiches blieb Pataliputra in Magadha.