Restoration
Cíle Yellowstonského plánu ochrany původních ryb (2010) zahrnují obnovu početnosti YCT v jezeře na úroveň zaznamenanou koncem 90. let 20. století, zachování přístupu pro tření YCT v nejméně 45 z 59 historických přítoků Yellowstonského jezera a zachování nebo obnovení geneticky čistého YCT v současném rozsahu toků obsazených čistým nebo hybridním YCT.
Řeka Lamar
Protože v hlavním toku řeky Lamar neexistují žádné překážky bránící migraci ryb proti proudu, potomci pstruha duhového vysazeného ve 30. letech 20. století se rozšířili na mnoho míst v povodí a zkřížili se s pstruhem potočním. Genetické analýzy ukazují, že pstruzi potoční v horním toku řeky Lamar zůstávají geneticky nezměněni.
K ochraně zbývajících yellowstonských pstruhů potočních NPS zavedla přístup selektivního odstraňování. V roce 2014 bylo zavedeno nařízení o povinném usmrcování všech pstruhů duhových ulovených v horním toku řeky Lamar River Bridge. V současné době předpisy stanoví, že všechny nepůvodní ryby a identifikovatelní kříženci pstruha duhového a sivena amerického proti proudu od vodopádu Knowles Falls musí být usmrceny. Od roku 2013 se každoročně provádí selektivní odstraňování pomocí elektrického odlovu v údolí řeky Lamar. V roce 2019 bylo 7 % ryb odebraných při elektrolovu v horním toku kaňonu řeky Lamar klasifikováno jako pstruh duhový nebo hybrid. Toto nízké procento je v ostrém kontrastu s pracemi prováděnými po proudu kaňonu.
V roce 2015 bylo po proudu řeky Lamar od mostu odebráno 136 vzorků ryb. Na základě terénní identifikace bylo 48 % pstruhů žlutostrakatých, 19 % pstruhů duhových a 31 % hybridů. Většina těchto ryb byla označena rádiovými vysílači nebo pasivními integrovanými transpondéry (PIT) v rámci probíhajícího výzkumného projektu, jehož cílem je zjistit, zda pstruzi žlutoostenští, duhoví a hybridní využívají ke tření a načasování tření stejné oblasti a informovat o opatřeních v oblasti řízení.
Slough Creek
V potoce Slough Creek byli v posledním desetiletí stále častěji nalézáni hybridi pstruha duhového a pstruha obecného. Na rozdíl od řeky Lamar je Slough Creek menší a byla zde vybudována bariéra bránící pohybu ryb proti proudu. Vzhledem k tomu, že je bariéra na místě a pstruh duhový již nemá povolen průchod do systému, lze stávající pstruhy duhové a křížence účinně regulovat pomocí lovu ryb a odstraňování elektrovodů.
Soda Butte Creek
Pstruh duhový se usadil v potoce Soda Butte Creek mimo hranice parku a počátkem roku 2000 se rozšířil po proudu do parkových vod. Zpočátku byli pstruzi potoční v pramenných úsecích izolováni chemickou bariérou vytvořenou kontaminací z dolů v horním toku u Cooke City v Montaně. Když byla důlní hlušina uzavřena a kvalita vody se zlepšila, prošel pstruh potoční dolů po proudu a začal negativně ovlivňovat pstruha obecného.
Po téměř dvě desetiletí stačily mezirezortní elektrolovy k tomu, aby se populace pstruha potočního udržely na nízké úrovni, ale nezabránily rozšíření areálu. Postupem času se pstruh potoční rozšířil po proudu a stal se hrozbou pro řeku Lamar. Kromě toho byla i nadále zjišťována hybridizace pstruha duhového u střevle potoční v horním toku kaňonu Ice Box.
V roce 2013 byl vodopád Ice Box upraven tak, aby představoval úplnou překážku pro pohyb ryb proti proudu, čímž byla zcela eliminována hrozba cestování nepůvodních ryb proti proudu. V roce 2015 bylo při chemickém ošetření odstraněno téměř 450 pstruhů potočních. Během druhého ošetření v roce 2016 byli z potoka Soda Butte Creek odchyceni pouze dva pstruzi potoční. Od roku 2017 nebyly při odběru vzorků eDNA a elektrolovu, stejně jako při průzkumu pomocí elektrolovu, zjištěny žádné známky výskytu pstruha potočního v systému. To je dobrou známkou toho, že v povodí bylo dosaženo úplného zničení.
Elk Creek Complex
Na potoce Elk Creek se nachází přirozená kaskádovitá bariéra těsně proti proudu od jeho soutoku s řekou Yellowstone. Kaskáda brání přirozenému osídlení systému rybami, takže komplex potoků Elk, Lost a Yancey (Elk Creek Complex) byl při prvním zarybnění pstruhem obecným na počátku 20. let 20. století bez ryb. V roce 1942 byly potoky zarybněny pstruhem potočním, což vedlo k úplnému úbytku pstruha obecného.
Komplex Elk Creek byl v letech 2012 až 2014 každoročně ošetřován rotenonem, aby se odstranil pstruh potoční. Po odstranění pstruha potočního byla zahájena reintrodukce původního pstruha žlutostrakatého. Potok Antelope a Pebble poskytl ryby pro zarybnění komplexu Elk Creek v říjnu 2015. Další zarybnění proběhlo v letech 2016 a 2017. Přirozená reprodukce byla zdokumentována také v roce 2017 při průzkumech pomocí elektrického rybolovu.