Tato podsekce oddílu Funkce specifikuje polohu a typ každé DNA-vazebné domény přítomné v proteinu.
Anotujeme experimentálně definované DNA-vazebné domény a konzervované DNA-vazebné domény definované zdroji InterPro PROSITE, Pfam a SMART; příklady zahrnují doménu AP2/ERF, doménu ETS, doménu Fork-Head, HMG box a doménu Myb.
Předpokládané DNA-vazebné domény
Příklady: P10103, P46200, Q9SGJ6, P14921, P55317, P30658
Speciální typy DNA-vazebných domén
a. bHLH a bZIP proteiny
V případě základních helix-loop-helix (bHLH) a základních leucin-zipper (bZIP) domén popisujeme C-koncové HLH a leucin-zipper motivy samostatně v podsekci Domény v části „Rodina a domény“. N-koncová základní oblast těchto domén je popsána v podsekci „Vazba na DNA“.
U proteinů bHLH je základní oblast v sekvenci obvykle přímo následována doménou HLH.
Příklad: P35869
U proteinů bZIP je základní oblast následována leucin-zipper doménou, která je charakterizována motivem LXXXXXXL a začíná prvním Leu/Ile a končí posledním Leu/Ile zbytkem.
Příklad: P18289, P15407
b. Homeoboxové proteiny
Homeoboxové proteiny tvoří velkou rodinu, která obsahuje několik podtypů. Pokud homeobox patří k některému podtypu, je to uvedeno v poli „Popis“ za slovem „Homeobox“, kterému předchází středník.
Příklad: Příklady: Q9H2P0, O81788, Q90655, P20823
Když je určitý homeobox neúplný nebo se významně liší od konsensu, může být anotován jako „částečný“ nebo „atypický“.
Příklad: Příklad: Q6WRX8, Q8MJD5
Experimentálně určené DNA vazebné domény
Když byla DNA vazebná doména určena experimentálně, ale neodpovídá doméně modelované zdrojem InterPro, pak se uvede pouhý fakt existence domény, ale neuvede se žádný konkrétní popis.
Příklad: P13574
Takové domény jsou převedeny na blízké druhy pomocí kvalifikátoru „Podle podobnosti“.
Příklad: Q08400
Related keywords:
DNA-binding
Homeobox
See also:
Domain
Motif
Region
Repeat
Zinc finger