.
Mřížka SNP je užitečný nástroj pro studium nepatrných změn mezi celými genomy. Nejdůležitější klinické aplikace SNP arrayí jsou pro určení náchylnosti k onemocnění a pro měření účinnosti farmakoterapie určené speciálně pro jednotlivce. Ve výzkumu se matice SNP nejčastěji používají pro celogenomové asociační studie. Každý jedinec má mnoho SNP. Genetickou vazebnou analýzu založenou na SNP lze použít k mapování lokusů nemocí a k určení genů náchylnosti k nemocem u jednotlivců. Kombinace map SNP a matic SNP s vysokou hustotou umožňuje používat SNP jako markery pro genetická onemocnění, která mají komplexní znaky. Například celogenomové asociační studie identifikovaly SNP spojené s nemocemi, jako je revmatoidní artritida, rakovina prostaty, Pole SNP lze také použít k vytvoření virtuálního karyotypu pomocí softwaru, který určí počet kopií každého SNP na poli a poté seřadí SNP v chromozomálním pořadí.
SNP lze také použít ke studiu genetických abnormalit u rakoviny. Matice SNP lze například použít ke studiu ztráty heterozygozity (LOH). K LOH dochází, když je jedna alela genu mutována škodlivým způsobem a normálně fungující alela je ztracena. LOH se běžně vyskytuje v onkogenezi. Například tumor supresorové geny pomáhají zabránit vzniku rakoviny. Pokud má člověk jednu zmutovanou a nefunkční kopii tumor supresorového genu a jeho druhá, funkční kopie genu se poškodí, může se u něj zvýšit pravděpodobnost vzniku rakoviny.
Další metody založené na čipech, jako je komparativní genomová hybridizace, mohou odhalit genomové zisky nebo delece vedoucí k LOH. Mřížky SNP však mají další výhodu v tom, že jsou schopny odhalit kopírovací neutrální LOH (nazývanou také uniparentální disomie nebo genová konverze). Kopiově neutrální LOH je forma alelické nerovnováhy. Při kopírovací neutrální LOH chybí jedna alela nebo celý chromozom jednoho z rodičů. Tento problém vede k duplikaci druhé rodičovské alely. Copy-neutral LOH může být patologická. Řekněme například, že alela matky je divokého typu a plně funkční a alela otce je mutovaná. Pokud alela matky chybí a dítě má dvě kopie mutované alely otce, může dojít k onemocnění.
Mřížky SNP s vysokou hustotou pomáhají vědcům identifikovat vzorce alelické nerovnováhy. Tyto studie mají potenciální prognostické a diagnostické využití. Vzhledem k tomu, že LOH je u mnoha lidských nádorů velmi častá, mají SNP arrays velký potenciál v diagnostice rakoviny. Nedávné studie SNP array například ukázaly, že solidní nádory, jako je rakovina žaludku a jater, vykazují LOH, stejně jako nesolidní malignity, jako jsou hematologické malignity, ALL, MDS, CML a další. Tyto studie mohou přinést poznatky o tom, jak se tato onemocnění vyvíjejí, a také informace o tom, jak na ně vytvářet léčebné postupy.
Výskyt matic SNP způsobil revoluci v chovu řady živočišných a rostlinných druhů. Tato metoda je založena na předpovídání genetických předností pomocí zahrnutí vztahů mezi jedinci na základě údajů z polí SNP. Tento proces je znám jako genomická selekce.