Alexis
Vláda Michailova syna Alexise (Alexeje Michajloviče), kterého pozdější generace považovaly za vzor laskavého a mírného cara, začala špatně. Stejně jako jeho otec přišel Alexej na trůn jako pouhý chlapec. Bojar, který ovládal vládu, Boris Ivanovič Morozov, okamžitě zahájil politiku, která přivedla vládu na pokraj katastrofy. Morozov snížil vládní platy; zavedl také daň ze soli a státní monopol na tabák, přičemž první způsobilo všeobecné strádání a nespokojenost a druhé přineslo odsouzení ze strany církve. Zároveň si znepřátelil bojarské skupiny blízké trůnu svými zásahy do sňatku své svěřenkyně.
S laskavým svolením Státního historického muzea v Moskvě
Morozovovo jednání zhoršilo již tak nebezpečnou situaci v zemi. Obyvatelstvo měst a zejména služebná šlechta byli silně zatíženi daněmi a dalšími povinnostmi a byli stále více rozzlobeni rostoucím bohatstvím a mocí vládnoucí kliky. Během nepokojů v Moskvě v květnu 1648 obklíčil dav devatenáctiletého cara a požadoval popravu Morozova a vedoucích úředníků. Někteří z nich byli předhozeni davu a pro Morozova bylo zorganizováno krátké ochranné vyhnanství. Morozovovi bojarští nepřátelé, kteří možná vzpouru podporovali, převzali kontrolu nad záležitostmi a provedli řadu reforem. Byla ukončena daň ze soli a tabákový monopol a byla zřízena komise pro vypracování nového zákoníku. Vážné nepokoje pokračovaly ve městech na severu, zejména ve Pskově a Novgorodě, kde bylo k znovunastolení autority zapotřebí použít sílu.
V Novgorodě byl hlavním aktérem v zájmu vlády metropolita Nikon, energický a autoritářský mnich, který si v Moskvě získal vlivné přátele, když byl archimandritou v rodinném chrámu Romanovců, a v Novgorodě nadále vytrvale pěstoval cara a jeho příbuzné. V roce 1652 mu jeho prosby vynesly patriarchát. Traduje se, že Nikon před přijetím této funkce požadoval od cara prohlášení o plné poslušnosti v náboženských a morálních otázkách. V prvních letech Nikonova působení byly jeho vztahy s Alexiem a dvorem dobré. Patriarcha s oficiální podporou provedl řadu liturgických a organizačních reforem a obklopil se působivou byrokracií po vzoru státního aparátu. V roce 1658 se však vztahy s carem napjaly a poté, co ho Alexij veřejně odmítl, Nikon oznámil, že opouští patriarchát. Později tvrdil, že pouze odešel do dočasného ústraní, ale jeho faktická moc a vliv skončily.
Hlavní událostí Alexiovy vlády byla anexe východní Ukrajiny. Jeho vláda pokračovala v předchozí politice vyhýbání se pletkám na Západě a zároveň expanzi na východ, ale nedokázala odolat příležitosti, která se jí nabídla v roce 1654, když se Bohdan Chmelnycký, vůdce kozácké revoluce proti polské nadvládě na Ukrajině, obrátil na Moskvu s žádostí o pomoc, kterou se mu nepodařilo získat od Švédska a Turků. Moskva přijala jeho věrnost výměnou za vojenskou pomoc a zapojila se tak do vleklého boje s Polskem a Švédskem o ukrajinská, běloruská a pobaltská území. Zpočátku se válka vyvíjela dobře, ale brzy se projevily rozdílné cíle ukrajinských a moskevských spojenců. Když do boje proti Polsku vstoupil švédský král Karel X., uzavřel Alexij v roce 1656 mír; silného Švédska se obával stejně jako silného Polska. Moskevská vojska se vrhla do války se Švédskem o estonská, livonská a karelská území na pobřeží Baltského moře. Situace na Ukrajině se stávala stále nepřehlednější a pro Moskvu nebezpečnější a v roce 1661 bylo nutné válku se Švédskem ukončit, a to i za cenu, že se opět vzdá baltského pobřeží.
Na Ukrajině získala válka nový rozměr, když se v roce 1664 nový vůdce Petr Dorošenko postavil pod ochranu Osmanů. Turci se zapojili do řady velkých vojenských operací, které znepokojily Polsko i Moskvu natolik, že uzavřely příměří u Andrusova (1667). Polsko uznalo kontrolu Moskvy nad východní Ukrajinou a Kyjevem, zatímco Moskva se vzdala části Ukrajiny západně od Dněpru a většiny Běloruska.
Mír postavení vlády příliš nezlepšil, neboť ještě téhož roku začalo hrozivé hnutí donských kozáků a volžských rolníků vedené Stěnkou Razinem a politický boj ve vnitřních kruzích u dvora, vyvolaný smrtí Alexijevovy manželky. Po dvou letech se Alexis oženil s Natálií Naryškinovou. V roce 1676 však zemřel sám Alexis a na jeho místo nastoupil Fjodor, nemocný syn jeho první manželky Marie Miloslavské. Mezi znepřátelenými rodinami Naryškinů a Miloslavských začal boj. Naryškinové byli vyhnáni a vlády se ujali Miloslavští se svými klienty a příznivci. V roce 1682 však Fjodor zemřel a Naryškinova frakce se snažila dosadit na trůn místo Fjodorova plnoprávného bratra, nemocného Ivana, jeho nevlastního bratra Petra. Elitní sbor strelců (dědičná vojenská kasta) se vzbouřil a ustanovil Ivanovu starší sestru Sofii regentkou. O nástupu a vládě Petra Velikého viz níže Vláda Petra I. (Velikého; 1689-1725)
.