Islám je v Súdánu nejrozšířenějším náboženstvím a muslimové od získání nezávislosti v roce 1956 dominují ve státních institucích. Podle údajů UNDP Sudan tvoří muslimové 97 % obyvatelstva, včetně četných arabských i nearabských skupin. Zbývající 3 % se hlásí buď ke křesťanství, nebo k tradičním animistickým náboženstvím. Muslimové převažují ve všech regionech kromě Núbijských hor. Naprostá většina muslimů v Súdánu vyznává sunnitský islám malikistické právní školy, hluboce ovlivněný súfismem. V hlavním městě Chartúmu žije také několik šíitských komunit. K nejvýznamnějšímu rozdělení dochází po linii súfijských bratrstev. Dvě populární bratrstva, Ansar a Chatmia, jsou spojena s opoziční stranou Umma, respektive Demokratickou unionistickou stranou. Pouze v oblasti Dárfúru tradičně chybí přítomnost súfijských bratrstev, která se vyskytují ve zbytku země.
Právo šaría bylo zavedeno různými vojenskými režimy a jeho uplatňování na nemuslimy v hlavním městě bylo během jednání spornou otázkou, ale tato otázka a další hlavní otázky, které jsou základem konfliktu mezi severem a jihem, byly v dohodách z velké části vyřešeny. Šaría má být i nadále základem národního právního systému, který platí na severu; národní legislativa platná na jihu má být založena na „lidovém konsensu, hodnotách a zvycích lidu“. Ve státech nebo regionech, kde většina obyvatel vyznává jiné náboženské přesvědčení nebo zvyky než ty, na nichž je založen právní systém, mohou být národní zákony změněny tak, aby lépe odpovídaly tomuto přesvědčení. V celé zemi má být uplatňování šarí’y na nemuslimy omezeno a soudy nesmějí uplatňovat svou volnost při ukládání přísnějších fyzických forem trestů šarí’y nemuslimům. V Súdánu se od roku 1956 vystřídaly tři demokratické vlády a všechny zrušily právo šaría.
V září 2020 se Súdán ústavně stal sekulárním státem poté, co súdánská přechodná vláda souhlasila s oddělením náboženství od státu a ukončila tak 30 let trvající islámskou vládu a islám jako oficiální státní náboženství v této severoafrické zemi. Tato nová legislativa rovněž ukončila dřívější zákon o odpadlictví od víry a veřejném bičování.