Burgundové byli skandinávský národ, jehož původní vlast ležela na jižním pobřeží Baltského moře, kde ostrov Bornholm (ve středověku Burgundarholm) dodnes nese jejich jméno. Kolem 1. století n. l. se přestěhovali do dolního údolí Visly, ale protože se zde nedokázali ubránit proti Gepidům, stěhovali se na západ k hranicím Římské říše. Tam sloužili jako foederati neboli pomocníci v římském vojsku a založili mocné království, které se počátkem 5. století rozšířilo na západní břeh Rýna a později se soustředilo v Sapaudii (Savojsku) u Ženevského jezera.
Jak ve druhé polovině 5. století upadala moc Říma nad západní říší, Burgunďané postupně rozšířili svou kontrolu nad oblastmi na sever a západ od Savojska a poté v celém údolí řek Rhôny a Saôny. Toto druhé burgundské království dosáhlo svého zenitu za zákonodárce a křesťanského krále Gundobada (474-516), který vydal psaný zákoník Lex Gundobada pro Burgunďany a samostatný zákoník Lex Romana Burgundionum pro své galorománské poddané. Toto Burgundsko zůstalo nezávislé až do roku 534, kdy království obsadili Frankové, čímž zanikla královská dynastie.
Smrtí franského krále Clotara I. v roce 561 však bylo franské království rozděleno mezi členy merovejské dynastie a jeden z Clotarových synů, Guntram, zajistil regnum Burgundiae neboli Burgundské království. Toto království nakonec zahrnovalo nejen všechny bývalé burgundské země, ale také diecézi Arles v Provence, údolí Val d’Aosta na východ od Alp a dokonce i rozsáhlá území v severní a střední Francii. Zůstalo samostatným merovejským královstvím až do doby, kdy je Karel Martel, děd Karla Velikého, počátkem 8. století podřídil franské Austrasii.
Karolové provedli několik dělení Burgundska, než se Boso, vládce Viennois, nechal roku 879 prohlásit králem celého Burgundska od Autunu až po Středozemní moře. Franští Karolinci od něj později získali zpět zemi západně od řeky Saôny a severně od Lyonu a němečtí Karolinci získali zpět Jurane neboli Horní Burgundsko (tj. transjurské Burgundsko neboli zemi mezi Jurou a Alpami spolu s Cisjurským Burgundskem neboli Franche-Comté). Boso a jeho nástupci se však dokázali udržet v Provensálském království neboli Dolním Burgundsku přibližně do roku 933.
Roku 888 byl Rudolf I. (zemřel 912) z německého rodu Welfů uznán za krále Jurského Burgundska, včetně velké části dnešního Švýcarska. Jeho syn a nástupce Rudolf II. dokázal kolem roku 931 uzavřít smlouvu s Hugem Provensálským, nástupcem Bosova syna Ludvíka Slepého, podle níž rozšířil svou vládu na celé regnum Burgundiae s výjimkou oblastí na západ od řeky Saony. Toto spojení Horního a Dolního Burgundska bylo v roce 1032 odkázáno německému králi a císaři Konrádovi II. a od 13. století se stalo známým jako Arleské království – název Burgundsko byl stále častěji vyhrazen pro burgundské hrabství (Cisjurane Burgundy) a pro burgundské vévodství.
Burgundské vévodství byla část regnum Burgundiae západně od řeky Saôny; od Bosa ji získali zpět francouzští Karolinci a zůstala součástí Franského království. Bosův bratr Richard, hrabě z Autunu, zorganizoval větší část území pod svou vlastní autoritou. Jeho syn Rudolf (Raoul), který po něm nastoupil v roce 921, byl v roce 923 zvolen franským králem. Po Rudolfově smrti v roce 936 karolinský král Ludvík IV. a Hugh Veliký, vévoda Franků, odtrhli od Burgundska Sens, Troyes a (dočasně) Langres.
Takto vzniklé vévodství, byť menší než jeho předchůdce z 10. století, bylo silnější a zůstalo v rodě Kapetovců až do roku 1361. V zahraniční politice se kapetovští vévodové loajálně přidržovali svých bratranců francouzských králů, ve vnitřních záležitostech rozšiřovali své panství a vynucovali si poslušnost svých vazalů. Burgundsko začalo být uznáváno jako přední panovnický rod francouzského království.
V tomto období došlo k rozkvětu jak burgundského vévodství, tak Cisjuranského Burgundska (burgundského hrabství). Města vzkvétala: Dijon se stal významným tržním městem. Poutníci proudili do Vézelay a Autunu, kde byl v roce 1146 postaven velkolepý kostel kolem hrobu svatého Lazara. Proslulé byly burgundské kláštery: Cluny (založeno 910) se stalo centrem mnišského řádu sahajícího od Anglie až po Španělsko a v roce 1098 byl založen klášter Cîteaux a s ním nový řeholní řád cisterciáků.
Sjednocení obou Burgundií proběhlo v roce 1335 a skončilo v roce 1361. Francouzský král Jan II (Dobrý) sjednotil vévodství s doménou koruny, zatímco Cisjurane Burgundsko neboli Franche-Comté připadlo nezávislému flanderskému hraběti. Nové období dějin burgundského vévodství začalo za Jana II, který v roce 1363 předal vévodství svému synovi Filipovi, jenž se stal Filipem II, známým jako „Smělý“. V roce 1369 se Filip oženil s dědičkou hrabství Markétou Flanderskou. Když v roce 1384 zemřel jeho tchán, zdědil Filip Nevers, Rethel, Artois a Flandry a také Franche-Comté. Obě Burgundska tvořila jižní část státu, jehož severní panství zasahovalo do Nizozemí, údolí Mže a Arden. Na severu měla expanze pokračovat (Hainaut, 1428; Brabantsko, 1430; Lucembursko, 1443), ale jih, od něhož se roku 1404 opět odtrhlo Nevers, byl stále méně důležitý. Filip II. sídlící v Burgundsku však v roce 1390 koupil jižní území Charolais.
Jan Neohrožený nastoupil na trůn po Filipovi II. v roce 1404 a věnoval se boji se svým rivalem Ludvíkem, vévodou d’Orleánským, a s Ludvíkovými stoupenci pod vedením hraběte Armagnaca, kteří v letech 1412-1435 zpustošili jižní hranice Burgundska. Jan byl v roce 1419 zavražděn a jeho syn Filip III. (Dobrý) pokračoval v boji proti Armagnacům a během stoleté války se vrhl na stranu Angličanů. Smlouva z Arrasu (1435), kterou byl uzavřen mír mezi Burgundskem a francouzským králem Karlem VII., významně rozšířila burgundské panství. I přesto však žoldnéřské bandy pokračovaly v drancování Burgundska až do roku 1445, poté se vévodství těšilo míru až do smrti Filipa III. v roce 1467.
Následující vévoda Karel Smělý byl neustále v konfliktu s francouzským králem Ludvíkem XI. Karlovým cílem bylo sjednotit severní a jižní část království připojením Lotrinska a požadoval od císaře Svaté říše římské titul burgundského krále. Karlovi v těchto snahách bránilo vytrvalé úsilí Ludvíka XI, který proti němu vedl několik tažení a podrobil Burgundsko hospodářské blokádě.
Obě Burgundska trpěla pustošením černé smrti v roce 1348 a žoldnéřskými bandami za stoleté války. Počet obyvatel citelně poklesl, což v 15. století silně zatížilo výrobu. Výnosný obchod s obilím, vínem a hotovou vlnou byl ohrožen a trhy ztratily část svého významu. Celkově se však zdá, že se obě Burgundska ve 14. a 15. století těšila většímu bezpečí než většina Evropy.
Po smrti Karla Smělého v roce 1477 se jeho dědička Marie Burgundská provdala za rakouského arcivévodu Maxmiliána Habsburského (později císaře Svaté říše římské), čímž zklamala francouzské naděje, že se provdá za syna Ludvíka XI. a budoucího Karla VIII. Smlouva z Arrasu (1482) však Karlovi postoupila Franche-Comté na základě jeho zasnoubení s Mariinou dcerou Markétou Rakouskou. Když tento závazek porušil, musel Franche-Comté smlouvou ze Senlis v roce 1493 postoupit Rakousku.
Po dalších 185 let bylo Franche-Comté v držení Habsburků. Smlouvou ze Saint-Jean-de-Losne (1522) s Francií byla zajištěna neutralita hrabství během válek mezi Habsburky a posledními francouzskými králi z rodu Valois. O jeho trvalé prosperitě, podpořené rozvojem průmyslu, svědčí nádherná renesanční architektura jeho měst. Občanské nepokoje však přišly s reformací, kdy do převážně katolického hrabství pronikly z Německa a Švýcarska bandy protestantů. Rozdělením panství císařem Karlem V. v roce 1556 připadlo Franche-Comté španělským Habsburkům. Za vlády španělského krále Filipa II. došlo k násilnému potlačení protestantů a francouzský král Jindřich IV. ve válce s Filipem porušil neutralitu Franche-Comté. V letech 1598 až 1635 byl zachován mír, ale francouzské obavy z habsburského obklíčení vedly Ludvíka XIII. k pokusu o anexi hrabství. V letech 1636-1639 do oblasti každoročně vpadal a pustošil ji, ale Vestfálský mír (1648) potvrdil habsburskou nadvládu.
Franche-Comté bylo v roce 1668 dobyto Velkým Condém ve válce o devoluci, ale mírem v Aix-la-Chapelle (2. května 1668) bylo vráceno Španělsku, nakonec bylo Franche-Comté dobyto pro Francii Condém v poslední z tzv. nizozemských válek, přičemž francouzská anexe byla uznána mírem v Nijmegenu v roce 1678. Ludvík XIV. přesunul hlavní město nové provincie do bývalého císařského města Besançon. V roce 1790 bylo Franche-Comté spolu se zbytkem Francie rozděleno na samostatné departementy-Jura, Doubs a Haute-Saône.
Po smrti Karla Smělého (1477) bylo burgundské vévodství připojeno k francouzské koruně. V průběhu 16. století bylo zpustošeno náboženskými válkami. Města musela být opevněna a po zemi se potulovali žoldnéři. Vévodství bylo znovu zpustošeno za třicetileté války a také během šlechtického povstání známého jako Fronda (1648-53), které vedl Velký Condé. Teprve francouzská anexe Franche-Comté v roce 1678 obnovila mír a bezpečnost. Od roku 1631 do roku 1789 vévodství spravovala knížata de Condé. Po Francouzské revoluci burgundská provincie zanikla a rozdělila se na departementy Côte-d’Or, Saône-et-Loire a Yonne. V roce 2016 byl region Burgundsko sloučen s Franche-Comté v rámci národního plánu na zvýšení efektivity byrokracie.
.