Soukromí &Soubory cookie
Tato stránka používá soubory cookie. Pokračováním souhlasíte s jejich používáním. Zjistěte více, včetně toho, jak cookies ovládat.
Prvních 15 let svého profesního života jsem strávil neochotou rozpoznat rozdíl mezi bioinformatikou a výpočetní biologií. Nebylo to proto, že bych si myslel, že rozdíl existuje nebo může existovat, ale proto, že jsem si myslel, že rozdíl není podstatný. Svůj postoj jsem v tomto ohledu změnil. Nyní se domnívám, že jsou zcela odlišné a stojí za to je rozlišovat. Pro mě,
Komputační biologie = studium biologie pomocí výpočetních technik. Cílem je poznat novou biologii, poznatky o živých sytémech. Jde o vědu.
Bioinformatika = vytváření nástrojů (algoritmů, databází), které řeší problémy. Cílem je vytvořit užitečné nástroje, které pracují s biologickými daty. Je to o inženýrství.
To vše se pro mě stalo důležitým, když jsem konečně nastoupil na oddělení bioinženýrství a byl jsem nucen položit si otázku, zda jsem vědec, nebo inženýr. Jsem obojí a teď jsem v klidu.
Když vytvářím nějakou metodu (obvykle jako software a se svými zaměstnanci, studenty, postdoky – sám už to bohužel nikdy nedělám), věnuji se inženýrské činnosti: Vytvářím metodu tak, aby měla určité výkonnostní charakteristiky, vytvářím ji s použitím osvědčených inženýrských postupů, ověřuji, že funguje tak, jak jsem zamýšlel, a vytvářím ji tak, aby neřešila jen jeden problém, ale třídu podobných problémů, které by všechny měly být řešitelné pomocí softwaru. O této metodě pak píšu články, a to jsou inženýrské články. To je bioinformatika.
Když používám svou metodu (nebo metody jiných) k zodpovězení biologické otázky, dělám vědu. Učím se novou biologii. Kritéria úspěchu mají jen málo společného s výpočetními nástroji, které používám, a jde především o to, zda je nová biologie pravdivá a zda byla náležitě ověřena a odpovídá standardům důkazů očekávaným mezi biologickou komunitou. Práce, které jsou výsledkem, informují o nových biologických poznatcích a jsou vědeckými pracemi. To je výpočetní biologie.
Při pohledu na své publikované práce jsem se vždy snažil vyvážit publikace v biologických/lékařských časopisech a publikace v inženýrských/informatických časopisech. Je to opravdu estetické, není důvod, proč by se k tomu měl člověk cítit nucen. Je však užitečné vědět, kdy děláte biologii a kdy něco jiného. Předpokládám, že někdo může polemizovat s mým používáním termínu „bioinformatika“ jako inženýrské disciplíny. To je v pořádku – jsem otevřený jinému termínu. Ale já bych se zeptal, proč bioinformatika není dobrá. Myslím, že výpočetní biologie je solidnější – „biologie“ je jednoznačně podstatné jméno a „výpočetní“ je jednoznačně přídavné jméno.“